PDB-5xpy: Structural basis of kindlin-mediated integrin recognition and act...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5xpy

タイトル

Structural basis of kindlin-mediated integrin recognition and activation

要素

Fermitin family homolog 2

キーワード

SIGNALING PROTEIN / Integrin Binding / Multi-domain containing protein

機能・相同性

機能・相同性情報

Cell-extracellular matrix interactions / RAC3 GTPase cycle / adherens junction maintenance / protein localization to cell junction / RAC1 GTPase cycle / positive regulation of wound healing, spreading of epidermal cells / positive regulation of mesenchymal stem cell proliferation / positive regulation of integrin activation / type I transforming growth factor beta receptor binding / integrin activation ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Mus musculus (ハツカネズミ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.099 Å

データ登録者

Li, H. / Yang, H. / Sun, K. / Zhang, Z. / Yu, C. / Wei, Z.

資金援助

中国, 2件

引用

ジャーナル: Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. / 年: 2017
タイトル: Structural basis of kindlin-mediated integrin recognition and activation
著者: Li, H. / Deng, Y. / Sun, K. / Yang, H. / Liu, J. / Wang, M. / Zhang, Z. / Lin, J. / Wu, C. / Wei, Z. / Yu, C.

履歴

登録	2017年6月5日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2017年7月26日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2017年8月9日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_abbrev / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation_author.name
改定 1.2	2017年9月6日	Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.3	2023年11月22日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5xpy.cif.gz	205.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5xpy.ent.gz	162.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5xpy.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5xpy_validation.pdf.gz	459.2 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5xpy_full_validation.pdf.gz	461.1 KB	表示
XML形式データ	5xpy_validation.xml.gz	18.8 KB	表示
CIF形式データ	5xpy_validation.cif.gz	26.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xp/5xpy ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xp/5xpy	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5xpzSC 5xq0C 5xq1C S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	1smp-d 1jiw-d 6xtj-d 3dpb-d 3dsn-1 3mln-1 6brh-3 5xmh-2 4q0e-3 1h74-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#134 - 2011年2月インテグリン (Integrin) 類似性 (5) #148 - 2012年4月 Rasタンパク質 (Ras Protein) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Fermitin family homolog 2

ヘテロ分子

55.5 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	145.069, 145.069, 59.352
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	154
Space group name H-M	P3₂21

#1: タンパク質	Fermitin family homolog 2 / Kindlin-2 / Pleckstrin homology domain-containing family C member 1 分子量: 55083.320 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 15-680 / 変異: 168-217 deletion, 367-512 deletion / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Fermt2, Plekhc1 / プラスミド: pSUMO / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta(DE3) / 参照: UniProt: Q8CIB5
#2: 化合物	ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン分子量: 59.044 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₃O₂
#3: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 156 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.19 Å³/Da / 溶媒含有率: 61.4 % 解説: THE ENTRY CONTAINS FRIEDEL PAIRS IN I_PLUS/MINUS COLUMNS
結晶化	温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5 / 詳細: 0.1 M Tris pH 8.5, 4.0 M Ammonium acetate

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U1 / 波長: 0.98 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2015年7月3日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.099→31.408 Å / Num. obs: 42158 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 13.4 % / R_merge(I) obs: 0.151 / R_pim(I) all: 0.043 / Net I/σ(I): 19.9
反射シェル	解像度: 2.1→2.14 Å / 冗長度: 13.4 % / R_merge(I) obs: 0.761 / R_sym value: 0.761 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.8.4_1496	精密化
HKL-2000		データ収集
PDB_EXTRACT	3.22	データ抽出
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 5XPZ

5xpz

解像度: 2.099→31.408 Å / SU ML: 0.19 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 19.22 / 立体化学のターゲット値: ML
詳細: THE ENTRY CONTAINS FRIEDEL PAIRS IN I_PLUS/MINUS COLUMNS

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1959	3650	4.78 %
R_work	0.164	-	-
obs	0.1655	76295	93.38 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.099→31.408 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3687	0	26	156	3869

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.007	3835
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.966	5190
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	14.344	1441
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.041	580
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	658

