PDB-5y2k: A human antibody AF4H1L1

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5y2k

タイトル

A human antibody AF4H1L1

要素

a group 2 HA binding antibody AF4H1K1 Fab heavy chain
a group 2 HA binding antibody AF4H1K1 Fab light chain

キーワード

IMMUNE SYSTEM / influenza virus / H3-clade / neutralizing antibody / H7N9-infected patient / next generation sequencing

機能・相同性

Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta

機能・相同性情報

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.1 Å

データ登録者

Xiao, H. / Qi, J. / Gao, F.G.

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: An H3-clade neutralizing antibody screened from an H7N9 patient that binds group 2 influenza A hemagglutinins
著者: Xiao, H. / Qi, J. / Gao, F.G.

履歴

登録	2017年7月26日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2019年1月30日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年11月22日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.2	2024年11月20日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5y2k.cif.gz	657.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5y2k.ent.gz	548.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5y2k.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5y2k_validation.pdf.gz	497.8 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5y2k_full_validation.pdf.gz	521.6 KB	表示
XML形式データ	5y2k_validation.xml.gz	64.9 KB	表示
CIF形式データ	5y2k_validation.cif.gz	91.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/y2/5y2k ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/y2/5y2k	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5y2lC 5y2mC 4py8S S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6yxm-d 1lhz-d 1u05-d 5ud9-d 6b3d-d 5alb-d 5ig7-2 1nd0-6 4jam-2 6be4-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#170 - 2014年2月広域中和抗体 (Broadly Neutralizing Antibodies) 類似性 (1) #21 - 2001年9月抗体 (Antibodies) 類似性 (1) #256 - 2021年4月 SARSコロナウイルス2型のスパイクと抗体 (SARS-CoV-2 Spike and Antibodies) 類似性 (1)

登録構造単位

A: a group 2 HA binding antibody AF4H1K1 Fab heavy chain

B: a group 2 HA binding antibody AF4H1K1 Fab light chain

C: a group 2 HA binding antibody AF4H1K1 Fab heavy chain

D: a group 2 HA binding antibody AF4H1K1 Fab light chain

E: a group 2 HA binding antibody AF4H1K1 Fab heavy chain

F: a group 2 HA binding antibody AF4H1K1 Fab light chain

G: a group 2 HA binding antibody AF4H1K1 Fab heavy chain

H: a group 2 HA binding antibody AF4H1K1 Fab light chain

194 kDa, 8 ポリマー
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1

A: a group 2 HA binding antibody AF4H1K1 Fab heavy chain

B: a group 2 HA binding antibody AF4H1K1 Fab light chain

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
48.4 kDa, 2 ポリマー
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2

C: a group 2 HA binding antibody AF4H1K1 Fab heavy chain

D: a group 2 HA binding antibody AF4H1K1 Fab light chain

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
48.4 kDa, 2 ポリマー
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3

E: a group 2 HA binding antibody AF4H1K1 Fab heavy chain

F: a group 2 HA binding antibody AF4H1K1 Fab light chain

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
48.4 kDa, 2 ポリマー
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4

G: a group 2 HA binding antibody AF4H1K1 Fab heavy chain

H: a group 2 HA binding antibody AF4H1K1 Fab light chain

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
48.4 kDa, 2 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	107.266, 90.119, 111.404
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 102.38, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: 抗体	a group 2 HA binding antibody AF4H1K1 Fab heavy chain 分子量: 24977.014 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株 (発現宿主): 293T / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#2: 抗体	a group 2 HA binding antibody AF4H1K1 Fab light chain 分子量: 23417.818 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株 (発現宿主): 293T / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 565 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

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実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶	マシュー密度: 2.72 Å³/Da / 溶媒含有率: 54.73 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 9 詳細: 0.1 M Bicine pH9.0, 2% v/v 1,4-Dioxane, 10% w/v PEG20000

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL19U1 / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2014年5月8日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.1→50 Å / Num. obs: 118899 / % possible obs: 98 % / 冗長度: 6 % / R_merge(I) obs: 0.058 / Net I/σ(I): 25.1
反射シェル	解像度: 2.1→2.8 Å / 冗長度: 4.5 % / R_merge(I) obs: 0.343 / Mean I/σ(I) obs: 4.5 / Num. unique obs: 11093 / % possible all: 92.3

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.9-1692	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 4PY8

4py8

解像度: 2.1→41.63 Å / 交差検証法: FREE R-VALUE

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.259	5966	-
R_work	0.22	-	-
obs	-	118836	98 %

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.1→41.63 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	12898	0	0	565	13463

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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