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- PDB-3fiq: Odorant Binding Protein OBP1 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3fiq
タイトルOdorant Binding Protein OBP1
要素Odorant-binding protein 1F
キーワードTRANSPORT PROTEIN (運搬体タンパク質) / lipocalin / oderant-binding protein
機能・相同性
機能・相同性情報


odorant binding / response to stimulus / small molecule binding / sensory perception of smell / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Lipocalin, OBP-like / Lipocalin / Lipocalin family conserved site / Calycin beta-barrel core domain / Lipocalin / cytosolic fatty-acid binding protein family / Lipocalin/cytosolic fatty-acid binding domain / Calycin / Lipocalin / Lipocalin signature. / Βバレル / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Odorant-binding protein / Odorant-binding protein
類似検索 - 構成要素
生物種Rattus norvegicus (ドブネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.599 Å
データ登録者White, S.A.
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / : 2009
タイトル: Structure of rat odorant-binding protein OBP1 at 1.6 A resolution
著者: White, S.A. / Briand, L. / Scott, D.J. / Borysik, A.J.
履歴
登録2008年12月12日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02009年5月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22023年11月1日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Odorant-binding protein 1F
B: Odorant-binding protein 1F
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,4927
ポリマ-36,1822
非ポリマー3105
8,557475
1
A: Odorant-binding protein 1F
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,2774
ポリマ-18,0911
非ポリマー1863
181
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Odorant-binding protein 1F
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,2153
ポリマ-18,0911
非ポリマー1242
181
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)42.010, 62.070, 109.230
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

-
要素

#1: タンパク質 Odorant-binding protein 1F / OBP1 / RCG36470


分子量: 18090.953 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 遺伝子: Obp1f, obp-1F, rCG_36470 / プラスミド: pPIC9 / 発現宿主: Pichia pastoris (菌類) / 株 (発現宿主): GS115 / 参照: UniProt: Q9QYU9, UniProt: P08937*PLUS
#2: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル / エチレングリコール


分子量: 62.068 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / : C2H6O2
#3: 水 ChemComp-HOH / water /


分子量: 18.015 Da / 分子数: 475 / 由来タイプ: 天然 / : H2O

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 1.97 Å3/Da / 溶媒含有率: 37.5 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 25% polyethylene glycol 5000, 100mM NaF, 5% ethylene glycol, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 291K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-2 / 波長: 0.934 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2007年7月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.934 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.599→29.348 Å / Num. all: 38593 / Num. obs: 37976 / % possible obs: 98.4 % / 冗長度: 3.4 % / Rmerge(I) obs: 0.046 / Rsym value: 0.046 / Net I/σ(I): 12.359
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured allNum. unique allRsym value% possible all
1.6-1.692.60.223.51363351480.2293
1.69-1.793.60.1724.51866652080.17299.7
1.79-1.913.60.1166.71786849600.11699.7
1.91-2.063.60.07510.11636745840.07599.3
2.06-2.263.50.05613.21487942300.05699.1
2.26-2.533.50.04516.11339738520.04599.4
2.53-2.923.50.03818.31183334180.03899
2.92-3.583.40.03120.2994429180.03199
3.58-5.063.40.02721.5791423100.02799.4
5.06-42.013.20.02720.6431013480.02798.9

