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- PDB-5yeh: Crystal structure of CTCF ZFs4-8-eCBS -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5yeh
タイトルCrystal structure of CTCF ZFs4-8-eCBS
要素
  • DNA (5'-D(*AP*CP*GP*GP*TP*TP*TP*CP*CP*GP*CP*TP*AP*GP*AP*GP*GP*GP*CP*G)-3')
  • DNA (5'-D(*TP*CP*GP*CP*CP*CP*TP*CP*TP*AP*GP*CP*GP*GP*AP*AP*AP*CP*CP*G)-3')
  • Transcriptional repressor CTCF
キーワードDNA BINDING PROTEIN/DNA / zinc fingers / insulators / enhancers / promoters / 3D genome / topological domains / contact loops / higher-order chromatin structure / DNA BINDING PROTEIN-DNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


chromatin loop anchoring activity / chromatin insulator sequence binding / regulation of centromeric sister chromatid cohesion / genomic imprinting / protein localization to chromosome, centromeric region / chromatin looping / cardiac muscle cell development / DNA methylation-dependent constitutive heterochromatin formation / negative regulation of gene expression via chromosomal CpG island methylation / chromosome, centromeric region ...chromatin loop anchoring activity / chromatin insulator sequence binding / regulation of centromeric sister chromatid cohesion / genomic imprinting / protein localization to chromosome, centromeric region / chromatin looping / cardiac muscle cell development / DNA methylation-dependent constitutive heterochromatin formation / negative regulation of gene expression via chromosomal CpG island methylation / chromosome, centromeric region / condensed chromosome / male germ cell nucleus / epigenetic regulation of gene expression / transcription coregulator binding / mitochondrion organization / chromosome segregation / DNA-binding transcription repressor activity, RNA polymerase II-specific / Activation of anterior HOX genes in hindbrain development during early embryogenesis / sequence-specific double-stranded DNA binding / gene expression / sequence-specific DNA binding / in utero embryonic development / transcription cis-regulatory region binding / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / DNA-binding transcription factor activity / negative regulation of cell population proliferation / negative regulation of DNA-templated transcription / positive regulation of gene expression / regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of DNA-templated transcription / nucleolus / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / zinc ion binding / nucleoplasm / nucleus
類似検索 - 分子機能
: / : / C2H2 zinc finger / C2H2-type zinc-finger domain / Zinc finger, C2H2 type / zinc finger / Zinc finger C2H2 type domain profile. / Zinc finger C2H2 superfamily / Zinc finger C2H2 type domain signature. / Zinc finger C2H2-type
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / DNA (> 10) / Transcriptional repressor CTCF
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.328 Å
データ登録者Yin, M. / Wang, J. / Wang, M. / Li, X. / Wang, Y.
資金援助 中国, 7件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China31630015 中国
National Natural Science Foundation of China91440201 中国
National Natural Science Foundation of China31571335 中国
National Natural Science Foundation of China31400640 中国
National Natural Science Foundation of China31630039 中国
National Natural Science Foundation of China91640118 中国
National Natural Science Foundation of China31470820 中国
引用ジャーナル: Cell Res. / 年: 2017
タイトル: Molecular mechanism of directional CTCF recognition of a diverse range of genomic sites
著者: Yin, M. / Wang, J. / Wang, M. / Li, X. / Zhang, M. / Wu, Q. / Wang, Y.
履歴
登録2017年9月17日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02017年11月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年1月23日Group: Data collection / Structure summary / カテゴリ: struct / Item: _struct.title
改定 1.22023年11月22日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Transcriptional repressor CTCF
C: DNA (5'-D(*AP*CP*GP*GP*TP*TP*TP*CP*CP*GP*CP*TP*AP*GP*AP*GP*GP*GP*CP*G)-3')
D: DNA (5'-D(*TP*CP*GP*CP*CP*CP*TP*CP*TP*AP*GP*CP*GP*GP*AP*AP*AP*CP*CP*G)-3')
B: Transcriptional repressor CTCF
E: DNA (5'-D(*AP*CP*GP*GP*TP*TP*TP*CP*CP*GP*CP*TP*AP*GP*AP*GP*GP*GP*CP*G)-3')
F: DNA (5'-D(*TP*CP*GP*CP*CP*CP*TP*CP*TP*AP*GP*CP*GP*GP*AP*AP*AP*CP*CP*G)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)58,84716
ポリマ－58,1936
非ポリマー65410
水1,27971
1
A: Transcriptional repressor CTCF
C: DNA (5'-D(*AP*CP*GP*GP*TP*TP*TP*CP*CP*GP*CP*TP*AP*GP*AP*GP*GP*GP*CP*G)-3')
D: DNA (5'-D(*TP*CP*GP*CP*CP*CP*TP*CP*TP*AP*GP*CP*GP*GP*AP*AP*AP*CP*CP*G)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,4248
ポリマ－29,0963
非ポリマー3275
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5490 Å2
ΔGint-71 kcal/mol
Surface area13860 Å2
手法PISA
2
B: Transcriptional repressor CTCF
E: DNA (5'-D(*AP*CP*GP*GP*TP*TP*TP*CP*CP*GP*CP*TP*AP*GP*AP*GP*GP*GP*CP*G)-3')
F: DNA (5'-D(*TP*CP*GP*CP*CP*CP*TP*CP*TP*AP*GP*CP*GP*GP*AP*AP*AP*CP*CP*G)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,4248
ポリマ－29,0963
非ポリマー3275
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5170 Å2
ΔGint-30 kcal/mol
Surface area14270 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)45.845, 54.876, 66.938
Angle α, β, γ (deg.)81.17, 80.11, 79.72
Int Tables number1
Space group name H-MP1

