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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 5y2z | |||||||||
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Title | Crystal structure of human LGI1 EPTP-ADAM22 complex | |||||||||
![]() |
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![]() | CELL ADHESION / epilepsy / synapse / ADAM / EPTP / WD40 | |||||||||
Function / homology | ![]() LGI-ADAM interactions / axon initial segment / negative regulation of cell adhesion / neurotransmitter receptor localization to postsynaptic specialization membrane / positive regulation of synaptic transmission / synaptic cleft / myelination / central nervous system development / axon guidance / metalloendopeptidase activity ...LGI-ADAM interactions / axon initial segment / negative regulation of cell adhesion / neurotransmitter receptor localization to postsynaptic specialization membrane / positive regulation of synaptic transmission / synaptic cleft / myelination / central nervous system development / axon guidance / metalloendopeptidase activity / neuron projection development / integrin binding / nervous system development / positive regulation of cell growth / cell adhesion / axon / signaling receptor binding / glutamatergic synapse / dendrite / Golgi apparatus / endoplasmic reticulum / proteolysis / extracellular space / extracellular region / membrane / plasma membrane / cytoplasm Similarity search - Function | |||||||||
Biological species | ![]() | |||||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | |||||||||
![]() | Yamagata, A. / Fukai, S. | |||||||||
Funding support | ![]()
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![]() | ![]() Title: Structural basis of epilepsy-related ligand-receptor complex LGI1-ADAM22. Authors: Yamagata, A. / Miyazaki, Y. / Yokoi, N. / Shigematsu, H. / Sato, Y. / Goto-Ito, S. / Maeda, A. / Goto, T. / Sanbo, M. / Hirabayashi, M. / Shirouzu, M. / Fukata, Y. / Fukata, M. / Fukai, S. | |||||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 1.9 MB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 1.6 MB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Summary document | ![]() | 3.3 MB | Display | ![]() |
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Full document | ![]() | 3.4 MB | Display | |
Data in XML | ![]() | 177.9 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 244 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | ![]() 5y30C ![]() 5y31C ![]() 3g5cS S: Starting model for refinement C: citing same article ( |
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Similar structure data |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 | ![]()
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3 | ![]()
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6 | ![]()
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Unit cell |
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Components
-Protein , 2 types, 12 molecules ACEGIKBDFHJL
#1: Protein | Mass: 55761.281 Da / Num. of mol.: 6 / Fragment: UNP RESIDUES 233-729 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() #2: Protein | Mass: 40378.527 Da / Num. of mol.: 6 / Fragment: UNP RESIDUES 224-557 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() |
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-Sugars , 5 types, 12 molecules ![](data/chem/img/NAG.gif)
#3: Polysaccharide | 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose Source method: isolated from a genetically manipulated source #4: Polysaccharide | Source method: isolated from a genetically manipulated source #5: Polysaccharide | Source method: isolated from a genetically manipulated source #6: Polysaccharide | alpha-L-fucopyranose-(1-6)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose | Source method: isolated from a genetically manipulated source #8: Sugar | |
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-Non-polymers , 2 types, 938 molecules ![](data/chem/img/CA.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#7: Chemical | ChemComp-CA / #9: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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-
Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 3.07 Å3/Da / Density % sol: 59.96 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 6 Details: 10 % PEG 8000, 0.1 M zinc acetate, 0.1 M MES-Na (pH 6.0) |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
---|---|
Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
Detector | Type: DECTRIS PILATUS3 S 6M / Detector: PIXEL / Date: Jul 15, 2015 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 1 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.67→50 Å / Num. obs: 177282 / % possible obs: 90.6 % / Redundancy: 3.8 % / Rsym value: 0.12 / Net I/σ(I): 9.9 |
Reflection shell | Resolution: 2.66→2.72 Å / Redundancy: 3.7 % / CC1/2: 0.702 / Rsym value: 0.53 / % possible all: 88.4 |
-
Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: 3G5C Resolution: 2.67→48.827 Å / SU ML: 0.41 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 2.04 / Phase error: 28.42
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.67→48.827 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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