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
SCALA3.2.25data processing
PHENIX精密化
PDB_EXTRACT3.006データ抽出
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1e5p
解像度: 1.599→29.343 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.3 / FOM work R set: 0.909 / Isotropic thermal model: TLS + ISOTROPIC / 交差検証法: THROUGHOUT / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.181 1895 5 %random
Rwork0.141 ---
all-37916 --
obs-37916 --
溶媒の処理Bsol: 54.043 Å2 / ksol: 0.391 e/Å3
原子変位パラメータBiso max: 84.13 Å2 / Biso mean: 15.264 Å2 / Biso min: 3.95 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.808 Å2-0 Å20 Å2
2---2.865 Å20 Å2
3---3.672 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.599→29.343 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4914 0 20 475 5409
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealWeight
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.2881
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0151
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.1221
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d17.3181
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0081
X-RAY DIFFRACTIONf_nbd_refined3.761
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RworkNum. reflection RworkRefine-IDTotal num. of bins used% reflection obs (%)
1.599-1.6030.215156X-RAY DIFFRACTION13429
1.603-1.6070.2269X-RAY DIFFRACTION13451
1.607-1.6110.205363X-RAY DIFFRACTION13464
1.611-1.6150.196380X-RAY DIFFRACTION13470
1.615-1.620.201385X-RAY DIFFRACTION13474
1.62-1.6240.192459X-RAY DIFFRACTION13480
1.624-1.6280.168446X-RAY DIFFRACTION13482
1.628-1.6320.191443X-RAY DIFFRACTION13482
1.632-1.6370.191449X-RAY DIFFRACTION13487
1.637-1.6410.194440X-RAY DIFFRACTION13484
1.641-1.6450.189465X-RAY DIFFRACTION13485
1.645-1.650.184464X-RAY DIFFRACTION13487
1.65-1.6540.177525X-RAY DIFFRACTION13488
1.654-1.6590.173490X-RAY DIFFRACTION13489
1.659-1.6640.176471X-RAY DIFFRACTION13491
1.664-1.6680.17506X-RAY DIFFRACTION13490
1.668-1.6730.178560X-RAY DIFFRACTION13495
1.673-1.6780.165514X-RAY DIFFRACTION13495
1.678-1.6830.17484X-RAY DIFFRACTION13494
1.683-1.6880.171492X-RAY DIFFRACTION13494
1.688-1.6920.164478X-RAY DIFFRACTION13491
1.692-1.6980.168533X-RAY DIFFRACTION13492
1.698-1.7030.152499X-RAY DIFFRACTION13492
1.703-1.7080.174485X-RAY DIFFRACTION13495
1.708-1.7130.157532X-RAY DIFFRACTION13496
1.713-1.7180.167543X-RAY DIFFRACTION13493
1.718-1.7240.175496X-RAY DIFFRACTION13494
1.724-1.7290.162503X-RAY DIFFRACTION13495
1.729-1.7350.174522X-RAY DIFFRACTION13494
1.735-1.740.17536X-RAY DIFFRACTION13494
1.74-1.7460.143524X-RAY DIFFRACTION13495
1.746-1.7510.145503X-RAY DIFFRACTION13497
1.751-1.7570.162502X-RAY DIFFRACTION13496
1.757-1.7630.147526X-RAY DIFFRACTION13494
1.763-1.7690.142511X-RAY DIFFRACTION13495
1.769-1.7750.15511X-RAY DIFFRACTION13496
1.775-1.7810.142503X-RAY DIFFRACTION13493
1.781-1.7870.163503X-RAY DIFFRACTION13492
1.787-1.7930.144544X-RAY DIFFRACTION13495
1.793-1.80.151508X-RAY DIFFRACTION13494
1.8-1.8060.137481X-RAY DIFFRACTION13494
1.806-1.8130.132536X-RAY DIFFRACTION13493
1.813-1.8190.16544X-RAY DIFFRACTION13496
