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万見
- PDB-5yfp: Cryo-EM Structure of the Exocyst Complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5yfp
タイトルCryo-EM Structure of the Exocyst Complex
要素(Exocyst complex component ...) x 8
キーワードEXOCYTOSIS / exocyst / coiled-coil
機能・相同性
機能・相同性情報


vesicle tethering involved in exocytosis / exocyst assembly / exocyst localization / negative regulation of SNARE complex assembly / endoplasmic reticulum inheritance / exocyst / prospore membrane / Golgi inheritance / incipient cellular bud site / cellular bud tip ...vesicle tethering involved in exocytosis / exocyst assembly / exocyst localization / negative regulation of SNARE complex assembly / endoplasmic reticulum inheritance / exocyst / prospore membrane / Golgi inheritance / incipient cellular bud site / cellular bud tip / Golgi to plasma membrane transport / cellular bud neck / mating projection tip / vesicle docking involved in exocytosis / spliceosomal complex assembly / exocytosis / Rho protein signal transduction / transport vesicle / phosphatidylinositol-4,5-bisphosphate binding / SNARE binding / cell periphery / intracellular protein transport / small GTPase binding / protein localization / protein transport / plasma membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Exocyst complex subunit Sec15, C-terminal / : / : / : / : / Exocyst complex component EXOC6/Sec15, N-terminal / Exocyst complex component Sec8 C-terminal / Exocyst complex component Sec10, N-terminal / Exocyst complex component EXOC6/Sec15 / Exocyst complex component Sec10-like ...Exocyst complex subunit Sec15, C-terminal / : / : / : / : / Exocyst complex component EXOC6/Sec15, N-terminal / Exocyst complex component Sec8 C-terminal / Exocyst complex component Sec10, N-terminal / Exocyst complex component EXOC6/Sec15 / Exocyst complex component Sec10-like / Exocyst complex component EXOC6/Sec15, C-terminal, domain 1 / Exocyst complex component EXOC3/Sec6, C-terminal domain / Exocyst complex subunit Sec15 C-terminal / Exocyst complex component Sec10-like, alpha-helical bundle / Exocyst complex component Sec8, N-terminal / Exocyst complex component EXOC3/Sec6 / Exocyst complex component EXOC2/Sec5 / Exocyst complex component EXOC2/Sec5, N-terminal domain / Exocyst complex component Sec8/EXOC4 / Exocyst complex component Sec8 N-terminal / Exocyst complex component Sec6 / Exocyst complex component Sec5 / Exocyst component Exo84, C-terminal / Exocyst complex component Exo84 / Exocyst component Exo84, C-terminal, subdomain 2 / Exocyst component Exo84, C-terminal, subdomain 1 / Exocyst component 84 C-terminal / Exocyst complex component Exo70 N-terminal / Exocyst complex subunit Exo70, C-terminal / Exocyst complex component Sec3, C-terminal / Exocyst complex component Sec3, PIP2-binding N-terminal domain / : / Vps51/EXO84/COG1 N-terminal / Exocyst complex component Sec3, coiled-coil / Exocyst complex component SEC3 N-terminal PIP2 binding PH / Exocyst complex component Sec3, C-terminal / Exocyst complex component SEC3 N-terminal PIP2 binding PH / Exocyst complex component Exo70 / EXOC6/PINT-1/Sec15/Tip20, C-terminal, domain 2 / Exo70 exocyst complex subunit C-terminal / Cullin repeat-like-containing domain superfamily / PH-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Exocyst complex component EXO70 / Exocyst complex component SEC15 / Exocyst complex component SEC6 / Exocyst complex component SEC8 / Exocyst complex component SEC3 / Exocyst complex component EXO84 / Exocyst complex component SEC5 / Exocyst complex component SEC10
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.4 Å
データ登録者Mei, K. / Li, Y. / Wang, S. / Shao, G. / Wang, J. / Ding, Y. / Luo, G. / Yue, P. / Liu, J.J. / Wang, X. ...Mei, K. / Li, Y. / Wang, S. / Shao, G. / Wang, J. / Ding, Y. / Luo, G. / Yue, P. / Liu, J.J. / Wang, X. / Dong, M.Q. / Guo, W. / Wang, H.W.
資金援助 中国, 米国, 4件
組織認可番号国
National Science Foundation of China31530018 中国
Beijing Municipal Science & Technology CommissionZ161100000116034 中国
National Key Research and Development Program of MOST2016YFA0501100 中国
National Institute of HealthR01GM111128 米国
引用ジャーナル: Nat Struct Mol Biol / 年: 2018
タイトル: Cryo-EM structure of the exocyst complex.
著者: Kunrong Mei / Yan Li / Shaoxiao Wang / Guangcan Shao / Jia Wang / Yuehe Ding / Guangzuo Luo / Peng Yue / Jun-Jie Liu / Xinquan Wang / Meng-Qiu Dong / Hong-Wei Wang / Wei Guo /
要旨: The exocyst is an evolutionarily conserved octameric protein complex that mediates the tethering of post-Golgi secretory vesicles to the plasma membrane during exocytosis and is implicated in many ...The exocyst is an evolutionarily conserved octameric protein complex that mediates the tethering of post-Golgi secretory vesicles to the plasma membrane during exocytosis and is implicated in many cellular processes such as cell polarization, cytokinesis, ciliogenesis and tumor invasion. Using cryo-EM and chemical cross-linking MS (CXMS), we solved the structure of the Saccharomyces cerevisiae exocyst complex at an average resolution of 4.4 Å. Our model revealed the architecture of the exocyst and led to the identification of the helical bundles that mediate the assembly of the complex at its core. Sequence analysis suggests that these regions are evolutionarily conserved across eukaryotic systems. Additional cell biological data suggest a mechanism for exocyst assembly that leads to vesicle tethering at the plasma membrane.
履歴
登録2017年9月21日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02018年1月31日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年2月21日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.22019年11月6日Group: Data collection / Other / カテゴリ: cell / Item: _cell.Z_PDB
改定 1.32024年3月27日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / em_3d_fitting_list / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _em_3d_fitting_list.accession_code / _em_3d_fitting_list.initial_refinement_model_id / _em_3d_fitting_list.source_name / _em_3d_fitting_list.type

