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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3fiq | ||||||
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タイトル | Odorant Binding Protein OBP1 | ||||||
要素 | Odorant-binding protein 1F | ||||||
キーワード | TRANSPORT PROTEIN (運搬体タンパク質) / lipocalin / oderant-binding protein | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 odorant binding / response to stimulus / small molecule binding / sensory perception of smell / extracellular region 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Rattus norvegicus (ドブネズミ) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.599 Å | ||||||
データ登録者 | White, S.A. | ||||||
引用 | ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2009 タイトル: Structure of rat odorant-binding protein OBP1 at 1.6 A resolution 著者: White, S.A. / Briand, L. / Scott, D.J. / Borysik, A.J. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 3fiq.cif.gz | 200 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb3fiq.ent.gz | 161.7 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 3fiq.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fi/3fiq ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fi/3fiq | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 1e5pS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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2 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 18090.953 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 遺伝子: Obp1f, obp-1F, rCG_36470 / プラスミド: pPIC9 / 発現宿主: Pichia pastoris (菌類) / 株 (発現宿主): GS115 / 参照: UniProt: Q9QYU9, UniProt: P08937*PLUS #2: 化合物 | ChemComp-EDO / #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 1.97 Å3/Da / 溶媒含有率: 37.5 % |
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結晶化 | 温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 25% polyethylene glycol 5000, 100mM NaF, 5% ethylene glycol, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 291K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-2 / 波長: 0.934 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2007年7月15日 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 0.934 Å / 相対比: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 1.599→29.348 Å / Num. all: 38593 / Num. obs: 37976 / % possible obs: 98.4 % / 冗長度: 3.4 % / Rmerge(I) obs: 0.046 / Rsym value: 0.046 / Net I/σ(I): 12.359 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル |
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-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB ENTRY 1e5p 解像度: 1.599→29.343 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.3 / FOM work R set: 0.909 / Isotropic thermal model: TLS + ISOTROPIC / 交差検証法: THROUGHOUT / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | Bsol: 54.043 Å2 / ksol: 0.391 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 84.13 Å2 / Biso mean: 15.264 Å2 / Biso min: 3.95 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.599→29.343 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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