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万見
- PDB-5y7w: Crystal structure of the Nco-A1 PAS-B domain with YL-2 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5y7w
タイトルCrystal structure of the Nco-A1 PAS-B domain with YL-2
要素
  • Nuclear receptor coactivator 1
  • YL-2 peptide
キーワードTRANSCRIPTION/INIHIBITOR / inflammatory allergic diseases and cancers / Nuclear receptor coactivator 1 / stapled peptide / TRANSCRIPTION-INIHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


NR1H2 & NR1H3 regulate gene expression to control bile acid homeostasis / NR1H3 & NR1H2 regulate gene expression linked to cholesterol transport and efflux / SUMOylation of transcription cofactors / Recycling of bile acids and salts / Synthesis of bile acids and bile salts / Synthesis of bile acids and bile salts via 7alpha-hydroxycholesterol / Synthesis of bile acids and bile salts via 27-hydroxycholesterol / Endogenous sterols / HATs acetylate histones / Regulation of lipid metabolism by PPARalpha ...NR1H2 & NR1H3 regulate gene expression to control bile acid homeostasis / NR1H3 & NR1H2 regulate gene expression linked to cholesterol transport and efflux / SUMOylation of transcription cofactors / Recycling of bile acids and salts / Synthesis of bile acids and bile salts / Synthesis of bile acids and bile salts via 7alpha-hydroxycholesterol / Synthesis of bile acids and bile salts via 27-hydroxycholesterol / Endogenous sterols / HATs acetylate histones / Regulation of lipid metabolism by PPARalpha / Cytoprotection by HMOX1 / Estrogen-dependent gene expression / nuclear retinoic acid receptor binding / labyrinthine layer morphogenesis / regulation of thyroid hormone receptor signaling pathway / positive regulation of transcription from RNA polymerase II promoter by galactose / positive regulation of female receptivity / hypothalamus development / male mating behavior / cellular response to Thyroglobulin triiodothyronine / estrous cycle / nuclear retinoid X receptor binding / response to retinoic acid / histone acetyltransferase activity / regulation of cellular response to insulin stimulus / histone acetyltransferase / cellular response to hormone stimulus / positive regulation of adipose tissue development / peroxisome proliferator activated receptor signaling pathway / lactation / positive regulation of neuron differentiation / cerebellum development / nuclear receptor coactivator activity / response to progesterone / hippocampus development / nuclear estrogen receptor binding / nuclear receptor binding / RNA polymerase II transcription regulatory region sequence-specific DNA binding / mRNA transcription by RNA polymerase II / cerebral cortex development / RNA polymerase II transcription regulator complex / male gonad development / response to estradiol / transcription regulator complex / transcription coactivator activity / protein dimerization activity / positive regulation of apoptotic process / chromatin binding / protein-containing complex binding / chromatin / positive regulation of DNA-templated transcription / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / DNA binding / nucleoplasm / nucleus / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
Nuclear receptor coactivator 1 / PAS domain / Nuclear receptor coactivator, DUF1518 / Nuclear receptor coactivator, Ncoa-type, interlocking / Nuclear receptor coactivator, Ncoa-type, interlocking domain superfamily / Nuclear receptor coactivator, DUF1518 / Nuclear receptor coactivator / DUF1518 / Nuclear receptor coactivator, receptor-binding domain / Nuclear receptor coactivator ...Nuclear receptor coactivator 1 / PAS domain / Nuclear receptor coactivator, DUF1518 / Nuclear receptor coactivator, Ncoa-type, interlocking / Nuclear receptor coactivator, Ncoa-type, interlocking domain superfamily / Nuclear receptor coactivator, DUF1518 / Nuclear receptor coactivator / DUF1518 / Nuclear receptor coactivator, receptor-binding domain / Nuclear receptor coactivator / Steroid receptor coactivator / Unstructured region on nuclear receptor coactivator protein / PAS domain / Nuclear receptor coactivator, interlocking / Helix-loop-helix DNA-binding domain superfamily / helix loop helix domain / Myc-type, basic helix-loop-helix (bHLH) domain / Myc-type, basic helix-loop-helix (bHLH) domain profile. / Beta-Lactamase / PAS fold / PAS fold / PAS domain / PAS repeat profile. / PAS domain / PAS domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Nuclear receptor coactivator 1
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.25 Å
データ登録者Lee, Y.J. / Yoon, H.S. / Lee, J.H. / Bae, J.H. / Song, J.Y. / Lim, H.S.
資金援助 韓国, 2件
組織認可番号国
National Research Foundation (Korea)NRF-2017R1A2B3004941 韓国
National Research Foundation (Korea)NRF-2017M3A9G4052952 韓国
引用ジャーナル: J. Am. Chem. Soc. / 年: 2017
タイトル: Targeted Inhibition of the NCOA1/STAT6 Protein-Protein Interaction
著者: Lee, Y. / Yoon, H. / Hwang, S.M. / Shin, M.K. / Lee, J.H. / Oh, M. / Im, S.H. / Song, J. / Lim, H.S.
履歴
登録2017年8月18日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02017年11月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年11月29日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.22023年11月22日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / refine_hist
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _refine_hist.d_res_high

