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- PDB-5y1z: Crystal structure of ZMYND8 PHD-BROMO-PWWP tandem in complex with... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5y1z
タイトルCrystal structure of ZMYND8 PHD-BROMO-PWWP tandem in complex with Drebrin ADF-H domain
要素
  • Drebrin
  • Protein kinase C-binding protein 1
キーワードTRANSCRIPTION / NUCLEAR PROTEIN / PROTEIN BINDING / ACTIN BINDING
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of receptor localization to synapse / cell communication by chemical coupling / cell communication by electrical coupling / regulation of postsynaptic density protein 95 clustering / regulation of dendrite development / cytoplasmic sequestering of protein / profilin binding / maintenance of protein location in cell / positive regulation of synaptic plasticity / actomyosin ...positive regulation of receptor localization to synapse / cell communication by chemical coupling / cell communication by electrical coupling / regulation of postsynaptic density protein 95 clustering / regulation of dendrite development / cytoplasmic sequestering of protein / profilin binding / maintenance of protein location in cell / positive regulation of synaptic plasticity / actomyosin / positive regulation of dendritic spine morphogenesis / gap junction / RHOD GTPase cycle / neural precursor cell proliferation / RHOBTB1 GTPase cycle / positive regulation of filopodium assembly / postsynaptic cytosol / generation of neurons / positive regulation of dendritic spine development / cortical cytoskeleton / regulation of neuronal synaptic plasticity / modulation of excitatory postsynaptic potential / site of DNA damage / RHOH GTPase cycle / positive regulation of dendritic spine maintenance / RHOBTB2 GTPase cycle / protein localization to chromatin / methylated histone binding / negative regulation of cell migration / dendritic shaft / actin filament organization / positive regulation of transcription elongation by RNA polymerase II / lysine-acetylated histone binding / double-strand break repair via homologous recombination / transcription corepressor activity / actin cytoskeleton / chromatin organization / nervous system development / actin binding / growth cone / DNA-binding transcription factor binding / postsynaptic membrane / in utero embryonic development / dendritic spine / postsynaptic density / cytoskeleton / cadherin binding / protein domain specific binding / glutamatergic synapse / dendrite / chromatin / nucleolus / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / zinc ion binding / nucleoplasm / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Protein kinase C-binding protein 1 / RACK7, Bromo domain / Protein kinase C-binding protein 1 / PRKCBP1, PHD finger / Actin-depolymerising factor homology domain / Cofilin/tropomyosin-type actin-binding protein / ADF-H domain profile. / Actin depolymerisation factor/cofilin -like domains / Zinc finger, MYND-type / Zinc finger MYND-type signature. ...Protein kinase C-binding protein 1 / RACK7, Bromo domain / Protein kinase C-binding protein 1 / PRKCBP1, PHD finger / Actin-depolymerising factor homology domain / Cofilin/tropomyosin-type actin-binding protein / ADF-H domain profile. / Actin depolymerisation factor/cofilin -like domains / Zinc finger, MYND-type / Zinc finger MYND-type signature. / Zinc finger MYND-type profile. / Severin / Severin / ADF-H/Gelsolin-like domain superfamily / domain with conserved PWWP motif / PWWP domain / PWWP domain profile. / PWWP domain / Zinc finger, PHD-type, conserved site / PHD-finger / Zinc finger PHD-type signature. / Zinc finger PHD-type profile. / Zinc finger, PHD-finger / Zinc finger, PHD-type / PHD zinc finger / Zinc finger, FYVE/PHD-type / Bromodomain / Bromodomain profile. / bromo domain / Bromodomain / Bromodomain-like superfamily / Zinc finger, RING/FYVE/PHD-type / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Drebrin / MYND-type zinc finger-containing chromatin reader ZMYND8
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.676 Å
データ登録者Yao, N. / Li, J. / Liu, H. / Wan, J. / Liu, W. / Zhang, M.
引用ジャーナル: Structure / 年: 2017
タイトル: The Structure of the ZMYND8/Drebrin Complex Suggests a Cytoplasmic Sequestering Mechanism of ZMYND8 by Drebrin
著者: Yao, N. / Li, J. / Liu, H. / Wan, J. / Liu, W. / Zhang, M.
履歴
登録2017年7月22日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02017年10月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年11月22日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.22023年11月22日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Drebrin
B: Drebrin
C: Protein kinase C-binding protein 1
D: Protein kinase C-binding protein 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)105,64617
ポリマ－104,5854
非ポリマー1,06113
水86548
1
A: Drebrin
C: Protein kinase C-binding protein 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)52,8739
ポリマ－52,2932
非ポリマー5807
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2510 Å2
ΔGint-61 kcal/mol
Surface area21090 Å2
手法PISA
2
B: Drebrin
D: Protein kinase C-binding protein 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)52,7738
ポリマ－52,2932
非ポリマー4806
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2700 Å2
ΔGint-46 kcal/mol
Surface area20880 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)54.183, 138.095, 161.164
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11(chain A and (resid 2 through 16 or resid 18...
21(chain B and (resid 2 through 11 or (resid 12...