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.0989-2.1265	0.2726	86	0.1947	1859	X-RAY DIFFRACTION	61
2.1265-2.1556	0.2136	95	0.1854	1934	X-RAY DIFFRACTION	66
2.1556-2.1864	0.2151	108	0.1862	2115	X-RAY DIFFRACTION	71
2.1864-2.219	0.1961	108	0.1867	2246	X-RAY DIFFRACTION	75
2.219-2.2537	0.2392	125	0.1923	2394	X-RAY DIFFRACTION	80
2.2537-2.2906	0.2671	133	0.2014	2587	X-RAY DIFFRACTION	87
2.2906-2.3301	0.2219	132	0.1833	2787	X-RAY DIFFRACTION	93
2.3301-2.3724	0.2321	157	0.1956	2951	X-RAY DIFFRACTION	97
2.3724-2.4181	0.2253	151	0.1988	2923	X-RAY DIFFRACTION	99
2.4181-2.4674	0.2299	152	0.1876	3011	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4674-2.521	0.2163	150	0.1825	2960	X-RAY DIFFRACTION	100
2.521-2.5796	0.196	152	0.1785	3032	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5796-2.6441	0.1907	148	0.1837	2956	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6441-2.7156	0.2249	146	0.1796	2993	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7156-2.7954	0.2383	152	0.1877	3000	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7954-2.8856	0.2255	150	0.1802	2964	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8856-2.9887	0.1925	160	0.1774	3009	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9887-3.1082	0.1965	151	0.1789	2966	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1082-3.2495	0.1726	153	0.1711	2983	X-RAY DIFFRACTION	100
3.2495-3.4207	0.2087	152	0.1649	2991	X-RAY DIFFRACTION	100
3.4207-3.6347	0.1995	144	0.153	3010	X-RAY DIFFRACTION	100
3.6347-3.9149	0.1699	146	0.1385	3016	X-RAY DIFFRACTION	100
3.9149-4.3079	0.1822	144	0.1359	2968	X-RAY DIFFRACTION	100
4.3079-4.9292	0.1384	152	0.1237	3014	X-RAY DIFFRACTION	100
4.9292-6.2025	0.2105	154	0.1589	2978	X-RAY DIFFRACTION	100
6.2025-31.4119	0.1532	149	0.1446	2998	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.1592	-0.1542	-0.529	2.356	1.4401	2.4671	-0.054	0.0786	-0.1211	-0.1667	0.2194	-0.3926	0.0381	0.4052	-0.1313	0.2272	0.0114	0.0766	0.1844	-0.0493	0.2857	-40.908	-49.4887	-16.8952
2	1.4148	-0.6133	-0.992	1.3785	0.1573	1.9792	-0.087	-0.0982	-0.1207	0.124	-0.0114	-0.0876	0.1702	0.1285	0.0812	0.2087	-0.0054	0.0018	0.1243	-0.0032	0.1894	-53.3689	-34.783	8.2344
3	1.0547	0.0676	-0.473	1.0312	-0.4187	1.0679	-0.1416	-0.1287	0.1903	-0.0035	0.0304	-0.0181	-0.2945	0.4085	0.0397	0.2159	-0.0014	-0.0202	0.2016	-0.022	0.222	-46.3334	-19.5433	6.0222
4	0.5623	-0.2942	-0.4061	1.3842	1.0685	2.0714	0.0073	-0.02	0.0452	0.064	0.0553	-0.0838	0.0695	0.0337	-0.0574	0.1427	0.0015	0.0059	0.1089	-0.0007	0.1416	-57.2875	-23.7207	13.3601
5	2.4933	0.9422	-0.7375	1.1864	-1.7394	3.3773	-0.6964	0.1232	0.0127	-0.268	0.2205	0.0071	0.6304	-0.1553	0.1424	0.441	-0.1102	0.0053	0.483	0.05	0.4156	-70.2885	-30.584	35.4369
6	2.2034	0.5607	0.241	2.6695	0.0913	2.3751	-0.0919	-0.1674	-0.1031	-0.2073	0.0251	-0.182	0.2332	-0.3306	0.0718	0.2723	-0.0402	-0.0579	0.196	-0.0294	0.1655	-55.7611	-14.1386	31.7595
7	0.2817	-0.0223	-0.0903	0.5197	-0.1975	1.2282	0.008	0.0012	0.0302	0.033	-0.0243	-0.003	-0.1046	-0.0738	0.0025	0.1973	-0.0154	0.0221	0.0928	-0.0099	0.1449	-59.4774	-12.7198	14.8051
8	1.4288	0.0751	-0.5195	2.8817	-0.3676	2.7127	-0.0488	0.1089	0.0762	0.1222	0.2106	0.4145	-0.1851	-0.4509	-0.1436	0.2076	0.0508	0.0369	0.1869	0.0775	0.2018	-58.9097	-10.1567	-10.3213
9	1.8754	-0.6695	-0.5626	1.2987	-0.4517	1.6801	0.0373	0.2858	-0.4689	-0.3584	-0.103	0.0323	0.1632	-0.2765	0.0503	0.2704	0.0186	-0.025	0.217	-0.0496	0.1888	-63.6421	-26.5825	-7.9598

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 12 through 95 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 96 through 229 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 230 through 258 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 259 through 329 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 330 through 358 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 359 through 531 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 532 through 583 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'A' and (resid 584 through 639 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'A' and (resid 640 through 679 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

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