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- PDB-5y2m: Crystal structure of a group 2 HA binding antibody AF4H1K1 Fab in... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5y2m
タイトルCrystal structure of a group 2 HA binding antibody AF4H1K1 Fab in complex with the H4N6 duck isolate (H4-CZ/56) hemagglutinin
要素
  • (Hemagglutinin) x 2
  • a group 2 HA binding antibody AF4H1K1 Fab heavy chain
  • a group 2 HA binding antibody AF4H1K1 Fab light chain
キーワードIMMUNE SYSTEM / neutralizing antibody / influenza virus / HA / H3-clade
機能・相同性
機能・相同性情報


viral budding from plasma membrane / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / host cell surface receptor binding / apical plasma membrane / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / host cell plasma membrane / virion membrane
類似検索 - 分子機能
Hemagglutinin Ectodomain; Chain B - #10 / Hemagglutinin Ectodomain; Chain B / Hemagglutinin (Ha1 Chain); Chain: A; domain 1 / Haemagglutinin, alpha/beta domain, HA1 chain / Haemagglutinin, influenzavirus A / Haemagglutinin, HA1 chain, alpha/beta domain superfamily / Haemagglutinin / Haemagglutinin, influenzavirus A/B / Viral capsid/haemagglutinin protein / Immunoglobulins ...Hemagglutinin Ectodomain; Chain B - #10 / Hemagglutinin Ectodomain; Chain B / Hemagglutinin (Ha1 Chain); Chain: A; domain 1 / Haemagglutinin, alpha/beta domain, HA1 chain / Haemagglutinin, influenzavirus A / Haemagglutinin, HA1 chain, alpha/beta domain superfamily / Haemagglutinin / Haemagglutinin, influenzavirus A/B / Viral capsid/haemagglutinin protein / Immunoglobulins / Alpha-Beta Complex / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス)
Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.8 Å
データ登録者Xiao, H. / Qi, J. / Gao, F.G.
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: An H3-clade neutralizing antibody screened from an H7N9 patient that binds group 2 influenza A hemagglutinins
著者: Xiao, H. / Qi, J. / Gao, F.G.
履歴
登録2017年7月26日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02019年2月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年7月29日Group: Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.name / _chem_comp.type ..._chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _struct_conn.pdbx_role
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.22023年11月22日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Hemagglutinin
D: Hemagglutinin
B: Hemagglutinin
E: Hemagglutinin
C: Hemagglutinin
F: Hemagglutinin
I: a group 2 HA binding antibody AF4H1K1 Fab heavy chain
J: a group 2 HA binding antibody AF4H1K1 Fab light chain
K: a group 2 HA binding antibody AF4H1K1 Fab heavy chain
L: a group 2 HA binding antibody AF4H1K1 Fab light chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)268,69616
ポリマ－267,36810
非ポリマー1,3276
水00
1
A: Hemagglutinin
D: Hemagglutinin
B: Hemagglutinin
E: Hemagglutinin
C: Hemagglutinin
F: Hemagglutinin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)170,25412
ポリマ－168,9276
非ポリマー1,3276
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area33460 Å2
ΔGint-128 kcal/mol
Surface area56330 Å2
手法PISA
2
I: a group 2 HA binding antibody AF4H1K1 Fab heavy chain
J: a group 2 HA binding antibody AF4H1K1 Fab light chain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)49,2212
ポリマ－49,2212
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3510 Å2
ΔGint-24 kcal/mol
Surface area19930 Å2
手法PISA
3
K: a group 2 HA binding antibody AF4H1K1 Fab heavy chain
L: a group 2 HA binding antibody AF4H1K1 Fab light chain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)49,2212
ポリマ－49,2212
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3590 Å2
ΔGint-24 kcal/mol
Surface area19860 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)114.175, 140.940, 138.100
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 95.31, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Hemagglutinin


分子量: 35966.461 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Influenza A virus (strain A/Duck/Czechoslovakia/1956 H4N6) (A型インフルエンザウイルス)
株: A/Duck/Czechoslovakia/1956 H4N6 / 遺伝子: HA / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: A3KF09
#2: タンパク質 Hemagglutinin


分子量: 20342.391 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Influenza A virus (strain A/Duck/Czechoslovakia/1956 H4N6) (A型インフルエンザウイルス)
株: A/Duck/Czechoslovakia/1956 H4N6 / 遺伝子: HA / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: A3KF09
#3: 抗体 a group 2 HA binding antibody AF4H1K1 Fab heavy chain


分子量: 24977.014 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#4: 抗体 a group 2 HA binding antibody AF4H1K1 Fab light chain


分子量: 24243.838 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#5: 糖
ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.14 Å3/Da / 溶媒含有率: 70.28 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 0.2 M potassium sodium tartrate tetrahydrate, 0.1 M Bis-Tris pH6.5, 10% polyethylene glycol 10,000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U1 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2014年7月10日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.8→50 Å / Num. obs: 43204 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 4 % / Net I/σ(I): 0.255
反射 シェル解像度: 3.8→3.94 Å / Mean I/σ(I) obs: 1.9 / Num. unique obs: 4301 / % possible all: 99.9

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.9_1692精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5XL1

5xl1


解像度: 3.8→49.212 Å / SU ML: 0.44 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 28.86
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2774 2164 5.02 %
Rwork0.2355 --
obs0.2377 43072 99.26 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.8→49.212 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数18231 0 84 0 18315
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00418741
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.75825412
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.2826798
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0342804
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0043336
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.7901-3.87820.33551280.31192605X-RAY DIFFRACTION95
3.8782-3.97520.40191360.35112733X-RAY DIFFRACTION99
3.9752-4.08260.31221550.27582718X-RAY DIFFRACTION100
4.0826-4.20270.30121390.26072726X-RAY DIFFRACTION100
4.2027-4.33820.27251280.23712757X-RAY DIFFRACTION100
4.3382-4.49320.28231770.2382690X-RAY DIFFRACTION100
4.4932-4.6730.25421600.22382708X-RAY DIFFRACTION100
4.673-4.88550.27841370.21742760X-RAY DIFFRACTION100
4.8855-5.14280.25111530.222736X-RAY DIFFRACTION100
5.1428-5.46460.2451470.21812744X-RAY DIFFRACTION100
5.4646-5.88590.28211390.23092744X-RAY DIFFRACTION100
5.8859-6.4770.28871470.22782757X-RAY DIFFRACTION100
6.477-7.41150.27181310.22062772X-RAY DIFFRACTION100
7.4115-9.32730.24641390.20272767X-RAY DIFFRACTION100
9.3273-49.21590.25261480.20932691X-RAY DIFFRACTION95
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 15.7004 Å / Origin y: -23.8604 Å / Origin z: 13.7179 Å
111213212223313233
T0.3511 Å2-0.0206 Å20.01 Å2-0.3446 Å20.0075 Å2--0.3127 Å2
L0.1988 °20.026 °20.0204 °2-0.3763 °2-0.0145 °2---0.0195 °2
S0.0521 Å °0.0168 Å °0.0467 Å °0.1247 Å °-0.0992 Å °0.0071 Å °0.0619 Å °0.0625 Å °-0.0014 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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