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1

Dom-IDComponent-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11ALAALAALAALA(chain A and (resid 2 through 16 or resid 18...AA2 - 164 - 18
12GLUGLULEULEU(chain A and (resid 2 through 16 or resid 18...AA18 - 5120 - 53
13GLUGLUASNASN(chain A and (resid 2 through 16 or resid 18...AA53 - 6055 - 62
14GLNGLNGLNGLN(chain A and (resid 2 through 16 or resid 18...AA6163
15METMETLEULEU(chain A and (resid 2 through 16 or resid 18...AA1 - 1333 - 135
16METMETLEULEU(chain A and (resid 2 through 16 or resid 18...AA1 - 1333 - 135
17METMETLEULEU(chain A and (resid 2 through 16 or resid 18...AA1 - 1333 - 135
18METMETLEULEU(chain A and (resid 2 through 16 or resid 18...AA1 - 1333 - 135
21ALAALALEULEU(chain B and (resid 2 through 11 or (resid 12...BB2 - 114 - 13
22GLUGLUGLUGLU(chain B and (resid 2 through 11 or (resid 12...BB1214
23GLYGLYLEULEU(chain B and (resid 2 through 11 or (resid 12...BB-1 - 1331 - 135
24GLYGLYLEULEU(chain B and (resid 2 through 11 or (resid 12...BB-1 - 1331 - 135
25GLYGLYLEULEU(chain B and (resid 2 through 11 or (resid 12...BB-1 - 1331 - 135
26GLYGLYLEULEU(chain B and (resid 2 through 11 or (resid 12...BB-1 - 1331 - 135

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要素

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タンパク質 , 2種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質 Drebrin / Developmentally-regulated brain protein


分子量: 14677.229 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 1-135 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: DBN1, D0S117E / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q16643
#2: タンパク質 Protein kinase C-binding protein 1 / Cutaneous T-cell lymphoma-associated antigen se14-3 / CTCL-associated antigen se14-3 / Rack7 / Zinc ...Cutaneous T-cell lymphoma-associated antigen se14-3 / CTCL-associated antigen se14-3 / Rack7 / Zinc finger MYND domain-containing protein 8


分子量: 37615.461 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 83-406 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ZMYND8, KIAA1125, PRKCBP1, RACK7 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9ULU4

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非ポリマー , 4種, 61分子

#3: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#5: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 48 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