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Nuclear receptor coactivator 1
B: Nuclear receptor coactivator 1
C: YL-2 peptide
D: YL-2 peptide


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,6744
ポリマ－32,6744
非ポリマー00
水2,108117
1
A: Nuclear receptor coactivator 1
C: YL-2 peptide


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,3372
ポリマ－16,3372
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1190 Å2
ΔGint-9 kcal/mol
Surface area8270 Å2
手法PISA
2
B: Nuclear receptor coactivator 1
D: YL-2 peptide


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,3372
ポリマ－16,3372
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1240 Å2
ΔGint-8 kcal/mol
Surface area7240 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)62.501, 62.501, 137.177
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number169
Space group name H-MP61

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要素

#1: タンパク質 Nuclear receptor coactivator 1 / NCoA-1 / Nuclear receptor coactivator protein 1 / mNRC-1 / Steroid receptor coactivator 1 / SRC-1


分子量: 14500.489 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 257-367 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Ncoa1, Src1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P70365, histone acetyltransferase
#2: タンパク質・ペプチド YL-2 peptide


分子量: 1836.261 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 117 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.36 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.92 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 0.1M HEPES (pH7.5), 10% v/v isopropanol, 20% w/v polyethylene glycol 4000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PAL/PLS / ビームライン: 5C (4A) / 波長: 0.9794 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年7月11日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9794 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.25→50 Å / Num. obs: 14389 / % possible obs: 99.88 % / 冗長度: 20.7 % / Biso Wilson estimate: 19.37 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.128 / Rpim(I) all: 0.029 / Rrim(I) all: 0.131 / Χ2: 1.003 / Net I/σ(I): 31.1
反射 シェル解像度: 2.25→2.29 Å / 冗長度: 21.2 % / Mean I/σ(I) obs: 8 / Num. unique obs: 1431 / Χ2: 0.918 / % possible all: 99.51

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.11.1_2575: ???)精密化
HKL-2000データスケーリング
PHASERモデル構築
PDB_EXTRACT3.22データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1OJ5

1oj5


解像度: 2.25→34.919 Å / SU ML: 0.26 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.38 / 位相誤差: 23.6 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2036 736 5.12 %
Rwork0.1642 --
obs0.1662 14382 99.91 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.25→34.919 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2039 0 0 117 2156
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0072121
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.9152878
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d10.4051654
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.045318
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005365
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.249-2.42260.29111440.21892711X-RAY DIFFRACTION100
2.4226-2.66630.27351370.18442730X-RAY DIFFRACTION100
2.6663-3.0520.21741680.17732704X-RAY DIFFRACTION100
3.052-3.84440.19361490.14782736X-RAY DIFFRACTION100
3.8444-34.92340.15861380.14842765X-RAY DIFFRACTION100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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