PDB-5xub: The citrate-bound trimer of chemoreceptor MCP2201 ligand binding ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5xub

タイトル

The citrate-bound trimer of chemoreceptor MCP2201 ligand binding domain

要素

Methyl-accepting chemotaxis sensory transducer

キーワード

SIGNALING PROTEIN / methyl-accepting chemotaxis protein / four helix bundle / dicarboxylic organic acid binding

機能・相同性

機能・相同性情報

chemotaxis / transmembrane signaling receptor activity / signal transduction / membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

Comamonas testosteroni (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.5 Å

データ登録者

Hong, Y. / Li, D.F. / Wang, D.C.

引用

ジャーナル: Mol.Microbiol. / 年: 2019
タイトル: The ligand-binding domain of a chemoreceptor from Comamonas testosteroni has a previously unknown homotrimeric structure.
著者: Hong, Y. / Huang, Z. / Guo, L. / Ni, B. / Jiang, C.Y. / Li, X.J. / Hou, Y.J. / Yang, W.S. / Wang, D.C. / Zhulin, I.B. / Liu, S.J. / Li, D.F.

履歴

登録	2017年6月23日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2018年6月27日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2019年7月10日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.2	2023年11月22日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5xub.cif.gz	126.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5xub.ent.gz	98.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5xub.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5xub_validation.pdf.gz	462.9 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5xub_full_validation.pdf.gz	470 KB	表示
XML形式データ	5xub_validation.xml.gz	14.5 KB	表示
CIF形式データ	5xub_validation.cif.gz	19 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xu/5xub ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xu/5xub	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5xuaC 6itsC 5xud PDB 未公開エントリS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6its-1 6its-2 1t98-d 6sw5-1 5xum-1 3l9d-d 3dj1-3 5fd6-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#158 - 2013年2月プロトン開閉型尿素チャネル (Proton-Gated Urea Channel) 類似性 (8) #190 - 2015年10月 2つの要素で構成される検知・応答系 (Two-component Systems) 類似性 (4)

登録構造単位

A: Methyl-accepting chemotaxis sensory transducer

B: Methyl-accepting chemotaxis sensory transducer

ヘテロ分子

36.7 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Methyl-accepting chemotaxis sensory transducer

ヘテロ分子

A: Methyl-accepting chemotaxis sensory transducer

ヘテロ分子

A: Methyl-accepting chemotaxis sensory transducer

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: assay for oligomerization
55 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Methyl-accepting chemotaxis sensory transducer

ヘテロ分子

B: Methyl-accepting chemotaxis sensory transducer

ヘテロ分子

B: Methyl-accepting chemotaxis sensory transducer

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
55 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	49.400, 49.400, 406.342
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	146
Space group name H-M	H3

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-421- HOH
2	1	A-440- HOH
3	1	B-435- HOH
4	1	B-446- HOH

#1: タンパク質	Methyl-accepting chemotaxis sensory transducer 分子量: 18138.564 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 46-203 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Comamonas testosteroni (strain CNB-2) (バクテリア) 株: CNB-2 / 遺伝子: CtCNB1_2201 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: D0IVL9
#2: 化合物	ChemComp-CIT / CITRIC ACID / クエン酸分子量: 192.124 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₈O₇
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 95 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.63 Å³/Da / 溶媒含有率: 53.24 %
結晶化	温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: 0.1 M Sodium citrate pH 4.4, 14% PEG 400, 13% Ethylene glycol PH範囲: 4.0 - 4.8

-
データ収集

回折	平均測定温度: 93 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U / 波長: 0.9789 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2013年11月26日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9789 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.5→45.15 Å / Num. obs: 12095 / % possible obs: 94.5 % / 冗長度: 2.3 % / B_iso Wilson estimate: 34.685 Å² / CC_1/2: 0.953 / R_merge(I) obs: 0.152 / Net I/σ(I): 4.3
反射シェル	解像度: 2.5→2.64 Å / 冗長度: 1.9 % / R_merge(I) obs: 0.291 / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / Num. unique obs: 1744 / CC_1/2: 0.791 / % possible all: 94

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.10_2155	精密化
iMOSFLM		data processing
SCALA		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 5XUD

5xud
PDB 未公開エントリ

解像度: 2.5→41.864 Å / SU ML: 0.32 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.97 / 位相誤差: 27.38