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構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-6827
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Exocyst complex component SEC3
B: Exocyst complex component SEC5
C: Exocyst complex component SEC6
D: Exocyst complex component SEC8
E: Exocyst complex component SEC10
F: Exocyst complex component SEC15
G: Exocyst complex component EXO70
H: Exocyst complex component EXO84


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)845,6918
ポリマ－845,6918
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration, The elution position of the exocyst complex is around 1MD, and SDS-PAGE of the gel filtration fractions shows that all subunits are present in a similar ratio., microscopy, ...根拠: gel filtration, The elution position of the exocyst complex is around 1MD, and SDS-PAGE of the gel filtration fractions shows that all subunits are present in a similar ratio., microscopy, Both negative staining and Cryo microscope analysis show that the exocyst complex is well folded and properly assembled.
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

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Exocyst complex component ... , 8種, 8分子 ABCDEFGH

#1: タンパク質 Exocyst complex component SEC3 / Protein PSL1


分子量: 154889.547 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P33332
#2: タンパク質 Exocyst complex component SEC5


分子量: 112236.875 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P89102
#3: タンパク質 Exocyst complex component SEC6


分子量: 93539.703 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P32844
#4: タンパク質 Exocyst complex component SEC8


分子量: 122367.109 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P32855
#5: タンパク質 Exocyst complex component SEC10


分子量: 100459.578 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: Q06245
#6: タンパク質 Exocyst complex component SEC15


分子量: 105166.641 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P22224
#7: タンパク質 Exocyst complex component EXO70 / Exocyst complex protein of 70 kDa


分子量: 71382.328 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P19658
#8: タンパク質 Exocyst complex component EXO84 / Exocyst complex protein of 84 kDa / U1 SNP1-associating protein 3


