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Yorodumi- PDB-5xub: The citrate-bound trimer of chemoreceptor MCP2201 ligand binding ... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 5xub | ||||||
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Title | The citrate-bound trimer of chemoreceptor MCP2201 ligand binding domain | ||||||
Components | Methyl-accepting chemotaxis sensory transducer | ||||||
Keywords | SIGNALING PROTEIN / methyl-accepting chemotaxis protein / four helix bundle / dicarboxylic organic acid binding | ||||||
Function / homology | Function and homology information transmembrane signaling receptor activity / chemotaxis / signal transduction / membrane Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Comamonas testosteroni (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.5 Å | ||||||
Authors | Hong, Y. / Li, D.F. / Wang, D.C. | ||||||
Citation | Journal: Mol.Microbiol. / Year: 2019 Title: The ligand-binding domain of a chemoreceptor from Comamonas testosteroni has a previously unknown homotrimeric structure. Authors: Hong, Y. / Huang, Z. / Guo, L. / Ni, B. / Jiang, C.Y. / Li, X.J. / Hou, Y.J. / Yang, W.S. / Wang, D.C. / Zhulin, I.B. / Liu, S.J. / Li, D.F. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 5xub.cif.gz | 126.6 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb5xub.ent.gz | 98.8 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 5xub.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xu/5xub ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xu/5xub | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | 5xuaC 6itsC 5xud S: Starting model for refinement C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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2 |
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Unit cell |
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Components on special symmetry positions |
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-Components
#1: Protein | Mass: 18138.564 Da / Num. of mol.: 2 / Fragment: UNP residues 46-203 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Comamonas testosteroni (strain CNB-2) (bacteria) Strain: CNB-2 / Gene: CtCNB1_2201 / Production host: Escherichia coli BL21(DE3) (bacteria) / Strain (production host): BL21(DE3) / References: UniProt: D0IVL9 #2: Chemical | #3: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.63 Å3/Da / Density % sol: 53.24 % |
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Crystal grow | Temperature: 295 K / Method: vapor diffusion, hanging drop Details: 0.1 M Sodium citrate pH 4.4, 14% PEG 400, 13% Ethylene glycol PH range: 4.0 - 4.8 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 93 K |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: SSRF / Beamline: BL17U / Wavelength: 0.9789 Å |
Detector | Type: ADSC QUANTUM 315 / Detector: CCD / Date: Nov 26, 2013 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.9789 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.5→45.15 Å / Num. obs: 12095 / % possible obs: 94.5 % / Redundancy: 2.3 % / Biso Wilson estimate: 34.685 Å2 / CC1/2: 0.953 / Rmerge(I) obs: 0.152 / Net I/σ(I): 4.3 |
Reflection shell | Resolution: 2.5→2.64 Å / Redundancy: 1.9 % / Rmerge(I) obs: 0.291 / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / Num. unique obs: 1744 / CC1/2: 0.791 / % possible all: 94 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 5XUD 5xud Resolution: 2.5→41.864 Å / SU ML: 0.32 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.97 / Phase error: 27.38
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.5→41.864 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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