PDB-5xw2: Crystal structure of the Hydroxylase HmtN in C 1 2 1 crystal form

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5xw2

タイトル

Crystal structure of the Hydroxylase HmtN in C 1 2 1 crystal form

要素

Cytochrome P450 107B1 (P450CVIIB1)

キーワード

BIOSYNTHETIC PROTEIN / himastatin / hydroxylase / cytochrome P450

機能・相同性

機能・相同性情報

oxidoreductase activity, acting on paired donors, with incorporation or reduction of molecular oxygen / monooxygenase activity / iron ion binding / heme binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Streptomyces himastatinicus ATCC 53653 (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.298 Å

データ登録者

Zhang, H.D. / Zhang, H.J.

引用

ジャーナル: Biochem. Biophys. Res. Commun. / 年: 2017
タイトル: Molecular characterization of the hydroxylase HmtN at 1.3 angstrom resolution.
著者: Zhang, H. / Chen, J. / Zhang, H.

履歴

登録	2017年6月29日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2018年4月25日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年11月22日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5xw2.cif.gz	107.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5xw2.ent.gz	77.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5xw2.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xw/5xw2 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xw/5xw2	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4ggvS 4e2p S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	2zwt-d 4l4e-d 1pcm-d 2h7s-2 4e2p-d 6ki9-3 3a4z-5 3fwf-1 1f4u-1 2fkm-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#82 - 2006年10月シトクロムp450 (Cytochrome p450) 類似性 (2)

登録構造単位

A: Cytochrome P450 107B1 (P450CVIIB1)

ヘテロ分子

48 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	126.130, 72.840, 53.750
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 107.43, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

#1: タンパク質	Cytochrome P450 107B1 (P450CVIIB1) / HmtN / p450-like enzyme 分子量: 47109.574 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Streptomyces himastatinicus ATCC 53653 (バクテリア) 株: ATCC 53653 / 遺伝子: hmtN, SSOG_07636 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: D9WMQ6
#2: 化合物	ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME 分子量: 616.487 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃₄H₃₂FeN₄O₄
#3: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#4: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 508 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.5 Å³/Da / 溶媒含有率: 50.8 %
結晶化	温度: 289.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 10% (w/v) PEG 8000, 0.2M magnesium chloride, 0.1M Tris, pH 7.0

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U1 / 波長: 0.979228 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2012年5月2日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.979228 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.298→60.171 Å / Num. obs: 111281 / % possible obs: 97.39 % / 冗長度: 3.6 % / B_iso Wilson estimate: 16.723 Å² / R_merge(I) obs: 0.047 / Net I/σ(I): 18.79
反射シェル	最高解像度: 1.298 Å / 冗長度: 3.5 % / R_merge(I) obs: 0.286 / Mean I/σ(I) obs: 3.88 / % possible all: 94.8

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.11.1_2575: ???)	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 4GGV

4ggv

解像度: 1.298→46.508 Å / SU ML: 0.11 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.68 / 位相誤差: 17.25

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1848	5569	5 %
R_work	0.1679	-	-
obs	0.1688	111281	97.4 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.298→46.508 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2965	0	62	508	3535

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.013	3101
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.282	4215
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	11.696	1151
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.091	453
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.01	545

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.2982-1.313	0.2067	139	0.2322	2768	X-RAY DIFFRACTION	76
1.313-1.3284	0.2235	176	0.2091	3284	X-RAY DIFFRACTION	92
1.3284-1.3447	0.2187	175	0.2045	3480	X-RAY DIFFRACTION	97
1.3447-1.3617	0.233	177	0.2051	3593	X-RAY DIFFRACTION	100
1.3617-1.3796	0.2734	193	0.2227	3510	X-RAY DIFFRACTION	97
1.3796-1.3985	0.2202	176	0.1981	3586	X-RAY DIFFRACTION	100
1.3985-1.4185	0.1922	186	0.1936	3594	X-RAY DIFFRACTION	100
1.4185-1.4396	0.2298	184	0.1885	3562	X-RAY DIFFRACTION	100
1.4396-1.4621	0.1917	191	0.1873	3588	X-RAY DIFFRACTION	99
1.4621-1.4861	0.2067	179	0.1843	3619	X-RAY DIFFRACTION	99
1.4861-1.5117	0.185	174	0.1746	3570	X-RAY DIFFRACTION	100
1.5117-1.5392	0.2056	185	0.1791	3499	X-RAY DIFFRACTION	97
1.5392-1.5688	0.2013	169	0.167	3594	X-RAY DIFFRACTION	100
1.5688-1.6009	0.1656	205	0.1654	3600	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6009-1.6357	0.1951	194	0.1701	3593	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6357-1.6737	0.1816	203	0.1602	3577	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6737-1.7156	0.1839	186	0.1621	3581	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7156-1.762	0.1838	174	0.1661	3624	X-RAY DIFFRACTION	99
1.762-1.8138	0.1843	218	0.1668	3578	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8138-1.8724	0.1858	215	0.1619	3600	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8724-1.9393	0.1848	180	0.1648	3489	X-RAY DIFFRACTION	97
1.9393-2.0169	0.171	173	0.1611	3627	X-RAY DIFFRACTION	99
2.0169-2.1087	0.1683	199	0.1605	3498	X-RAY DIFFRACTION	98
2.1087-2.2199	0.1774	208	0.1497	3608	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2199-2.359	0.1617	176	0.1535	3569	X-RAY DIFFRACTION	98
2.359-2.5411	0.1509	187	0.1555	3620	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5411-2.7968	0.167	180	0.1564	3621	X-RAY DIFFRACTION	99
2.7968-3.2014	0.1733	204	0.1607	3598	X-RAY DIFFRACTION	100
3.2014-4.0331	0.1653	180	0.1526	3559	X-RAY DIFFRACTION	97
4.0331-46.5383	0.2325	183	0.1917	3123	X-RAY DIFFRACTION	84

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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