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- PDB-5y9v: Crystal structure of diamondback moth ryanodine receptor N-termin... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5y9v
タイトルCrystal structure of diamondback moth ryanodine receptor N-terminal domain
要素Ryanodine receptor 1
キーワードTRANSPORT PROTEIN / diamondback moth / ryanodine receptor / ion channel
機能・相同性
機能・相同性情報


ryanodine-sensitive calcium-release channel activity / release of sequestered calcium ion into cytosol by sarcoplasmic reticulum / smooth endoplasmic reticulum / striated muscle contraction / sarcoplasmic reticulum membrane / calcium channel complex / sarcolemma / Z disc / intracellular calcium ion homeostasis
類似検索 - 分子機能
Ryanodine receptor, SPRY domain 2 / : / Ryanodine receptor junctional solenoid repeat / Ryanodine Receptor TM 4-6 / Ryanodine receptor / Ryanodine receptor, SPRY domain 1 / Ryanodine receptor, SPRY domain 3 / Ryanodine Receptor TM 4-6 / Ryanodine receptor Ryr / RyR domain ...Ryanodine receptor, SPRY domain 2 / : / Ryanodine receptor junctional solenoid repeat / Ryanodine Receptor TM 4-6 / Ryanodine receptor / Ryanodine receptor, SPRY domain 1 / Ryanodine receptor, SPRY domain 3 / Ryanodine Receptor TM 4-6 / Ryanodine receptor Ryr / RyR domain / RyR/IP3R Homology associated domain / Inositol 1,4,5-trisphosphate/ryanodine receptor / RIH domain / RyR and IP3R Homology associated / Inositol 1,4,5-trisphosphate/ryanodine receptor / RIH domain / : / MIR motif / MIR domain / MIR domain profile. / Domain in ryanodine and inositol trisphosphate receptors and protein O-mannosyltransferases / Mir domain superfamily / SPRY domain / B30.2/SPRY domain / B30.2/SPRY domain profile. / B30.2/SPRY domain superfamily / Domain in SPla and the RYanodine Receptor. / SPRY domain / Ion transport domain / Ion transport protein / EF-hand domain pair / Concanavalin A-like lectin/glucanase domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Ryanodine receptor 1
類似検索 - 構成要素
生物種Plutella xylostella (コナガ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.841 Å
データ登録者Lin, L. / Yuchi, Z.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
National Key Research and Development Program of China2017YFD0201403 中国
引用ジャーナル: Insect Biochem. Mol. Biol. / 年: 2017
タイトル: Crystal structure of ryanodine receptor N-terminal domain from Plutella xylostella reveals two potential species-specific insecticide-targeting sites.
著者: Lin, L. / Liu, C. / Qin, J. / Wang, J. / Dong, S. / Chen, W. / He, W. / Gao, Q. / You, M. / Yuchi, Z.
履歴
登録2017年8月28日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02017年12月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年9月9日Group: Structure summary / カテゴリ: struct / Item: _struct.title
改定 1.22023年11月22日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id
改定 1.32024年10月30日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Ryanodine receptor 1
B: Ryanodine receptor 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,3524
ポリマ－45,2242
非ポリマー1282
水181
1
A: Ryanodine receptor 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,7042
ポリマ－22,6121
非ポリマー921
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Ryanodine receptor 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,6482
ポリマ－22,6121
非ポリマー351
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)170.130, 170.130, 51.763
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number169
Space group name H-MP61
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11(chain A and (resid 14 through 40 or (resid 41...
21(chain B and ((resid 14 and (name N or name...

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1

Dom-IDComponent-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11VALVALGLYGLY(chain A and (resid 14 through 40 or (resid 41...AA14 - 4017 - 43
12PHEPHEPHEPHE(chain A and (resid 14 through 40 or (resid 41...AA4144
13VALVALGLYGLY(chain A and (resid 14 through 40 or (resid 41...AA14 - 20217 - 205
14VALVALGLYGLY(chain A and (resid 14 through 40 or (resid 41...AA14 - 20217 - 205
15VALVALGLYGLY(chain A and (resid 14 through 40 or (resid 41...AA14 - 20217 - 205
16VALVALGLYGLY(chain A and (resid 14 through 40 or (resid 41...AA14 - 20217 - 205
21VALVALVALVAL(chain B and ((resid 14 and (name N or name...BB1417
22VALVALTYRTYR(chain B and ((resid 14 and (name N or name...BB14 - 20117 - 204
23VALVALTYRTYR(chain B and ((resid 14 and (name N or name...BB14 - 20117 - 204
24VALVALTYRTYR(chain B and ((resid 14 and (name N or name...BB14 - 20117 - 204
25VALVALTYRTYR(chain B and ((resid 14 and (name N or name...BB14 - 20117 - 204

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要素

#1: タンパク質 Ryanodine receptor 1


分子量: 22612.170 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP RESIDUES 1-205 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Plutella xylostella (コナガ) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: G8EME3
#2: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#3: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.78 Å3/Da / 溶媒含有率: 74.28 %
結晶化温度: 298.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 / 詳細: 0.1 M HEPES pH 7.0, 1.6 M ammonium sulfate

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U1 / 波長: 0.9795 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2017年3月11日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.841→44.24 Å / Num. obs: 20497 / % possible obs: 99.66 % / 冗長度: 6.6 % / Biso Wilson estimate: 87.14 Å2 / Net I/σ(I): 18.9
反射 シェル解像度: 2.84→2.94 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データスケーリング
PHENIX1.11.1_2575精密化
PDB_EXTRACT3.22データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3ILA

3ila


解像度: 2.841→40.864 Å / SU ML: 0.45 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 25.85
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2452 1985 9.69 %
Rwork0.2132 --
obs0.2163 20492 99.7 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 163.84 Å2 / Biso mean: 81.8934 Å2 / Biso min: 40.24 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.841→40.864 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2538 0 15 1 2554
Biso mean--109.56 78.99 -
残基数----347
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0042618
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.7023577
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.044428
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.003457
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.6851526
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11A1331X-RAY DIFFRACTION12.884TORSIONAL
12B1331X-RAY DIFFRACTION12.884TORSIONAL
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 14

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.8413-2.91230.40321350.39041260139596
2.9123-2.9910.42031440.333912931437100
2.991-3.0790.34261440.284213301474100
3.079-3.17840.29251390.250112991438100
3.1784-3.29190.27581440.25113261470100
3.2919-3.42370.29641390.24813171456100
3.4237-3.57940.31491390.256513001439100
3.5794-3.7680.25811420.227313301472100
3.768-4.00390.25871430.186313231466100
4.0039-4.31270.22241380.178613321470100
4.3127-4.74610.16521440.151713221466100
4.7461-5.43150.2111430.178113161459100
5.4315-6.8380.23781490.235413581507100
6.838-40.86810.23821420.216714011543100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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