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万見
- PDB-5ycw: Double domain swapped dimer of engineered hairpin loop1 and loop3... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5ycw
タイトルDouble domain swapped dimer of engineered hairpin loop1 and loop3 mutant in Single-chain Monellin
要素single chain monellin
キーワードPLANT PROTEIN / domain swapped dimer / Single-chain Monellin / loop mutation / QVVAG motif
機能・相同性Monellin, B chain / Monellin / Monellin / Cystatin superfamily / Monellin chain B
機能・相同性情報
生物種Dioscoreophyllum cumminsii (植物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.285 Å
データ登録者Surana, P. / Nandwani, N. / Udgaonkar, J.B. / Gosavi, S. / Das, R.
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2019
タイトル: A five-residue motif for the design of domain swapping in proteins.
著者: Nandwani, N. / Surana, P. / Negi, H. / Mascarenhas, N.M. / Udgaonkar, J.B. / Das, R. / Gosavi, S.
履歴
登録2017年9月8日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02018年11月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年2月13日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22023年11月22日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: single chain monellin


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)10,6221
ポリマ－10,6221
非ポリマー00
水724
1
A: single chain monellin

A: single chain monellin


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,2442
ポリマ－21,2442
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation6_555-x,-x+y,-z+1/31
Buried area6270 Å2
ΔGint-42 kcal/mol
Surface area10360 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)48.110, 48.110, 103.490
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number152
Space group name H-MP3121

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要素

#1: タンパク質 single chain monellin


分子量: 10622.219 Da / 分子数: 1
変異: YENEGFREIK to QVVA in loop1, DYKTR to QVVAG in loop3
由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Dioscoreophyllum cumminsii (植物) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P02882*PLUS
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
配列の詳細The complete sequence of single chain Monellin has been deposited to NCBI with accession code ...The complete sequence of single chain Monellin has been deposited to NCBI with accession code AFF58925. Residues 48-57 YENEGFREIK have been replaced with QVVA, Residues 79-83 DYKTR have been replaced with QVVAG in this structure. C-terminal residues STP are from expression tag.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.25 Å3/Da / 溶媒含有率: 62.21 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 8-12% (wt/vol) PEG 8000, 50mM sodium phosphate, pH 6.4-6.8, Crystals grew in a week
PH範囲: 6.4-7.0

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: MASSIF-3 / 波長: 0.966 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年4月20日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.966 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.285→41.66 Å / Num. obs: 6521 / % possible obs: 97.28 % / 冗長度: 5.9 % / Biso Wilson estimate: 71.49 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.03691 / Net I/σ(I): 22.76
反射 シェル最高解像度: 2.285 Å / Rmerge(I) obs: 0.7052 / Mean I/σ(I) obs: 2.46 / CC1/2: 0.85 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.9_1692精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1IV7

1iv7


解像度: 2.285→41.66 Å / SU ML: 0.3 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 34.91
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2633 646 9.91 %
Rwork0.222 --
obs0.2263 6520 97.27 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.285→41.66 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数720 0 0 4 724
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.006737
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.047996
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.575279
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.04105
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.008130
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.2849-2.46130.43021270.38371165X-RAY DIFFRACTION100
2.4613-2.70890.38241160.35771038X-RAY DIFFRACTION88
2.7089-3.10080.38821270.30741182X-RAY DIFFRACTION100
3.1008-3.90620.29321400.24611198X-RAY DIFFRACTION99
3.9062-41.67140.20731360.17751291X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.8792-0.4036-0.29721.0839-0.41332.2506-0.13750.0563-0.4594-0.00770.40330.3522-0.269-0.2086-00.49110.08380.04660.58040.00150.7136-3.270819.5334-0.9586
20.1053-0.118-0.44710.34330.0987-0.4193-0.8822-0.10370.51340.59040.6124-0.1953-0.5074-0.091901.29540.16760.10060.62290.06441.009-0.516838.0568-0.066
31.8579-0.4471-0.69141.3353-0.8340.96940.01480.09920.15260.0934-0.0251-0.1503-0.20770.067300.59840.0971-0.01470.6614-0.02790.5284-0.787220.57260.8379
42.4429-2.01030.46313.5193-0.70020.0323-0.04350.4039-0.2120.2853-0.17070.11350.0648-0.4134-00.55220.02840.07450.51820.01870.4519-21.075411.153433.7663
51.5313-2.22071.52971.52-2.78690.759-0.13850.2884-0.16520.5027-0.0315-0.6135-0.4528-0.30100.8463-0.01570.02250.7788-0.06930.87072.337226.62211.7848
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1(chain A and resid 2:23)
2X-RAY DIFFRACTION2(chain A and resid 24:31)
3X-RAY DIFFRACTION3(chain A and resid 32:52)
4X-RAY DIFFRACTION4(chain A and resid 53:75)
5X-RAY DIFFRACTION5(chain A and resid 76:91)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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