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- PDB-5xsz: Crystal structure of zebrafish lysophosphatidic acid receptor LPA6 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5xsz
タイトルCrystal structure of zebrafish lysophosphatidic acid receptor LPA6
要素Lysophosphatidic acid receptor 6a,Endolysin,Lysophosphatidic acid receptor 6a
キーワードMEMBRANE PROTEIN / alpha helical
機能・相同性
機能・相同性情報


P2Y receptors / G alpha (q) signalling events / : / lysophosphatidic acid receptor activity / positive regulation of Rho protein signal transduction / plasma membrane => GO:0005886 / viral release from host cell by cytolysis / peptidoglycan catabolic process / G protein-coupled receptor activity / adenylate cyclase-modulating G protein-coupled receptor signaling pathway ...P2Y receptors / G alpha (q) signalling events / : / lysophosphatidic acid receptor activity / positive regulation of Rho protein signal transduction / plasma membrane => GO:0005886 / viral release from host cell by cytolysis / peptidoglycan catabolic process / G protein-coupled receptor activity / adenylate cyclase-modulating G protein-coupled receptor signaling pathway / cell wall macromolecule catabolic process / lysozyme / lysozyme activity / angiogenesis / host cell cytoplasm / defense response to bacterium
類似検索 - 分子機能
Endolysin T4 type / T4-type lysozyme / Glycoside hydrolase, family 24 / Lysozyme domain superfamily / Phage lysozyme / G-protein coupled receptors family 1 signature. / G protein-coupled receptor, rhodopsin-like / GPCR, rhodopsin-like, 7TM / G-protein coupled receptors family 1 profile. / 7 transmembrane receptor (rhodopsin family) / Lysozyme-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
(2R)-2,3-dihydroxypropyl (9Z)-octadec-9-enoate / Endolysin / Lysophosphatidic acid receptor 6a
類似検索 - 構成要素
生物種Danio rerio (ゼブラフィッシュ)
Enterobacteria phage T4 (ファージ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.2 Å
Model detailsa receptor
データ登録者Taniguchi, R. / Nishizawa, T. / Ishitani, R. / Nureki, O.
資金援助 日本, 1件
組織認可番号国
AMED-CREST 日本
引用ジャーナル: Nature / 年: 2017
タイトル: Structural insights into ligand recognition by the lysophosphatidic acid receptor LPA6
著者: Taniguchi, R. / Inoue, A. / Sayama, M. / Uwamizu, A. / Yamashita, K. / Hirata, K. / Yoshida, M. / Tanaka, Y. / Kato, H.E. / Nakada-Nakura, Y. / Otani, Y. / Nishizawa, T. / Doi, T. / Ohwada, T. ...著者: Taniguchi, R. / Inoue, A. / Sayama, M. / Uwamizu, A. / Yamashita, K. / Hirata, K. / Yoshida, M. / Tanaka, Y. / Kato, H.E. / Nakada-Nakura, Y. / Otani, Y. / Nishizawa, T. / Doi, T. / Ohwada, T. / Ishitani, R. / Aoki, J. / Nureki, O.
履歴
登録2017年6月16日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02017年8月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年8月30日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed
改定 1.22023年11月22日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Lysophosphatidic acid receptor 6a,Endolysin,Lysophosphatidic acid receptor 6a
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)55,4554
ポリマ－54,3861
非ポリマー1,0703
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area21420 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)55.880, 65.020, 160.650
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Lysophosphatidic acid receptor 6a,Endolysin,Lysophosphatidic acid receptor 6a / Zgc:153784 / Zgc:153784 protein / Lysis protein / Lysozyme / Muramidase


分子量: 54385.574 Da / 分子数: 1 / 変異: E1011N,R1012G,D1020N,C1054T,C1097A,I1137R / 由来タイプ: 組換発現
詳細: Chimera protein of UNP residues 1-227 from Lysophosphatidic acid receptor 6a (Q08BG4), UNP residues 2-161 from Endolysin (P00720),UNP residues 233-312 from Lysophosphatidic acid receptor 6a (Q08BG4).
由来: (組換発現) Danio rerio (ゼブラフィッシュ), (組換発現) Enterobacteria phage T4 (ファージ)
遺伝子: lpar6a, lpar6, zgc:153784
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: Q08BG4, UniProt: P00720, lysozyme
#2: 化合物 ChemComp-OLC / (2R)-2,3-dihydroxypropyl (9Z)-octadec-9-enoate / 1-Oleoyl-R-glycerol / L-グリセロ-ル3-オレア-ト


分子量: 356.540 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H40O4

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.68 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.16 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 脂質キュービック相法 / pH: 6 / 詳細: MES, PEG 400, NaH2PO4, 1,4-butanediol

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL32XU / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年4月22日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.2→45.872 Å / Num. obs: 10233 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 32.72 % / Biso Wilson estimate: 83.51 Å2 / CC1/2: 0.99 / Rmerge(I) obs: 0.56 / Rrim(I) all: 0.568 / Χ2: 1.342 / Net I/σ(I): 6.24 / Num. measured all: 334825 / Scaling rejects: 323
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. unique obsCC1/2Rrim(I) all% possible all
3.2-3.3931.9823.5650.6815820.5883.622100
3.39-3.6333.2241.7041.4715720.8451.73100
3.63-3.9233.411.0442.714120.8941.06100
3.92-4.2934.6050.7094.6413100.9330.719100
4.29-4.833.9440.5417.5411970.9630.55100
4.8-5.5432.7080.4578.9110640.9740.465100
5.54-6.7829.290.4318.789140.9710.438100
6.78-9.5631.9130.26118.457390.9930.265100
9.56-45.87230.9440.19523.394430.9960.19898

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XSCALEデータスケーリング
PHENIX1.11.1_2575精密化
PDB_EXTRACT3.22データ抽出
XDSデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4XNV and 2RH1

4xnv

2rh1


解像度: 3.2→45.872 Å / SU ML: 0.49 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 27.35
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2629 505 4.96 %
Rwork0.2358 --
obs0.2371 10188 99.94 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 174.78 Å2 / Biso mean: 67.7716 Å2 / Biso min: 34.82 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 3.2→45.872 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3377 0 41 0 3418
Biso mean--69.72 --
残基数----448
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0083503
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.6574772
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.04579
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005592
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.9832049
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 4 / % reflection obs: 100 %

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all
3.2-3.5220.31921230.291123582481
3.522-4.03130.28391260.235523922518
4.0313-5.0780.23871250.209824062531
5.078-45.87640.25321310.239425272658

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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