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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5yfp | |||||||||||||||
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タイトル | Cryo-EM Structure of the Exocyst Complex | |||||||||||||||
![]() | (Exocyst complex component ...) x 8 | |||||||||||||||
![]() | EXOCYTOSIS / exocyst / coiled-coil | |||||||||||||||
機能・相同性 | ![]() vesicle tethering involved in exocytosis / exocyst assembly / exocyst localization / negative regulation of SNARE complex assembly / endoplasmic reticulum inheritance / exocyst / prospore membrane / Golgi inheritance / incipient cellular bud site / cellular bud tip ...vesicle tethering involved in exocytosis / exocyst assembly / exocyst localization / negative regulation of SNARE complex assembly / endoplasmic reticulum inheritance / exocyst / prospore membrane / Golgi inheritance / incipient cellular bud site / cellular bud tip / Golgi to plasma membrane transport / cellular bud neck / mating projection tip / vesicle docking involved in exocytosis / spliceosomal complex assembly / exocytosis / Rho protein signal transduction / transport vesicle / phosphatidylinositol-4,5-bisphosphate binding / SNARE binding / cell periphery / intracellular protein transport / small GTPase binding / protein localization / protein transport / plasma membrane / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | |||||||||||||||
生物種 | ![]() ![]() | |||||||||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.4 Å | |||||||||||||||
![]() | Mei, K. / Li, Y. / Wang, S. / Shao, G. / Wang, J. / Ding, Y. / Luo, G. / Yue, P. / Liu, J.J. / Wang, X. ...Mei, K. / Li, Y. / Wang, S. / Shao, G. / Wang, J. / Ding, Y. / Luo, G. / Yue, P. / Liu, J.J. / Wang, X. / Dong, M.Q. / Guo, W. / Wang, H.W. | |||||||||||||||
資金援助 | ![]() ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Cryo-EM structure of the exocyst complex. 著者: Kunrong Mei / Yan Li / Shaoxiao Wang / Guangcan Shao / Jia Wang / Yuehe Ding / Guangzuo Luo / Peng Yue / Jun-Jie Liu / Xinquan Wang / Meng-Qiu Dong / Hong-Wei Wang / Wei Guo / ![]() ![]() 要旨: The exocyst is an evolutionarily conserved octameric protein complex that mediates the tethering of post-Golgi secretory vesicles to the plasma membrane during exocytosis and is implicated in many ...The exocyst is an evolutionarily conserved octameric protein complex that mediates the tethering of post-Golgi secretory vesicles to the plasma membrane during exocytosis and is implicated in many cellular processes such as cell polarization, cytokinesis, ciliogenesis and tumor invasion. Using cryo-EM and chemical cross-linking MS (CXMS), we solved the structure of the Saccharomyces cerevisiae exocyst complex at an average resolution of 4.4 Å. Our model revealed the architecture of the exocyst and led to the identification of the helical bundles that mediate the assembly of the complex at its core. Sequence analysis suggests that these regions are evolutionarily conserved across eukaryotic systems. Additional cell biological data suggest a mechanism for exocyst assembly that leads to vesicle tethering at the plasma membrane. | |||||||||||||||
履歴 |
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構造の表示
ムービー |
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構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 920 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 637 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 6827MC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ | |
電子顕微鏡画像生データ | ![]() Data size: 10.0 TB Data #1: Unaligned multi-frame micrographs of Yeast Exocyst complex [micrographs - multiframe]) |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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要素
-Exocyst complex component ... , 8種, 8分子 ABCDEFGH
#1: タンパク質 | 分子量: 154889.547 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P33332 |
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#2: タンパク質 | 分子量: 112236.875 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P89102 |
#3: タンパク質 | 分子量: 93539.703 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P32844 |
#4: タンパク質 | 分子量: 122367.109 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P32855 |
#5: タンパク質 | 分子量: 100459.578 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: Q06245 |
#6: タンパク質 | 分子量: 105166.641 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P22224 |
#7: タンパク質 | 分子量: 71382.328 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P19658 |
#8: タンパク質 | 分子量: 85649.672 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P38261 |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
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試料調製
構成要素 |
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分子量 |
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由来(天然) |
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緩衝液 | pH: 7.4 詳細: Solutions were freshly prepared from stock and filtered with 0.22um membrane to avoid microbial contamination. | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
緩衝液成分 |
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試料 | 濃度: 0.3 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES / 詳細: This sample was mono-disperse. | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
試料支持 | 詳細: Purchased Quantifoil R1.2/1.3 gold grid was directly glow discharged 60 seconds before use. Before glow discharge, the sample chamber was vacuumed by an air bump for 2 minutes. グリッドの材料: GOLD / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R1.2/1.3 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
急速凍結 | 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 301 K 詳細: Protein sample was applied onto a Quantifoil R1.2/1.3 golden grid and hold for 60 seconds, then blot for 2.5 seconds before plunging. |
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電子顕微鏡撮影
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: ![]() |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 倍率(公称値): 22500 X / 最大 デフォーカス(公称値): 3000 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 2000 nm / Calibrated defocus min: 1800 nm / 最大 デフォーカス(補正後): 3200 nm / Cs: 2.7 mm / C2レンズ絞り径: 70 µm / アライメント法: COMA FREE |
試料ホルダ | 凍結剤: NITROGEN 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER 最高温度: 123 K / 最低温度: 113 K |
撮影 | 平均露光時間: 8 sec. / 電子線照射量: 50 e/Å2 / 検出モード: SUPER-RESOLUTION フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 撮影したグリッド数: 11 / 実像数: 6466 |
画像スキャン | サンプリングサイズ: 5 µm / 横: 3838 / 縦: 3710 / 動画フレーム数/画像: 32 / 利用したフレーム数/画像: 0-31 |
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解析
ソフトウェア | 名称: PHENIX / バージョン: 1.11.1_2575: / 分類: 精密化 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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EMソフトウェア |
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画像処理 | 詳細: The selected image stacks were motion corrected by Motioncor2 software and distortion magnification corrected by script. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CTF補正 | 詳細: The defocus value of each image was determined by CTFFIND3. タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
粒子像の選択 | 選択した粒子像数: 904481 / 詳細: Semi-auto-picked by RELION1.4. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
対称性 | 点対称性: C1 (非対称) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 4.4 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 343342 / アルゴリズム: FOURIER SPACE / クラス平均像の数: 1 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 |
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原子モデル構築 |
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精密化 | 最高解像度: 4.4 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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