PDB-5y7o: Crystal structure of folding sensor region of UGGT from Thermomyc...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5y7o

タイトル

Crystal structure of folding sensor region of UGGT from Thermomyces dupontii

要素

UGGT

キーワード

TRANSFERASE / ENDOPLASMIC RETICULUM / QUALITY CONTROL / GLUCOSYLTRANSFERASE / FOLDING SENSOR

機能・相同性

機能・相同性情報

UDP-glucose:glycoprotein glucosyltransferase activity / protein N-linked glycosylation via asparagine / unfolded protein binding / endoplasmic reticulum
類似検索 - 分子機能

生物種

Thermomyces dupontii (菌類)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

多波長異常分散 / 解像度: 3.1 Å

データ登録者

Satoh, T. / Song, C. / Zhu, T. / Toshimori, T. / Murata, K. / Hayashi, Y. / Kamikubo, H. / Uchihashi, T. / Kato, K.

資金援助

日本, 3件

組織	認可番号	国
Ministry of Education, Culture, Sports, Science and Technology (Japan)	JP25102001	日本
Ministry of Education, Culture, Sports, Science and Technology (Japan)	JP25102008	日本
Japan Science and Technology Agency	JPMJPR13L5	日本

引用

ジャーナル: Sci Rep / 年: 2017
タイトル: Visualisation of a flexible modular structure of the ER folding-sensor enzyme UGGT.
著者: Tadashi Satoh / Chihong Song / Tong Zhu / Takayasu Toshimori / Kazuyoshi Murata / Yugo Hayashi / Hironari Kamikubo / Takayuki Uchihashi / Koichi Kato /

要旨: In the endoplasmic reticulum (ER), a protein quality control system facilitates the efficient folding of newly synthesised proteins. In this system, a series of N-linked glycan intermediates ...

履歴

登録	2017年8月17日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2017年9月27日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2017年11月1日	Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.2	2024年11月6日	Group: Data collection / Database references / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5y7o.cif.gz	754.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5y7o.ent.gz	620.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5y7o.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/y7/5y7o ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/y7/5y7o	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	30386C 5h18C 5y7fC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6f5f-d 3rj9-d 7apg-d 11689 2ai0-12 5mym-d 4trh-d 3oqc-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: UGGT

B: UGGT

252 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: UGGT

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration
126 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: UGGT

登録者が定義した集合体
126 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	195.090, 195.090, 142.260
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	153
Space group name H-M	P3₂12

#1: タンパク質	UGGT 分子量: 126082.289 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Thermomyces dupontii (菌類) / プラスミド: pCold-GST (modified) / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: A0A2D0TCJ7*PLUS
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.1 Å³/Da / 溶媒含有率: 60.31 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 詳細: 1.95 M Ammonium sulfate, 0.1 M Tris-HCl (pH 7.0), 8 mM n-decanoylsucrose

-
データ収集

回折	平均測定温度: 95 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: AR-NE3A / 波長: 0.97864 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年4月15日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97864 Å / 相対比: 1
Reflection twin	Operator: -h,-k,l / Fraction: 0.5
反射	解像度: 3.1→50 Å / Num. obs: 105778 / % possible obs: 96.4 % / 冗長度: 2.7 % / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.042 / Net I/σ(I): 14.4
反射シェル	解像度: 3.1→3.29 Å / 冗長度: 2.8 % / R_merge(I) obs: 0.639 / Mean I/σ(I) obs: 1.4 / Num. unique obs: 17378 / % possible all: 98.3

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.9_1692	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

多波長異常分散 / 解像度: 3.1→19.97 Å / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 34.9

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2783	2744	5.02 %
R_work	0.2322	-	-
obs	0.2352	54648	98.05 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 3.1→19.97 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	14318	0	0	0	14318

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.014	14604
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	2.269	19832
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	17.044	5402
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.088	2284
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.01	2562

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
3.1027-3.156	0.4394	136	0.4136	2583	X-RAY DIFFRACTION	94
3.156-3.2131	0.3903	139	0.3847	2625	X-RAY DIFFRACTION	95
3.2131-3.2746	0.4482	137	0.3559	2599	X-RAY DIFFRACTION	94
3.2746-3.3412	0.4178	137	0.3611	2612	X-RAY DIFFRACTION	94
3.3412-3.4135	0.3421	137	0.3439	2597	X-RAY DIFFRACTION	94
3.4135-3.4925	0.3369	138	0.3568	2615	X-RAY DIFFRACTION	94
3.4925-3.5793	0.3527	136	0.3633	2588	X-RAY DIFFRACTION	94
3.5793-3.6755	0.3577	138	0.3106	2613	X-RAY DIFFRACTION	94
3.6755-3.783	0.3237	135	0.3028	2578	X-RAY DIFFRACTION	93
3.783-3.9042	0.3134	138	0.2911	2606	X-RAY DIFFRACTION	93
3.9042-4.0426	0.3147	134	0.285	2546	X-RAY DIFFRACTION	92
4.0426-4.203	0.2829	136	0.2525	2575	X-RAY DIFFRACTION	93
4.203-4.3923	0.3147	136	0.251	2583	X-RAY DIFFRACTION	93
4.3923-4.6211	0.2531	134	0.2257	2547	X-RAY DIFFRACTION	92
4.6211-4.9066	0.2633	136	0.2144	2592	X-RAY DIFFRACTION	93
4.9066-5.2788	0.2429	137	0.2152	2601	X-RAY DIFFRACTION	93
5.2788-5.7981	0.283	137	0.2169	2608	X-RAY DIFFRACTION	93
5.7981-6.6099	0.26	138	0.2183	2605	X-RAY DIFFRACTION	93
6.6099-8.2283	0.2377	137	0.1796	2613	X-RAY DIFFRACTION	93
8.2283-19.8756	0.1972	138	0.1386	2612	X-RAY DIFFRACTION	91

