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- PDB-5xrf: Crystal structure of Da-36, a thrombin-like enzyme from Deinagkis... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5xrf
タイトルCrystal structure of Da-36, a thrombin-like enzyme from Deinagkistrodon acutus
要素Snake venom serine protease Da-36
キーワードHYDROLASE / thrombin-like enzyme / snake venom / Deinagkistrodon acutus
機能・相同性
機能・相同性情報


serine-type endopeptidase activity / proteolysis / extracellular space
類似検索 - 分子機能
: / Peptidase S1A, chymotrypsin family / Serine proteases, trypsin domain profile. / Trypsin-like serine protease / Serine proteases, trypsin domain / Trypsin / Trypsin-like serine proteases / Thrombin, subunit H / Peptidase S1, PA clan, chymotrypsin-like fold / Peptidase S1, PA clan ...: / Peptidase S1A, chymotrypsin family / Serine proteases, trypsin domain profile. / Trypsin-like serine protease / Serine proteases, trypsin domain / Trypsin / Trypsin-like serine proteases / Thrombin, subunit H / Peptidase S1, PA clan, chymotrypsin-like fold / Peptidase S1, PA clan / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
DI(HYDROXYETHYL)ETHER / Snake venom serine protease Da-36
類似検索 - 構成要素
生物種Deinagkistrodon acutus (ヘビ)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Lin, C.-C. / Wu, W.-G. / Fan, Q. / Tian, J. / Zhang, Z. / Zheng, Y.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
Yunnan Provincial Science and Technology Department2013FA060 中国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of Da-36, a thrombin-like enzyme from Deinagkistrodon acutus
著者: Fan, Q. / Tian, J. / Zhang, Z. / Lin, C.-C. / Wu, W.-G. / Zheng, Y.
履歴
登録2017年6月8日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02018年6月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 2.02020年7月29日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_validate_close_contact / struct_asym / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_validate_close_contact.auth_asym_id_1 / _pdbx_validate_close_contact.auth_asym_id_2 / _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_1 / _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_2 / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12023年11月22日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 2.22024年11月6日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Snake venom serine protease Da-36
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,7934
ポリマ－27,0601
非ポリマー1,7343
水4,576254
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2250 Å2
ΔGint29 kcal/mol
Surface area11650 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)87.481, 87.481, 104.674
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number154
Space group name H-MP3221

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要素

#1: タンパク質 Snake venom serine protease Da-36


分子量: 27059.734 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Deinagkistrodon acutus (ヘビ) / 参照: UniProt: J7LCB0
#2: 多糖 beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[alpha-L-fucopyranose-(1- ...beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[alpha-L-fucopyranose-(1-6)]2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 732.682 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpb1-4DGlcpNAcb1-4[LFucpa1-6]DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/3,4,3/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5][a1221m-1a_1-5]/1-1-2-3/a4-b1_a6-d1_b4-c1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{}}[(6+1)][a-L-Fucp]{}}}LINUCSPDB-CARE
#3: 多糖 alpha-D-mannopyranose-(1-6)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1- ...alpha-D-mannopyranose-(1-6)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[alpha-L-fucopyranose-(1-6)]2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 894.823 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpa1-6DManpb1-4DGlcpNAcb1-4[LFucpa1-6]DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/4,5,4/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5][a1122h-1a_1-5][a1221m-1a_1-5]/1-1-2-3-4/a4-b1_a6-e1_b4-c1_c6-d1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{[(6+1)][a-D-Manp]{}}}[(6+1)][a-L-Fucp]{}}}LINUCSPDB-CARE
#4: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C4H10O3
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 254 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.27 Å3/Da / 溶媒含有率: 71.21 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸発脱水法
詳細: 0.2M magnesium acetate tetrahydrate, 0.1M sodium cacodylate trihydrate pH 6.5, 20% polyethylene glycol 8000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: MAR scanner 345 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2013年11月13日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→50 Å / Num. obs: 23907 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 10.8 % / Rmerge(I) obs: 0.095 / Net I/σ(I): 27.52
反射 シェル解像度: 2.2→2.25 Å / 冗長度: 11 % / Rmerge(I) obs: 0.729 / Mean I/σ(I) obs: 6.576 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.10.1_2155: ???)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4GSO

4gso


解像度: 2.2→37.88 Å / SU ML: 0.2 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 19.61
Rfactor反射数%反射
Rfree0.193 1284 5.42 %
Rwork0.179 --
obs0.184 23688 98.7 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.2→37.88 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1849 0 116 254 2219
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0062050
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.8432806
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.4561238
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.044331
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004344
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.2006-2.28870.22531390.21112221X-RAY DIFFRACTION90
2.2887-2.39290.2381690.21182473X-RAY DIFFRACTION100
2.3929-2.5190.24711620.21692460X-RAY DIFFRACTION100
2.519-2.67680.23611290.20942505X-RAY DIFFRACTION100
2.6768-2.88340.23351230.21012510X-RAY DIFFRACTION100
2.8834-3.17350.21831340.19642532X-RAY DIFFRACTION100
3.1735-3.63230.1751420.17582525X-RAY DIFFRACTION100
3.6323-4.57510.18191420.14532543X-RAY DIFFRACTION100
4.5751-37.8860.17461440.17532635X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.6721-0.05371.63111.116-1.03853.1049-0.0977-0.17690.0687-0.1905-0.158-0.18330.0938-0.04160.14350.2240.11370.01060.2062-0.01270.247912.930247.469641.9294
22.38430.0658-0.69060.8352-1.55013.01330.08160.1893-0.3051-0.4363-0.2246-0.41090.45320.53720.1630.30990.14930.10540.28240.05940.352220.115642.00238.0485
30.8192-0.049-0.56530.42320.1224.21240.06620.1116-0.206-0.4352-0.1947-0.16220.52830.1880.00220.39690.19120.06170.29470.00290.303414.941941.889336.87
40.9439-0.29890.72891.4573-0.1543.4596-0.0239-0.08540.0148-0.3806-0.1434-0.16710.2889-0.12310.12550.30460.11460.02060.1847-0.01680.21968.168148.177333.3033
51.0968-1.14071.52012.3031-0.43073.2945-0.36910.20150.4861-0.1234-0.2922-0.546-0.82640.41810.49740.40960.0489-0.13440.21660.0970.450216.55762.093333.1724
63.85620.87741.05064.36020.26973.357-0.03880.3852-0.0152-0.4076-0.2068-0.4220.09170.19760.17320.39570.14010.01190.19440.02440.208611.665751.622726.836
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1CHAIN 'A' AND (RESID 25 THROUGH 65 )
2X-RAY DIFFRACTION2CHAIN 'A' AND (RESID 66 THROUGH 77 )
3X-RAY DIFFRACTION3CHAIN 'A' AND (RESID 78 THROUGH 107 )
4X-RAY DIFFRACTION4CHAIN 'A' AND (RESID 108 THROUGH 148 )
5X-RAY DIFFRACTION5CHAIN 'A' AND (RESID 149 THROUGH 207 )
6X-RAY DIFFRACTION6CHAIN 'A' AND (RESID 208 THROUGH 260 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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