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- PDB-5byj: Schistosoma mansoni (Blood Fluke) Sulfotransferase/R-oxamniquine ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5byj
タイトルSchistosoma mansoni (Blood Fluke) Sulfotransferase/R-oxamniquine Complex
要素Sulfotransferase
キーワードTRANSFERASE / sulfotransferase / parasite / oxamniquine / drug resistance
機能・相同性
機能・相同性情報


transferase activity
類似検索 - 分子機能
Sulfotransferase, S. mansonii-type / Sulfotransferase domain / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / Rossmann fold / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE-3'-5'-DIPHOSPHATE / Chem-OQR / Sulfotransferase oxamniquine resistance protein
類似検索 - 構成要素
生物種Schistosoma mansoni (マンソン住血吸虫)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Taylor, A.B. / Cao, X. / Holloway, S.P. / Hart, P.J.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
Welch FoundationAQ-1399 米国
引用ジャーナル: Plos Negl Trop Dis / 年: 2015
タイトル: Structural and Functional Characterization of the Enantiomers of the Antischistosomal Drug Oxamniquine.
著者: Taylor, A.B. / Pica-Mattoccia, L. / Polcaro, C.M. / Donati, E. / Cao, X. / Basso, A. / Guidi, A. / Rugel, A.R. / Holloway, S.P. / Anderson, T.J. / Hart, P.J. / Cioli, D. / LoVerde, P.T.
履歴
登録2015年6月10日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年9月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年11月18日Group: Database references / Structure summary
改定 1.22023年9月27日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_oper_list
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Sulfotransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,6833
ポリマ－29,9771
非ポリマー7072
水3,909217
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area770 Å2
ΔGint-6 kcal/mol
Surface area12790 Å2
2
A: Sulfotransferase
ヘテロ分子

A: Sulfotransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)61,3666
ポリマ－59,9532
非ポリマー1,4134
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_755-x+2,-y,z1
Buried area3900 Å2
ΔGint-22 kcal/mol
Surface area23220 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)140.542, 39.237, 54.009
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-611-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Sulfotransferase


分子量: 29976.562 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Schistosoma mansoni (マンソン住血吸虫)
遺伝子: Smp_089320 / プラスミド: PAG8H / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 pLysS / 参照: UniProt: G4VLE5
#2: 化合物 ChemComp-A3P / ADENOSINE-3'-5'-DIPHOSPHATE


タイプ: RNA linking / 分子量: 427.201 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O10P2
#3: 化合物 ChemComp-OQR / {(2R)-7-nitro-2-[(propan-2-ylamino)methyl]-1,2,3,4-tetrahydroquinolin-6-yl}methanol / oxamniquine


分子量: 279.335 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C14H21N3O3
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 217 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.48 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.48 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 1.0 M sodium citrate, 0.1 M sodium cacodylate pH 6.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 0.9792 Å
検出器タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年2月6日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9792 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→42.82 Å / Num. obs: 28003 / % possible obs: 98.7 % / 冗長度: 4.2 % / Biso Wilson estimate: 29.1 Å2 / Rsym value: 0.054 / Net I/σ(I): 15.3
反射 シェル解像度: 1.8→1.9 Å / 冗長度: 4 % / Rmerge(I) obs: 0.652 / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / % possible all: 98.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.9_1692精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4MUA

4mua


解像度: 1.8→42.82 Å / SU ML: 0.25 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 21.91 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2041 2000 7.15 %Random selection
Rwork0.1734 ---
obs0.1756 27971 98 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 32.3 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.8→42.82 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2087 0 47 217 2351
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0072204
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0542997
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.581828
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.048339
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005370
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.8001-1.84510.38191390.31511809X-RAY DIFFRACTION99
1.8451-1.8950.32631390.28561798X-RAY DIFFRACTION97
1.895-1.95070.29211430.21561851X-RAY DIFFRACTION98
1.9507-2.01370.22251410.19451838X-RAY DIFFRACTION99
2.0137-2.08570.22731430.1871858X-RAY DIFFRACTION99
2.0857-2.16920.21171420.1791854X-RAY DIFFRACTION99
2.1692-2.26790.24541430.17511849X-RAY DIFFRACTION99
2.2679-2.38750.24961420.17751835X-RAY DIFFRACTION98
2.3875-2.5370.24741420.1851861X-RAY DIFFRACTION99
2.537-2.73290.22071440.17491868X-RAY DIFFRACTION99
2.7329-3.00780.22711460.18191886X-RAY DIFFRACTION98
3.0078-3.44290.17761430.16681849X-RAY DIFFRACTION97
3.4429-4.3370.16131450.14461886X-RAY DIFFRACTION96
4.337-42.83440.17191480.16221929X-RAY DIFFRACTION94

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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