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万見
- PDB-5yat: Crystal structure of mitochondrial alcohol dehydrogenase isozyme ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5yat
タイトルCrystal structure of mitochondrial alcohol dehydrogenase isozyme III from Komagataella phaffii GS115
要素Mitochondrial alcohol dehydrogenase isozyme III
キーワードOXIDOREDUCTASE / alcohol dehydrogenase / catalytic zinc / yeast / dimer
機能・相同性
機能・相同性情報


oxidoreductase activity / zinc ion binding
類似検索 - 分子機能
Alcohol dehydrogenase, zinc-type, conserved site / Zinc-containing alcohol dehydrogenases signature. / Quinone Oxidoreductase; Chain A, domain 1 / Medium-chain alcohol dehydrogenases, catalytic domain / Alcohol dehydrogenase-like, C-terminal / Zinc-binding dehydrogenase / Alcohol dehydrogenase, N-terminal / Alcohol dehydrogenase GroES-like domain / Polyketide synthase, enoylreductase domain / Enoylreductase ...Alcohol dehydrogenase, zinc-type, conserved site / Zinc-containing alcohol dehydrogenases signature. / Quinone Oxidoreductase; Chain A, domain 1 / Medium-chain alcohol dehydrogenases, catalytic domain / Alcohol dehydrogenase-like, C-terminal / Zinc-binding dehydrogenase / Alcohol dehydrogenase, N-terminal / Alcohol dehydrogenase GroES-like domain / Polyketide synthase, enoylreductase domain / Enoylreductase / GroES-like superfamily / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain / NAD(P)-binding domain superfamily / Alpha-Beta Complex / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ISOPROPYL ALCOHOL / Mitochondrial alcohol dehydrogenase isozyme III
類似検索 - 構成要素
生物種Komagataella phaffii (菌類)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.745 Å
データ登録者Zhang, H.D. / Li, Q.
引用ジャーナル: Biochim. Biophys. Acta / 年: 2018
タイトル: Investigation of structure and function of mitochondrial alcohol dehydrogenase isozyme III from Komagataella phaffii GS115.
著者: Zhang, H. / Li, Q. / Wang, L. / Chen, Y.
履歴
登録2017年9月1日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02018年3月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月22日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Mitochondrial alcohol dehydrogenase isozyme III
B: Mitochondrial alcohol dehydrogenase isozyme III
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)74,82712
ポリマ－74,0762
非ポリマー75010
水9,332518
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2870 Å2
ΔGint-13 kcal/mol
Surface area29480 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)111.856, 111.856, 105.520
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number172
Space group name H-MP64
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-650-

HOH

21A-749-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Mitochondrial alcohol dehydrogenase isozyme III


分子量: 37038.176 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Komagataella phaffii (strain GS115 / ATCC 20864) (菌類)
株: GS115 / ATCC 20864 / 遺伝子: PAS_chr2-1_0472 / 発現宿主: Pichia (菌類) / 参照: UniProt: C4R0S8
#2: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#3: 化合物 ChemComp-IPA / ISOPROPYL ALCOHOL / 2-PROPANOL / 2-プロパノ-ル


分子量: 60.095 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O / コメント: alkaloid*YM
#4: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 518 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.57 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.19 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 13% (v/v) 2-propanol, 0.2 M Zinc acetate, 0.1M Sodium cacodylate/Hydrochloric acid, pH 6.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U1 / 波長: 0.979158 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2017年6月18日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979158 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.745→96.88 Å / Num. obs: 72896 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 21.9 % / Rmerge(I) obs: 0.205 / Net I/σ(I): 14.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.11.1_2575精密化
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4W6Z

4w6z


解像度: 1.745→36.613 Å / SU ML: 0.2 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0 / 位相誤差: 21.92
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2116 3558 5.03 %
Rwork0.1825 --
obs0.184 70682 92.96 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.745→36.613 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5171 0 36 518 5725
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0045299
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.7477190
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d11.6863102
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.051823
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005918
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.745-1.76890.33611020.2912305X-RAY DIFFRACTION80
1.7689-1.79420.32841310.26982402X-RAY DIFFRACTION83
1.7942-1.8210.28071330.25262413X-RAY DIFFRACTION85
1.821-1.84940.29471330.24392475X-RAY DIFFRACTION86
1.8494-1.87970.24311350.24252502X-RAY DIFFRACTION87
1.8797-1.91220.27621300.27192279X-RAY DIFFRACTION79
1.9122-1.94690.34521330.30352372X-RAY DIFFRACTION83
1.9469-1.98440.25481180.21522624X-RAY DIFFRACTION91
1.9844-2.02490.24481330.20032777X-RAY DIFFRACTION94
2.0249-2.06890.21971320.20372676X-RAY DIFFRACTION93
2.0689-2.1170.24261460.19542690X-RAY DIFFRACTION94
2.117-2.170.23141440.18852776X-RAY DIFFRACTION95
2.17-2.22860.21711430.1952725X-RAY DIFFRACTION94
2.2286-2.29420.29641370.23782572X-RAY DIFFRACTION90
2.2942-2.36820.21221530.17942778X-RAY DIFFRACTION97
2.3682-2.45290.2031470.17162844X-RAY DIFFRACTION98
2.4529-2.5510.20991410.1652848X-RAY DIFFRACTION99
2.551-2.66710.20211570.17122836X-RAY DIFFRACTION99
2.6671-2.80770.19571510.17322870X-RAY DIFFRACTION99
2.8077-2.98350.20711680.16752845X-RAY DIFFRACTION99
2.9835-3.21370.18881560.17372879X-RAY DIFFRACTION100
3.2137-3.53690.19011560.16322891X-RAY DIFFRACTION100
3.5369-4.04810.16951490.15522912X-RAY DIFFRACTION100
4.0481-5.09810.17711620.14422905X-RAY DIFFRACTION100
5.0981-36.62150.20851680.18412928X-RAY DIFFRACTION100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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