配列の詳細Authors used fusion strategy to generate the crystallization construct. Chain A is fused to the C- ...Authors used fusion strategy to generate the crystallization construct. Chain A is fused to the C-terminus of Chain C; Chain B was fused to the C-terminus of Chain D with 22-aa flexible linkers. GS residues of the N-terminal of the chains A and B is the part of the linkers. Other parts of the linker are missing due to the disorder.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.01 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.11 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6
詳細: 0.2 M ammonium sulfate, 0.1 M Bis-Tris, pH 6.0 and 23% w/v polyethylene glycol 3,350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U1 / 波長: 0.978 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2016年1月16日
放射モノクロメーター: Double Crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.978 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.65→50 Å / Num. obs: 34299 / % possible obs: 98.9 % / 冗長度: 6.5 % / Biso Wilson estimate: 53.36 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.092 / Rpim(I) all: 0.038 / Rrim(I) all: 0.1 / Χ2: 1.768 / Net I/σ(I): 11.1
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
2.65-2.76.30.95116380.7580.3921.0311.38994.5
2.7-2.746.20.8890.7770.3680.9641.497.8
2.74-2.86.10.7350.840.3050.7981.42797.1
2.8-2.856.20.5940.8730.2460.6441.41597.5
2.85-2.926.20.4870.9110.2020.5281.49198.4
2.92-2.986.10.4190.930.1760.4561.48798.4
2.98-3.066.20.3360.9440.140.3651.5498.9
3.06-3.146.10.2650.9630.1110.2881.55599.1
3.14-3.236.20.2060.9780.0860.2241.63999.4
3.23-3.346.20.1680.9840.0710.1831.68499.2
3.34-3.466.30.1270.9930.0530.1381.73699.8
3.46-3.66.40.1110.9920.0470.1211.98199.5
3.6-3.766.10.0940.9940.0410.1032.11499.4
3.76-3.966.90.0750.9970.030.0812.00199.8
3.96-4.217.20.0640.9970.0260.0692.024100
4.21-4.537.10.0550.9980.0220.062.201100
4.53-4.997.30.0490.9990.0190.0531.982100
4.99-5.717.20.0520.9990.0210.0561.956100
5.71-7.197.10.0480.9990.0190.0521.936100
7.19-506.60.0360.9990.0150.0391.96598.8

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX精密化
HKL-2000データ収集
PDB_EXTRACT3.22データ抽出
PHASER位相決定
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4COS, 1X67

4cos

1x67


解像度: 2.676→14.988 Å / SU ML: 0.35 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 25.41
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2338 1648 4.85 %
Rwork0.1781 --
obs0.1808 34002 97.7 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 164.25 Å2 / Biso mean: 58.0754 Å2 / Biso min: 25.87 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.676→14.988 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6681 0 42 48 6771
Biso mean--115.66 45.87 -
残基数----874
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0096910
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.9419413
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0531020
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0061219
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d5.4974605
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11A966X-RAY DIFFRACTION11.122TORSIONAL
12B966X-RAY DIFFRACTION11.122TORSIONAL
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 12