-
要素

#1: タンパク質 Transcriptional repressor CTCF / 11-zinc finger protein / CCCTC-binding factor / CTCFL paralog


分子量: 16825.561 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 349-490 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CTCF / 発現宿主: Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 参照: UniProt: P49711
#2: DNA鎖 DNA (5'-D(*AP*CP*GP*GP*TP*TP*TP*CP*CP*GP*CP*TP*AP*GP*AP*GP*GP*GP*CP*G)-3')


分子量: 6190.991 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#3: DNA鎖 DNA (5'-D(*TP*CP*GP*CP*CP*CP*TP*CP*TP*AP*GP*CP*GP*GP*AP*AP*AP*CP*CP*G)-3')


分子量: 6079.932 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#4: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 71 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.78 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.79 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸発脱水法
詳細: 0.1 M Bis-tris pH 5.6-6.0, 0.2 M Sodium chloride and 17-24% PEG 3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL19U1 / 波長: 0.9785 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年11月7日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9785 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.33→32.71 Å / Num. obs: 25836 / % possible obs: 96.5 % / 冗長度: 5.4 % / Rmerge(I) obs: 0.073 / Rpim(I) all: 0.034 / Net I/av σ(I): 20.2 / Net I/σ(I): 20.2
反射 シェル解像度: 2.34→2.38 Å / 冗長度: 5.5 % / Rmerge(I) obs: 0.66 / Mean I/σ(I) obs: 2.54 / Rpim(I) all: 0.306 / % possible all: 97.4

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.12_2829: ???)精密化
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5YEG