分子量: 85649.672 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P38261

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素
ID名称タイプ詳細Entity IDParent-ID由来
1Cryo-EM map of the Yeast Exocyst complex overall structure at 5.5A resolutionCOMPLEXoverall map of Yeast Exocyst complexall0NATURAL
2Cryo-EM map of the yeast Exocyst complex head-part structure at 6.7A resolutionCOMPLEXMap acquired from mask refinement against the head-part of the overall Yeast Exocyst complex map#1-#41NATURAL
3Cryo-EM map of the yeast Exocyst complex top head-part structure at 6.2A resolutionCOMPLEXMap acquired from mask refinement against the top part of the Yeast Exocyst complex head-part map#1-#41NATURAL
4Cryo-EM map of the yeast Exocyst complex bottom leg-part structure at 4.6A resolutionCOMPLEXMap acquired from mask refinement against the bottom leg-part of the overall Yeast Exocyst complex map#5-#81NATURAL
5Cryo-EM map of the yeast Exocyst complex body-part structure at 4.4A resolutionCOMPLEXMap acquired from mask refinement against the body-part of the overall Yeast Exocyst complex mapall1NATURAL
6Cryo-EM map mask for the Yeast Exocyst complex overall structure at 5.5A resolutionCOMPLEXThe mask was generated by relion_image_handler against the overall final half map. The threshold was set to 0.0046, extending binary map with 6 pixels and a soft-edge of 6 pixels was added.all1NATURAL
7Cryo-EM map mask for the Yeast Exocyst complex head structure at 6.7A resolutionCOMPLEXThe mask was made by relion_image_handler against the head part of overall final half map. Map threshold was set to 0.0046, extending binary map with 6 pixels and a soft-edge of 6 pixels was applied.#1-#41NATURAL
8Cryo-EM map mask for the yeast Exocyst complex top head-part structure at 6.2A resolutionCOMPLEXThe mask was made by relion_image_handler against the top head part of the head masked final half map. Map threshold was set to 0.0046, extending binary map with 6 pixels and a soft-edge of 6 pixels was applied.#1-#41NATURAL
9Cryo-EM map mask for the yeast Exocyst complex bottom leg-part structure at 4.6A resolutionCOMPLEXThe mask was made by relion_image_handler against the bottom leg part of overall final half map. Map threshold was set to 0.0046, extending binary map with 6 pixels and a soft-edge of 6 pixels was applied.#5-#81NATURAL
10Cryo-EM map mask for the yeast Exocyst complex body-part structure at 4.4A resolutionCOMPLEXThe mask was made by relion_image_handler against the body part of the overall final half map. Map threshold was set to 0.0046, extending binary map with 6 pixels and a soft-edge of 6 pixels was applied.all1NATURAL
分子量
IDEntity assembly-ID値 (°)実験値
110.844 MDaNO
210.844 MDaNO
310.844 MDaNO
410.844 MDaNO
510.844 MDaNO
16
17
18
19
110
由来(天然)
IDEntity assembly-ID生物種Ncbi tax-ID株細胞内の位置
21Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)4932S288ccytoplasm
32Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)4932S288ccytoplasm
43Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)4932S288ccytoplasm
54Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)4932S288ccytoplasm
65Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)4932S288ccytoplasm
76Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)4932S288ccytoplasm
87Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)4932S288ccytoplasm
98Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)4932S288ccytoplasm
109Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)4932S288ccytoplasm
1110Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)4932S288ccytoplasm
緩衝液pH: 7.4
詳細: Solutions were freshly prepared from stock and filtered with 0.22um membrane to avoid microbial contamination.
緩衝液成分
ID濃度名称式Buffer-ID
1150 mMsodium chlorideNaCl1
210 mMHEPESC8H18N204S1
32 mMDTT1
試料濃度: 0.3 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES / 詳細: This sample was mono-disperse.
試料支持詳細: Purchased Quantifoil R1.2/1.3 gold grid was directly glow discharged 60 seconds before use. Before glow discharge, the sample chamber was vacuumed by an air bump for 2 minutes.
グリッドの材料: GOLD / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R1.2/1.3
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 301 K
詳細: Protein sample was applied onto a Quantifoil R1.2/1.3 golden grid and hold for 60 seconds, then blot for 2.5 seconds before plunging.