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2567	1201	9.93 %	Random
R_work	0.2034	-	-	-
obs	0.2087	12091	94.25 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.5→41.864 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2167	0	26	95	2288

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.007	2209
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.983	2990
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	17.106	1398
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.048	365
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	384

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.5001-2.6002	0.2929	138	0.2467	1215	X-RAY DIFFRACTION	94
2.6002-2.7185	0.3234	132	0.2319	1211	X-RAY DIFFRACTION	95
2.7185-2.8618	0.2788	130	0.2373	1209	X-RAY DIFFRACTION	95
2.8618-3.041	0.2925	134	0.2281	1211	X-RAY DIFFRACTION	94
3.041-3.2757	0.333	136	0.2438	1247	X-RAY DIFFRACTION	96
3.2757-3.6052	0.2827	127	0.2062	1215	X-RAY DIFFRACTION	95
3.6052-4.1265	0.2266	141	0.1711	1230	X-RAY DIFFRACTION	96
4.1265-5.1974	0.2095	135	0.1664	1193	X-RAY DIFFRACTION	94
5.1974-41.8694	0.2018	128	0.1876	1159	X-RAY DIFFRACTION	89

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.8276	0.0479	-0.4984	1.9374	-1.8173	5.0252	-0.0013	-0.1883	0.2236	0.5815	-0.1781	0.0077	-0.5927	-0.1175	0.1504	0.3502	-0.0193	-0.0313	0.2364	-0.0474	0.4257	5.5702	-7.6686	28.8585
2	1.4509	0.5309	-0.7817	2.3894	-3.7849	6.3021	-0.0833	-0.2914	0.2221	0.4861	-0.56	-0.9037	-0.4561	1.0054	0.4725	0.3159	-0.0067	-0.0844	0.3025	0.043	0.4551	14.6662	-15.1413	28.2687
3	1.8518	0.5013	-2.1102	1.4798	-1.4385	4.7645	0.1264	0.3701	0.0106	-0.1747	-0.4896	-0.7277	0.0223	0.7048	0.4028	0.296	0.0044	0.1443	0.4005	0.1571	0.5298	14.7282	-12.1531	8.3039
4	2.779	-0.1253	-1.0782	2.4038	0.0928	2.5155	0.1624	-0.446	0.3276	0.5229	-0.023	-0.3015	-0.254	-0.3714	-0.2221	0.3385	0.0367	-0.0233	0.3584	-0.0643	0.1846	1.2259	-20.9438	39.5358
5	1.8182	-0.3616	-2.7824	2.3017	-2.0582	7.5923	-0.2278	0.4347	0.0073	-0.5059	-0.1165	0.2683	-0.1695	-0.9345	-0.182	0.3086	-0.0466	-0.0605	0.3551	-0.0143	0.4368	11.0465	3.6898	-30.1455
6	2.209	0.9873	-2.338	1.0177	-1.6966	7.1173	-0.2525	0.5482	-0.3633	-0.1153	0.2139	-0.2509	0.4063	-0.8131	0.27	0.2876	-0.0498	0.0472	0.2912	-0.0347	0.405	7.6054	-6.1027	-24.6105
7	1.0985	1.3035	-3.5544	1.649	-2.8755	7.4679	-0.544	-0.104	-0.6859	-0.7358	0.0213	0.0282	1.4068	0.6831	0.3845	0.2911	-0.0223	0.0738	0.331	-0.0356	0.5501	20.4189	-5.1378	-27.0367
8	0.363	0.2504	-1.7324	4.0393	-1.7999	9.0483	-0.0813	-1.3008	-0.8801	0.5323	-0.0386	-0.1278	0.2072	1.4402	1.1868	0.2338	0.0564	0.0069	0.3309	0.3339	0.6053	17.8521	-6.6828	-7.0727
9	2.4597	0.115	-0.1364	2.0663	-1.3628	4.8254	0.2891	0.5183	-0.2259	-0.4861	0.0405	0.4049	-0.3805	0.2683	-0.3574	0.3842	0.0017	-0.0607	0.303	-0.0553	0.2809	19.3219	8.7435	-36.3767

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 57 through 118 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 119 through 150 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 151 through 164 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 165 through 200 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'B' and (resid 57 through 87 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 88 through 118 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 119 through 150 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 151 through 164 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 165 through 197 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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