5yeg


解像度: 2.328→32.706 Å / SU ML: 0.39 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.98 / 位相誤差: 33.89 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2695 1291 5.01 %
Rwork0.2219 --
obs0.2243 25750 95.75 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.328→32.706 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2148 1624 10 71 3853
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.014022
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.2085760
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d27.8491576
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.067626
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.008460
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.3279-2.4210.35571460.29762663X-RAY DIFFRACTION93
2.421-2.53120.36381260.28662754X-RAY DIFFRACTION97
2.5312-2.66460.37731530.2932767X-RAY DIFFRACTION97
2.6646-2.83140.32621390.29032679X-RAY DIFFRACTION96
2.8314-3.04990.33011350.29072794X-RAY DIFFRACTION97
3.0499-3.35660.30191530.26312685X-RAY DIFFRACTION95
3.3566-3.84160.2821390.19962727X-RAY DIFFRACTION96
3.8416-4.83750.2171470.18032721X-RAY DIFFRACTION97
4.8375-32.70910.21111530.17892669X-RAY DIFFRACTION94
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.04010.0108-0.01840.00620.00270.02430.41330.18520.0856-0.36230.2760.023-0.34550.2111-0.00270.70140.0611-0.03840.82010.1590.58825.3051-10.0994-14.7984
20.0249-0.0258-0.05650.05930.00720.1715-0.09630.27690.3408-0.247-0.11920.31340.11540.2279-0.00430.28120.0189-0.09060.2706-0.01780.396319.1857-24.672-7.071
30.1178-0.0621-0.04970.0750.06410.28570.15920.15380.2531-0.1637-0.2364-0.3079-0.074-0.0748-0.01010.2023-0.03940.05170.2861-0.02130.449835.7244-10.4497-0.6111
40.0287-0.04280.05310.0231-0.07950.2492-0.2542-0.4365-0.3364-0.04-0.2127-0.1492-0.06130.1735-0.05830.1940.01940.08850.31030.07950.291719.0671-0.231612.5985
50.2934-0.35420.18160.4562-0.25730.16480.28340.3681-0.2022-0.20670.32120.0868-0.19830.29170.04330.6023-0.08150.15620.75390.22570.2919.9707-0.92929.8273
60.0885-0.00060.0060.0881-0.01160.00120.24640.0725-0.13310.12710.52540.26620.2321-0.2019-0.0050.8612-0.0552-0.20190.65850.02730.457126.9579-10.934331.1749
71.94761.01140.58690.52250.32120.6230.00410.2154-0.46630.19860.3272-0.2735-0.0058-0.09960.16630.31640.0186-0.01630.25050.05990.286723.334-12.27915.9147
80.0433-0.02750.02350.04440.00660.02030.11790.07320.0024-0.0660.31090.07910.0453-0.1333-0.00120.6130.1472-0.04180.9039-0.03630.36319.3358-8.559-19.2441
90.19140.15740.08720.37110.00460.0698-0.1258-0.0566-0.2569-0.0516-0.1565-0.20720.0873-0.0337-0.02740.8376-0.062-0.06421.0423-0.09870.350718.0114-16.7382-21.8405
100.1051-0.03860.08050.2290.20670.18420.2678-0.0579-0.296-0.07450.2223-0.0449-0.0001-0.19670.00070.37260.0207-0.00610.339-0.00050.312222.0615-11.94193.3958
110.0103-0.0089-0.01750.0180.00940.02950.1282-0.1611-0.2520.2720.0754-0.387-0.226-0.0402-0.00060.72410.0405-0.14940.5531-0.11640.579430.316-6.146424.6293
120.0896-0.0571-0.04660.1279-0.00840.05560.1977-0.22210.03440.084-0.03210.0151-0.10420.0540.13831.25540.4595-0.39920.6023-0.86010.71313.909632.829215.0519
130.32990.56880.77731.30961.20781.80580.121-0.63350.01070.0911-0.50190.4716-0.0994-0.5537-0.10820.1762-0.0489-0.02330.0915-0.0240.283122.990415.99577.2597
140.02880.0074-0.07050.0921-0.1050.3793-0.0236-0.12310.2869-0.08690.17520.189-0.0841-0.08110.02120.1235-0.02460.00510.23760.050.36453.9994.05492.0269
150.7966-0.23280.68450.3712-0.22980.6676-0.1389-0.2811-0.02050.03740.09860.023-0.292-0.3751-0.01560.3429-0.02070.01660.24170.0020.3229-2.675122.8267-11.0097
160.45370.507-0.37440.7467-0.28920.43070.2660.0942-0.01440.3909-0.39380.0725-0.01210.10680.4170.65370.0690.06540.51840.02530.2211-1.779832.0654-28.4314
170.0376-0.01060.02590.0127-0.02160.03120.10080.15-0.06980.2289-0.01610.0585-0.0852-0.02890.00830.82590.00540.04040.6066-0.28670.47716.157912.7018-29.8639
180.54130.3563-0.23570.8048-0.08510.1220.0221-0.52410.17630.19890.1697-0.5136-0.4577-0.28280.03160.37210.1125-0.05980.3709-0.13590.30678.658716.92063.8196
190.2178-0.29680.00660.41280.0114-0.00430.32170.2891-0.6726-0.16230.0417-0.13470.11830.12610.17580.7290.0223-0.19340.9774-0.60110.218916.09418.738622.7623
200.11950.12980.00530.10020.03740.08370.1156-0.02390.1041-0.17160.2142-0.1145-0.6119-0.39690.00010.40140.07060.02460.4812-0.06210.43889.024116.717-2.1578
210.2759-0.3422-0.09420.43630.11720.03340.39290.2993-0.2021-0.10370.29920.1899-0.2945-0.33670.1280.74060.1613-0.16320.73330.06870.41850.396510.7328-23.2159
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 349 through 374 )A349 - 374
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 378 through 403 )A378 - 403
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 406 through 431 )A406 - 431
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 436 through 461 )A436 - 461
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 466 through 487 )A466 - 487
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'C' and (resid 1 through 5 )C1 - 5
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'C' and (resid 6 through 15 )C6 - 15
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'C' and (resid 16 through 20 )C16 - 20
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'D' and (resid 1 through 5 )D1 - 5
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'D' and (resid 6 through 15 )D6 - 15
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'D' and (resid 16 through 20 )D16 - 20
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'B' and (resid 352 through 374 )B352 - 374
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'B' and (resid 378 through 402 )B378 - 402
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'B' and (resid 406 through 431 )B406 - 431
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'B' and (resid 436 through 461 )B436 - 461
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'B' and (resid 466 through 487 )B466 - 487
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'E' and (resid 1 through 5 )E1 - 5
18X-RAY DIFFRACTION18chain 'E' and (resid 6 through 20 )E6 - 20
19X-RAY DIFFRACTION19chain 'F' and (resid 1 through 5 )F1 - 5
20X-RAY DIFFRACTION20chain 'F' and (resid 6 through 15 )F6 - 15
21X-RAY DIFFRACTION21chain 'F' and (resid 16 through 20 )F16 - 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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