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.014	-0.2422	0.241	1.5041	0.5135	1.3194	0.0992	-0.0665	-0.1251	0.2061	0.082	-0.2683	-0.155	0.6052	-0.1753	1.0609	-0.0813	-0.0696	0.6404	0.0605	0.6021	33.326	62.5885	7.4664
2	1.5827	0.7109	-1.1634	0.3272	-0.5955	1.3522	0.2623	-0.2271	0.1367	-0.3136	-0.1633	0.0857	-0.1344	0.1235	-0.0764	1.7658	-0.172	0.0041	0.6504	0.0068	0.8631	20.9059	88.5719	9.01
3	1.4687	0.171	0.2033	0.5107	0.2721	2.2904	-0.1811	-0.0307	0.3395	-0.4214	-0.2427	-0.0865	-0.3465	-0.198	0.4109	1.4031	-0.2676	0.2323	0.6656	0.0159	1.0177	13.0305	93.6063	-32.5439
4	2.0596	-0.2124	0.4087	1.4531	0.9103	2.2039	0.338	-0.0154	-0.0553	0.1517	-0.2683	0.0374	-0.2577	0.2433	-0.1611	1.2574	-0.1882	0.1321	0.5214	0.0893	0.7567	16.9325	79.5422	-45.2879
5	2.2586	0.0217	0.7856	0.5143	0.3607	0.841	-0.0836	-0.0743	0.3532	-0.0427	0.118	-0.2822	-0.4356	0.3031	-0.174	1.2999	-0.2832	0.1154	0.9612	0.1175	0.9746	43.7881	89.8805	-27.6436
6	1.4638	0.1405	-1.4804	0.024	-0.3554	1.4198	-0.0973	0.1458	0.561	0.2323	0.1257	-0.0232	-0.1498	0.1201	-0.0151	1.5401	-0.2162	-0.0361	0.7186	-0.0313	0.8822	32.7165	88.7607	-3.8355
7	2.8123	0.5283	-0.2331	2.4633	0.3659	0.4263	0.1259	-0.2431	-0.4011	0.779	-0.1054	-0.0775	-0.3818	0.3385	-0.0388	1.3953	-0.0262	-0.0225	0.6808	0.0752	0.7551	12.6693	64.2967	17.4989
8	1.0118	0.4369	-0.536	0.9002	-0.1563	1.4117	-0.0496	-0.0515	-0.1339	-0.1268	0.0476	-0.1705	0.0042	0.5488	0.028	1.2008	0.1116	0.071	0.7431	0.029	0.8027	33.3369	50.2575	-55.0358
9	0.2188	-0.2027	-0.163	-1.0693	-0.3016	1.2468	-0.0471	-0.0139	-0.2137	-0.127	-0.1156	0.1007	0.5413	0.1548	0.1083	1.8783	0.2247	0.0682	0.7309	-0.0471	0.8343	17.13	21.8331	-36.3468
10	1.2509	-0.0486	0.4754	1.5204	0.4376	2.3703	-0.1346	0.0522	0.041	-0.3329	0.0534	0.3152	-0.2339	0.2483	0.1682	1.2757	0.2097	-0.1096	0.63	0.0974	0.6868	16.8333	33.1503	-1.884
11	1.1451	0.071	-0.2177	0.4253	-0.7252	0.987	0.012	-0.0026	-0.0774	-0.407	-0.2641	-0.0268	-0.0557	0.5591	0.1144	1.2974	0.3524	-0.0479	0.9916	0.0606	0.882	43.868	23.3317	-19.8084
12	1.5847	-0.213	1.554	1.2603	-0.8799	1.6241	0.3696	0.034	-0.0247	-0.0338	-0.2958	-0.1597	0.3611	0.2967	-0.0478	1.3972	0.1974	0.1552	0.6963	0.0415	0.6834	32.8351	23.7571	-43.5798
13	2.8825	0.4075	0.0515	1.4251	0.0936	0.3979	0.1726	0.2226	0.1217	-0.0791	-0.1051	-0.0994	0.0482	0.159	-0.0322	1.307	0.0728	0.0943	0.6244	-0.0722	0.7155	12.9362	48.046	-64.8986

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 29 through 318 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 319 through 389 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 390 through 468 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 469 through 634 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 635 through 784 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 785 through 959 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 960 through 1042 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 29 through 318 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 319 through 468 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 469 through 634 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 635 through 784 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resid 785 through 959 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'B' and (resid 960 through 1042 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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