1.819-1.8260.14524X-RAY DIFFRACTION13494
1.826-1.8330.147502X-RAY DIFFRACTION13495
1.833-1.840.14509X-RAY DIFFRACTION13499
1.84-1.8470.137497X-RAY DIFFRACTION13493
1.847-1.8540.127524X-RAY DIFFRACTION13495
1.854-1.8610.144500X-RAY DIFFRACTION13493
1.861-1.8680.147544X-RAY DIFFRACTION13493
1.868-1.8760.147510X-RAY DIFFRACTION13495
1.876-1.8830.141486X-RAY DIFFRACTION13495
1.883-1.8910.155525X-RAY DIFFRACTION13493
1.891-1.8990.131498X-RAY DIFFRACTION13493
1.899-1.9070.139521X-RAY DIFFRACTION13492
1.907-1.9150.138505X-RAY DIFFRACTION13493
1.915-1.9230.133503X-RAY DIFFRACTION13490
1.923-1.9320.138497X-RAY DIFFRACTION13495
1.932-1.940.122517X-RAY DIFFRACTION13495
1.94-1.9490.146498X-RAY DIFFRACTION13496
1.949-1.9580.139515X-RAY DIFFRACTION13495
1.958-1.9670.138515X-RAY DIFFRACTION13493
1.967-1.9760.13499X-RAY DIFFRACTION13493
1.976-1.9850.141552X-RAY DIFFRACTION13495
1.985-1.9950.117496X-RAY DIFFRACTION13493
1.995-2.0050.13504X-RAY DIFFRACTION13493
2.005-2.0150.132510X-RAY DIFFRACTION13493
2.015-2.0250.132510X-RAY DIFFRACTION13494
2.025-2.0350.127523X-RAY DIFFRACTION13495
2.035-2.0460.126489X-RAY DIFFRACTION13494
2.046-2.0560.137520X-RAY DIFFRACTION13496
2.056-2.0670.128533X-RAY DIFFRACTION13496
2.067-2.0790.126495X-RAY DIFFRACTION13492
2.079-2.090.136535X-RAY DIFFRACTION13494
2.09-2.1020.124512X-RAY DIFFRACTION13495
2.102-2.1140.126446X-RAY DIFFRACTION13492
2.114-2.1260.119542X-RAY DIFFRACTION13491
2.126-2.1390.127509X-RAY DIFFRACTION13492
2.139-2.1510.128447X-RAY DIFFRACTION13491
2.151-2.1650.117536X-RAY DIFFRACTION13494
2.165-2.1780.119504X-RAY DIFFRACTION13494
2.178-2.1920.123511X-RAY DIFFRACTION13491
2.192-2.2060.125516X-RAY DIFFRACTION13491
2.206-2.2210.113511X-RAY DIFFRACTION13494
2.221-2.2360.129467X-RAY DIFFRACTION13493
2.236-2.2510.121516X-RAY DIFFRACTION13493
2.251-2.2670.128514X-RAY DIFFRACTION13494
2.267-2.2830.13526X-RAY DIFFRACTION13492
2.283-2.30.134478X-RAY DIFFRACTION13491
2.3-2.3180.128502X-RAY DIFFRACTION13492
2.318-2.3350.134511X-RAY DIFFRACTION13490
2.335-2.3540.114481X-RAY DIFFRACTION13493
2.354-2.3730.129522X-RAY DIFFRACTION13493
2.373-2.3920.128488X-RAY DIFFRACTION13496
2.392-2.4130.122540X-RAY DIFFRACTION13494
2.413-2.4340.131489X-RAY DIFFRACTION13493
2.434-2.4550.116498X-RAY DIFFRACTION13492
2.455-2.4780.132528X-RAY DIFFRACTION13493
2.478-2.5010.127508X-RAY DIFFRACTION13493
2.501-2.5260.131453X-RAY DIFFRACTION13491
2.526-2.5510.127537X-RAY DIFFRACTION13492
2.551-2.5770.132488X-RAY DIFFRACTION13490
2.577-2.6040.131513X-RAY DIFFRACTION13492
2.604-2.6330.142483X-RAY DIFFRACTION13493
2.633-2.6630.133527X-RAY DIFFRACTION13494
2.663-2.6940.13499X-RAY DIFFRACTION13493
2.694-2.7270.13489X-RAY DIFFRACTION13492
2.727-2.7610.123535X-RAY DIFFRACTION13495
2.761-2.7980.134508X-RAY DIFFRACTION13492
2.798-2.8360.134469X-RAY DIFFRACTION13491
2.836-2.8770.137524X-RAY DIFFRACTION13493
2.877-2.920.136489X-RAY DIFFRACTION13493
2.92-2.9650.145501X-RAY DIFFRACTION13491
2.965-3.0140.128532X-RAY DIFFRACTION13494
3.014-3.0660.132480X-RAY DIFFRACTION13492
3.066-3.1210.13511X-RAY DIFFRACTION13491
3.121-3.1810.124491X-RAY DIFFRACTION13493
3.181-3.2460.119520X-RAY DIFFRACTION13494
