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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5y39 | ||||||
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タイトル | Crystal structure of Ragulator complex (p18 76-145) | ||||||
![]() | (Ragulator complex protein ...) x 5 | ||||||
![]() | SIGNALING PROTEIN / Ragulator complex / LAMTOR | ||||||
機能・相同性 | ![]() regulation of cholesterol import / positive regulation of protein localization to lysosome / regulation of cell-substrate junction organization / regulation of cholesterol efflux / positive regulation of RNA polymerase II regulatory region sequence-specific DNA binding / FNIP-folliculin RagC/D GAP / Ragulator complex / protein localization to cell junction / protein localization to lysosome / TORC1 signaling ...regulation of cholesterol import / positive regulation of protein localization to lysosome / regulation of cell-substrate junction organization / regulation of cholesterol efflux / positive regulation of RNA polymerase II regulatory region sequence-specific DNA binding / FNIP-folliculin RagC/D GAP / Ragulator complex / protein localization to cell junction / protein localization to lysosome / TORC1 signaling / endosome organization / MTOR signalling / Amino acids regulate mTORC1 / fibroblast migration / lysosome localization / Energy dependent regulation of mTOR by LKB1-AMPK / protein localization to membrane / kinase activator activity / azurophil granule membrane / endosomal transport / regulation of cell size / Macroautophagy / lysosome organization / RHOJ GTPase cycle / RHOQ GTPase cycle / mTORC1-mediated signalling / cellular response to nutrient levels / tertiary granule membrane / CDC42 GTPase cycle / RHOH GTPase cycle / ficolin-1-rich granule membrane / RHOG GTPase cycle / positive regulation of TOR signaling / regulation of receptor recycling / RAC2 GTPase cycle / RAC3 GTPase cycle / specific granule membrane / protein-membrane adaptor activity / positive regulation of TORC1 signaling / RAC1 GTPase cycle / viral genome replication / guanyl-nucleotide exchange factor activity / Regulation of PTEN gene transcription / positive regulation of interleukin-8 production / cholesterol homeostasis / regulation of cell growth / TP53 Regulates Metabolic Genes / cellular response to amino acid stimulus / response to virus / MAP2K and MAPK activation / negative regulation of cysteine-type endopeptidase activity involved in apoptotic process / protein localization / positive regulation of protein localization to nucleus / late endosome / GTPase binding / late endosome membrane / positive regulation of NF-kappaB transcription factor activity / positive regulation of canonical NF-kappaB signal transduction / positive regulation of MAPK cascade / molecular adaptor activity / lysosome / endosome membrane / membrane raft / lysosomal membrane / intracellular membrane-bounded organelle / focal adhesion / Neutrophil degranulation / positive regulation of gene expression / protein-containing complex / extracellular exosome / plasma membrane / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() | ||||||
![]() | Zhang, T. / Ding, J. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Structural basis for Ragulator functioning as a scaffold in membrane-anchoring of Rag GTPases and mTORC1 著者: Zhang, T. / Wang, R. / Wang, Z. / Wang, X. / Wang, F. / Ding, J. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 353.3 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 289 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 500.5 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 513.1 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 31.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 43.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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単位格子 |
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要素
-Ragulator complex protein ... , 5種, 10分子 AFBGCHDIEJ
#1: タンパク質 | 分子量: 7966.005 Da / 分子数: 2 / 断片: coiled coil, UNP residues 76-145 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() #2: タンパク質 | 分子量: 13517.450 Da / 分子数: 2 / 断片: Roadblock domain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() #3: タンパク質 | 分子量: 13637.678 Da / 分子数: 2 / 断片: Roadblock domain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() #4: タンパク質 | 分子量: 10941.483 Da / 分子数: 2 / 断片: Roadblock domain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() #5: タンパク質 | 分子量: 9535.823 Da / 分子数: 2 / 断片: Roadblock domain, UNP residues 1-90 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() |
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-非ポリマー , 1種, 58分子 ![](data/chem/img/HOH.gif)
#6: 水 | ChemComp-HOH / |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.31 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.83 % |
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結晶化 | 温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5 / 詳細: 0.1 M Bis-Tris (pH 5.5), and 25% (w/v) PEG 3350 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: RAYONIX MX225HE / 検出器: CCD / 日付: 2015年5月6日 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 0.9792 Å / 相対比: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 2.65→50.01 Å / Num. obs: 29802 / % possible obs: 98.1 % / 冗長度: 4.6 % / Rmerge(I) obs: 0.046 / Rpim(I) all: 0.023 / Rrim(I) all: 0.052 / Χ2: 0.915 / Net I/σ(I): 12.6 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 解像度: 2.65→50.01 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.921 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.885 / SU B: 33.87 / SU ML: 0.314 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.383 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 60.279 Å2
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精密化ステップ | サイクル: 1 / 解像度: 2.65→50.01 Å
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拘束条件 |
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