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 倍率（公称値）: 22500 X / 最大 デフォーカス（公称値）: 3000 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 2000 nm / Calibrated defocus min: 1800 nm / 最大 デフォーカス（補正後）: 3200 nm / Cs: 2.7 mm / C2レンズ絞り径: 70 µm / アライメント法: COMA FREE
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
最高温度: 123 K / 最低温度: 113 K
撮影平均露光時間: 8 sec. / 電子線照射量: 50 e/Å2 / 検出モード: SUPER-RESOLUTION
フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
撮影したグリッド数: 11 / 実像数: 6466
画像スキャンサンプリングサイズ: 5 µm / 横: 3838 / 縦: 3710 / 動画フレーム数/画像: 32 / 利用したフレーム数/画像: 0-31

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解析

ソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: 1.11.1_2575: / 分類: 精密化
EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリFitting-ID詳細
1RELION1.4粒子像選択
2UCSFImage4画像取得
4RELION1.4CTF補正
7Situs2.8モデルフィッティング1
8Chimera1.10.1モデルフィッティング1
10PHENIX1.11.1モデル精密化1
11Situs2.8モデルフィッティング2
12PHENIX1.11.1モデル精密化2
13Chimera1.10.1モデルフィッティング3
14PHENIX1.11.1モデル精密化3
15Chimera1.10.1モデルフィッティング4
16Coot0.8.2モデル精密化4EL
17PHENIX1.11.1モデル精密化4
18Chimera1.10.1モデルフィッティング5
19PHENIX1.11.1モデル精密化5
20Chimera1.10.1モデルフィッティング6
21Coot0.8.2モデル精密化6
22PHENIX1.11.1モデル精密化6
23Coot0.8.2モデルフィッティング7
24PHENIX1.11.1モデル精密化7
25RELION1.4初期オイラー角割当
26RELION1.4最終オイラー角割当
27RELION1.4分類
28RELION1.4３次元再構成
画像処理詳細: The selected image stacks were motion corrected by Motioncor2 software and distortion magnification corrected by script.
CTF補正詳細: The defocus value of each image was determined by CTFFIND3.
タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
粒子像の選択選択した粒子像数: 904481 / 詳細: Semi-auto-picked by RELION1.4.
対称性点対称性: C1 (非対称)
3次元再構成解像度: 4.4 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 343342 / アルゴリズム: FOURIER SPACE / クラス平均像の数: 1 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築
IDプロトコル空間詳細
1RIGID BODY FITREALExo70 (a.a.67-623) was first fit into the map with Situs as a rigid body. Then it was split as Exo70 (a.a.67-344) and Exo70 (a.a.345-623), and fit into the same position with Chimera.
2RIGID BODY FITREALWell fit by one step Situs fitting.
3RIGID BODY FITREALThe fitting position of this chain was determined by cross-link mass spectrum.
4RIGID BODY FITREALThe yeast Sec10 (a.a.234-867) model was first obtained with Swiss-Model prediction based on this zebrafish originated initial model, and then fit into the map. Local adjustment was made with Coot. Final refinement was proceeded with Phenix real-space refinement.
5RIGID BODY FITREALThe yeast Exo84 (a.a.346-470) model was first obtained with PHYRE2 prediction based on this rat originated initial model, and then fit into the map. Final refinement was proceeded with Phenix real-space refinement.
6RIGID BODY FITREALThe yeast Sec15 (a.a.482-896) model was first obtained with PHYRE2 prediction based on this Drosophila originated initial model, and then fit into the map. Local adjustment was made with Coot. Final refinement was proceeded with Phenix real-space refinement.
7BACKBONE TRACEREALAll remaining models were manually built as backbone tracing Poly-Alanine, yet the present residues are shown as original. The backbone trace was guided by the EM map connectivity, secondary structure prediction and cross-link mass spectrum. The model was validated with different sets of cross-link mass spectrum data to confirmed the correctness.
原子モデル構築
IDPDB-IDPDB chain-ID 3D fitting-IDAccession codeInitial refinement model-IDPdb chain residue rangeSource nameタイプ
12B1E

2b1e

A12B1E167-623PDBexperimental model
22D2S

2d2s

A22D2S2525-753PDBexperimental model
32FJI

2fji

A32FJI3411-805PDBexperimental model
45H11

5h11

A45H114195-708PDBexperimental model
51ZC4

1zc4

B51ZC45171-283PDBexperimental model
62A2F

2a2f

X62A2F6383-699PDBexperimental model
77
精密化最高解像度: 4.4 Å
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.00633268
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d1.33145981
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d7.02519874
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.0566126
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.0066412

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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