3.246-3.3160.123496X-RAY DIFFRACTION13494
3.316-3.3940.116514X-RAY DIFFRACTION13492
3.394-3.4780.119516X-RAY DIFFRACTION13494
3.478-3.5720.113512X-RAY DIFFRACTION13494
3.572-3.6770.118486X-RAY DIFFRACTION13491
3.677-3.7960.115519X-RAY DIFFRACTION13494
3.796-3.9310.128509X-RAY DIFFRACTION13495
3.931-4.0880.126507X-RAY DIFFRACTION13494
4.088-4.2730.109511X-RAY DIFFRACTION13494
4.273-4.4980.111517X-RAY DIFFRACTION13495
4.498-4.7790.116521X-RAY DIFFRACTION13495
4.779-5.1460.139517X-RAY DIFFRACTION13495
5.146-5.660.159509X-RAY DIFFRACTION13494
5.66-6.4720.206500X-RAY DIFFRACTION13493
6.472-8.1250.214528X-RAY DIFFRACTION13494
8.125-29.3480.19502X-RAY DIFFRACTION13493
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL112)L122)L132)L222)L232)L332)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T112)T122)T132)T222)T232)T332)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
14.63130.45462.76347.777-1.2767-1.1916-0.0885-0.35890.40211.062-0.0823-0.3563-0.1061-0.40180.19350.1912-0.0038-0.0380.1386-0.02950.107514.69394.4042-33.5852
20.7309-0.0599-0.10310.7819-0.23960.68450.0293-0.00760.0226-0.0429-0.02110.01670.03590.0698-0.00630.06420.0031-0.00040.0544-0.00720.04228.9876-9.9364-30.4642
30.6477-0.15840.07440.28580.19360.5994-0.013-0.00880.0223-0.03550.0056-0.00730.025-0.03750.01940.07360.00060.00520.05950.00720.06433.5636-5.2679-33.2096
4-1.063-0.13550.14761.1922-0.03840.70220.00380.00470.04140.01120.0281-0.04660.00620.0317-0.04420.04710.00480.00190.06480.00190.0359.0824-6.6103-25.5697
50.891-0.06140.27820.8964-0.71120.79920.0069-0.1463-0.00240.1168-0.0334-0.0506-0.0280.17190.01650.0703-0.0019-0.00630.0989-0.00750.043914.2318-11.4427-19.6451
60.6977-0.4634-0.18971.18780.080.61850.01210.04250.0051-0.0571-0.03810.00520.09520.02320.03930.08130.005-0.00960.07250.0060.0326-12.47325.1973.9166
73.3506-0.96380.9666-8.69091.74412.62450.6323-0.0626-1.32140.6527-0.18250.03010.5109-0.171-0.41560.4926-0.16030.05360.1119-0.0720.5658-21.4459-12.57762.0126
80.44350.2818-0.19840.5683-0.16661.5429-0.0288-0.0777-0.1043-0.0008-0.0477-0.08730.17640.07930.08840.07360.0057-0.00010.07030.00270.0432-13.27915.614112.5693
90.73170.00260.2840.9625-0.45220.52290.01040.1085-0.0228-0.1012-0.09550.00430.07370.11950.06550.08950.02610.01430.09140.01260.0524-5.21962.15371.263
100.02020.20394.451.1428-1.23751.4499-0.1468-0.053-0.05280.5760.03010.14450.0359-0.51420.17980.3766-0.06730.01640.2112-0.05120.1567-20.7699-3.1164-6.6003
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain A and resseq 20:26A20 - 26
2X-RAY DIFFRACTION2chain A and resseq 27:63A27 - 63
3X-RAY DIFFRACTION3chain A and resseq 64:108A64 - 108
4X-RAY DIFFRACTION4chain A and resseq 109:139A109 - 139
5X-RAY DIFFRACTION5chain A and resseq 140:173A140 - 173
6X-RAY DIFFRACTION6chain B and resseq 17:73B17 - 73
7X-RAY DIFFRACTION7chain B and resseq 74:78B74 - 78
8X-RAY DIFFRACTION8chain B and resseq 79:95B79 - 95
9X-RAY DIFFRACTION9chain B and resseq 96:167B96 - 167
10X-RAY DIFFRACTION10chain B and resseq 168:173B168 - 173

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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