PDB-5y5c: Crystal structure of dha bind to bovine beta-lactoglobulin

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5y5c

タイトル

Crystal structure of dha bind to bovine beta-lactoglobulin

要素

Beta-lactoglobulin

キーワード

LIPID BINDING PROTEIN / Lactoglobulin Fatty acid Crystal structure

機能・相同性

機能・相同性情報

retinol binding / long-chain fatty acid binding / extracellular region / identical protein binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Bos taurus (ウシ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.61 Å

データ登録者

Jiang, L. / Liu, J.

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of dha bind to bovine beta-lactoglobulin
著者: Jiang, L. / Liu, J.

履歴

登録	2017年8月8日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2018年8月8日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年11月22日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.2	2024年10月23日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5y5c.cif.gz	76.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5y5c.ent.gz	56.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5y5c.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5y5c_validation.pdf.gz	764.8 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5y5c_full_validation.pdf.gz	771.4 KB	表示
XML形式データ	5y5c_validation.xml.gz	14.3 KB	表示
CIF形式データ	5y5c_validation.cif.gz	18.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/y5/5y5c ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/y5/5y5c	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2gj5S S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	3npo-d 4orx-1 4kii-d 3uew-d 1gx8-d 3fiq-2 5jsr-2 6nkq-6 7kot-d 1bso-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#193 - 2016年1月シデロカリン (Siderocalin) 類似性 (5) #78 - 2006年6月ルシフェラーゼ (Luciferase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Beta-lactoglobulin

B: Beta-lactoglobulin

ヘテロ分子

37.3 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Beta-lactoglobulin

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
18.3 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Beta-lactoglobulin

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
19 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	52.490, 52.490, 108.390
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	145
Space group name H-M	P3₂

#1: タンパク質	Beta-lactoglobulin / Beta-LG 分子量: 18301.174 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 参照: UniProt: P02754
#2: 化合物	ChemComp-HXA / DOCOSA-4,7,10,13,16,19-HEXAENOIC ACID 分子量: 328.488 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₂H₃₂O₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 24 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.36 Å³/Da / 溶媒含有率: 47.78 %
結晶化	温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 7.5 / 詳細: 1.34M trisodium citrate, 0.1M Tris

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17B1 / 波長: 0.97775 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年6月14日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97775 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.5→50 Å / Num. obs: 11464 / % possible obs: 98.4 % / 冗長度: 9.7 % / R_merge(I) obs: 0.085 / Net I/σ(I): 24

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0103	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
BALBES		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 2GJ5

2gj5

解像度: 2.61→45.46 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.919 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.89 / SU B: 10.918 / SU ML: 0.234 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.336 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.24389	477	4.8 %	RANDOM
R_work	0.19992	-	-	-
obs	0.20207	9490	97.93 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å

原子変位パラメータ

B_iso mean: 45.897 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.02 Å²	0.01 Å²	-0 Å²
2-	-	0.02 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.08 Å²

精密化ステップ

サイクル: 1 / 解像度: 2.61→45.46 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2459	0	48	24	2531

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.01	0.019	2551
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.003	0.02	2515
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.651	2.008	3442
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.054	3	5822
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.988	5	315
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	38.836	26.364	99
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	19.613	15	468
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	23.157	15	6
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.098	0.2	399
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.021	2811
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.002	0.02	503
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	3.11	4.531	1266
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	3.103	4.53	1265
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	5.353	6.788	1579
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	5.353	6.789	1580
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.826	4.783	1285
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	2.824	4.785	1286
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	4.812	7.008	1864
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	8.992	34.847	2646
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other	8.955	34.853	2644
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2.607→2.675 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.28	45	-
R_work	0.21	679	-
obs	-	-	97.57 %

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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