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.6757-2.75390.35421100.27992197230781
2.7539-2.84230.32271480.26762671281997
2.8423-2.94310.37311460.26022630277698
2.9431-3.060.29441180.2482692281099
3.06-3.1980.2551410.23682718285999
3.198-3.36480.25471390.21612721286099
3.3648-3.57290.25461380.190227102848100
3.5729-3.84450.2331530.16762725287899
3.8445-4.22350.22821440.147827542898100
4.2235-4.81680.16361390.125927712910100
4.8168-6.00310.19351280.156828442972100
6.0031-14.98810.21021440.15629213065100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
15.33472.05240.46963.46371.15623.81550.5835-1.3296-0.01790.693-0.4850.7105-0.2529-0.602-0.00110.2751-0.03380.0510.77940.13220.657-16.8891-3.372121.983
22.07082.25892.89983.91315.00876.40240.22480.5429-0.6711-0.20340.44950.33890.28330.0996-0.54210.313-0.0598-0.0660.636-0.05620.66-14.486-4.443914.5759
33.8911.413-0.69675.91661.41634.67650.1739-0.2236-0.10720.2239-0.24360.22310.059-0.0570.07870.30740.0229-0.01180.40770.07370.4806-11.16381.184412.6781
42.81472.0082-0.21721.72271.08745.6391-0.36820.1662-0.0399-0.78520.0976-0.1046-0.72380.89420.31560.5208-0.0145-0.01180.52960.10390.48-12.1766-3.2938.1434
56.45394.97793.29488.44133.03154.29-0.15660.02270.3499-1.44370.39950.8377-0.2762-1.0932-0.23680.50270.0059-0.10940.64950.26221.2614-23.81520.01039.4701
61.73120.31510.29453.8041-1.57343.55930.08720.1928-0.2096-0.6322-0.2251-0.45610.80410.19330.1090.61150.10970.11420.359-0.03190.409134.66964.601252.2252
75.0815-2.80975.13983.3457-2.46595.0024-0.19840.23750.4617-0.3806-0.2973-0.27210.26720.18350.47630.45280.00970.08380.49050.00340.434627.494221.314544.0006
83.143-1.17690.48381.8977-1.09945.7998-0.2548-0.55690.30210.18920.11930.1582-0.3415-0.17710.14620.3933-0.04-0.04110.5769-0.10640.433512.699333.507347.979
94.2286-0.187-0.7552.7602-0.07284.5719-0.24190.2850.0017-0.5160.09790.76660.4323-0.84470.16830.4993-0.1017-0.10610.551-0.00510.47167.080731.72935.7855
104.7387-0.5749-1.00975.33720.22146.20470.0322-0.03290.4387-0.2525-0.1779-0.5875-0.74190.49820.04370.5792-0.1268-0.07710.41090.08840.453716.171532.025713.1245
112.35190.5892-0.34784.32310.94833.0279-0.08770.08710.121-0.4360.056-0.1495-0.42880.18040.06310.4272-0.0597-0.04740.32910.09350.27058.142520.52185.031
121.0125-2.11771.03424.4061-2.3083.92540.1114-0.0041-0.07-0.3616-0.0080.0159-0.0769-0.1019-0.10210.2652-0.01560.01260.33650.00950.42128.9215-7.18835.7
134.1607-0.71460.41228.34881.07363.3964-0.1612-0.56390.0148-0.09120.29430.190.1931-0.2384-0.09480.2537-0.0186-0.00740.46990.09610.342212.7958-16.306213.024
145.6506-1.4066-2.29713.95521.22417.8250.25230.2429-0.9407-0.3925-0.1360.56930.0584-0.2896-0.13270.3204-0.0275-0.12860.32290.02520.53464.4661-17.16242.3659
152.9730.02150.81481.8174-0.53624.80260.01360.4349-0.1518-0.7348-0.0607-0.49660.48721.15680.11040.4640.11720.16550.58130.01740.577521.7429-18.12370.8076
166.73612.0278-2.10745.07270.68952.3981-0.03590.11370.43050.0551-0.04930.7588-0.1576-0.3020.14570.4546-0.0293-0.15670.5217-0.05110.46927.27543.645850.9278
173.8055-0.49810.82276.9771-0.23373.62540.11970.08220.1444-0.3107-0.1973-0.18640.0531-0.07140.07920.3493-0.0161-0.04450.379-0.04240.386239.414740.054751.6743
184.05750.3839-3.97911.6279-1.27584.3680.02190.02970.26840.8532-1.3292-1.1853-1.46980.77831.13370.6235-0.1008-0.13940.7430.19490.77962.51541.234318.482
197.8973.52792.73217.35810.63385.4978-0.4477-0.567-1.1461-0.05070.29591.0813-0.1773-0.31790.0830.36870.044-0.03540.50320.20610.6654-6.2004-12.928717.8665
205.36462.3974-0.1312.35352.27684.98570.2225-0.5772-0.86090.9741-0.0222-0.60140.460.0964-0.23480.4483-0.041-0.08660.61240.17450.6612-9.5153-5.604920.6575
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'B' and (resid 41 through 62 )B41 - 62
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'B' and (resid 63 through 71 )B63 - 71
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'B' and (resid 72 through 108 )B72 - 108
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'B' and (resid 109 through 118 )B109 - 118
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'B' and (resid 119 through 133 )B119 - 133
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'C' and (resid 87 through 232 )C87 - 232
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'C' and (resid 233 through 279 )C233 - 279
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'C' and (resid 280 through 335 )C280 - 335
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'C' and (resid 336 through 390 )C336 - 390
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'D' and (resid 85 through 115 )D85 - 115
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'D' and (resid 116 through 254 )D116 - 254
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'D' and (resid 255 through 312 )D255 - 312
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'D' and (resid 313 through 332 )D313 - 332
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'D' and (resid 333 through 357 )D333 - 357
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'D' and (resid 358 through 391 )D358 - 391
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'A' and (resid 1 through 28 )A1 - 28
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'A' and (resid 29 through 133 )A29 - 133
18X-RAY DIFFRACTION18chain 'B' and (resid -1 through 9 )B-1 - 9
19X-RAY DIFFRACTION19chain 'B' and (resid 10 through 21 )B10 - 21
20X-RAY DIFFRACTION20chain 'B' and (resid 22 through 40 )B22 - 40

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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