PDB-5xz3: The X-ray structure of Apis mellifera PGRP-SA

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5xz3

タイトル

The X-ray structure of Apis mellifera PGRP-SA

要素

Peptidoglycan-recognition protein

キーワード

IMMUNE SYSTEM / Apis mellifera / PGRP-SA

機能・相同性

機能・相同性情報

N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase activity / peptidoglycan binding / peptidoglycan catabolic process / innate immune response / zinc ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Apis mellifera (セイヨウミツバチ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.86 Å

データ登録者

Liu, Y.J. / Huang, J.X. / Zhao, X.M. / An, J.D.

資金援助

中国, 2件

引用

ジャーナル: Protein Sci. / 年: 2018
タイトル: Crystal structure of peptidoglycan recognition protein SA in Apis mellifera (Hymenoptera: Apidae).
著者: Liu, Y. / Zhao, X. / Naeem, M. / An, J.

履歴

登録	2017年7月11日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2018年7月18日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2019年1月30日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.name
改定 1.2	2023年11月22日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.3	2024年10月16日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5xz3.cif.gz	272.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5xz3.ent.gz	223 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5xz3.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5xz3_validation.pdf.gz	465.5 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5xz3_full_validation.pdf.gz	473.4 KB	表示
XML形式データ	5xz3_validation.xml.gz	27.2 KB	表示
CIF形式データ	5xz3_validation.cif.gz	38.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xz/5xz3 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xz/5xz3	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1s2jS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	3sji-d 1ciz-d 4lzu-d 1c5f-3 5yy1-d 3p9n-d 6zsq-1 6t5v-d 1c5f-5 1m1u-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Peptidoglycan-recognition protein

B: Peptidoglycan-recognition protein

C: Peptidoglycan-recognition protein

D: Peptidoglycan-recognition protein

ヘテロ分子

79.1 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Peptidoglycan-recognition protein

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration, four PGRP-SA chain
19.8 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Peptidoglycan-recognition protein

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
19.8 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

3

C: Peptidoglycan-recognition protein

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
19.8 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

4

D: Peptidoglycan-recognition protein

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
19.8 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	67.898, 68.607, 71.699
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 94.92, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	Peptidoglycan-recognition protein 分子量: 19673.320 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Apis mellifera (セイヨウミツバチ) 遺伝子: PGRP-S3 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A088AJM6
#2: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 244 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.11 Å³/Da / 溶媒含有率: 41.82 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: 0.1 M TRIS hydrochloride; 2.0 M Ammonium sulfate; PH 8.5 PH範囲: 8.5

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U1 / 波長: 0.979 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2016年12月17日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.85→50.01 Å / Num. obs: 50577 / % possible obs: 91.3 % / 冗長度: 7.4 % / Net I/σ(I): 9.4

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0158	精密化
HKL-3000		データ削減
HKL-3000		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1S2J

1s2j

解像度: 1.86→50.01 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.96 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.948 / SU B: 6.516 / SU ML: 0.097 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.173 / ESU R Free: 0.144

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.21655	2476	4.9 %	RANDOM
R_work	0.18993	-	-	-
obs	0.19138	48086	90.93 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å

原子変位パラメータ

B_iso mean: 36.016 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	1.76 Å²	-0 Å²	0.31 Å²
2-	-	0.08 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-1.87 Å²

精密化ステップ

サイクル: 1 / 解像度: 1.86→50.01 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5361	0	20	244	5625

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.01	0.019	5513
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.357	1.925	7477
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.294	5	667
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	42.921	25	258
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	15.656	15	947
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	13.041	15	16
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.093	0.2	803
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.021	4167
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.931	2.713	2680
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.473	4.06	3343
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.333	2.895	2833
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	3.803	37.34	8458
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 1.856→1.904 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.222	117	-
R_work	0.212	2067	-
obs	-	-	53.33 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.0486	-0.3549	-0.309	0.5545	0.4266	1.362	-0.0136	0.1059	0.088	-0.0052	0.0291	-0.0847	-0.0691	-0.0758	-0.0155	0.016	-0.003	-0.016	0.037	-0.0067	0.0494	25.658	1.0442	4.2128
2	0.1939	-0.149	-0.1013	0.629	-0.0018	1.1765	0.0659	-0.0171	-0.0381	0.0054	-0.0015	0.0392	-0.0072	-0.0153	-0.0644	0.0313	-0.0111	-0.0163	0.0123	-0.0072	0.0536	35.2401	15.5269	30.7114
3	1.5744	-1.1893	0.155	1.6184	-0.7986	1.2939	-0.2534	-0.1043	-0.0904	0.2049	0.3301	0.1197	-0.1254	-0.1561	-0.0767	0.0792	0.0311	0.0279	0.1266	0.029	0.0317	2.7108	-2.4188	39.956
4	0.5667	0.4769	0.2867	0.5114	0.1981	1.7454	-0.0344	0.0166	-0.004	-0.0051	0.0215	-0.0651	0.1454	-0.271	0.013	0.0307	-0.0488	-0.0112	0.1134	-0.0092	0.035	9.1302	-23.4189	5.8434

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	1 - 173
2	X-RAY DIFFRACTION	2	B	6 - 173
3	X-RAY DIFFRACTION	3	C	9 - 173
4	X-RAY DIFFRACTION	4	D	9 - 173

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)