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- PDB-5xoi: The structure of OsALKBH1 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5xoi
タイトルThe structure of OsALKBH1
要素Oxidoreductase, 2OG-Fe oxygenase family protein, putative, expressed
キーワードOXIDOREDUCTASE / OsALKBH1 Fe(II)- and-ketoglutarate-dependent dioxygenases
機能・相同性
機能・相同性情報


dioxygenase activity / DNA repair / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Alkylated DNA repair protein AlkB / Alpha-ketoglutarate-dependent dioxygenase AlkB-like / 2OG-Fe(II) oxygenase superfamily / Alpha-ketoglutarate-dependent dioxygenase AlkB-like superfamily / Oxoglutarate/iron-dependent dioxygenase / Fe(2+) 2-oxoglutarate dioxygenase domain profile.
類似検索 - ドメイン・相同性
: / SUCCINIC ACID / Oxidoreductase, 2OG-Fe oxygenase family protein, putative, expressed
類似検索 - 構成要素
生物種Oryza sativa subsp. japonica (イネ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Wang, C. / Guo, Y. / Zeng, Z.
引用ジャーナル: Nat Plants / 年: 2018
タイトル: Identification and analysis of adenine N6-methylation sites in the rice genome.
著者: Zhou, C. / Wang, C. / Liu, H. / Zhou, Q. / Liu, Q. / Guo, Y. / Peng, T. / Song, J. / Zhang, J. / Chen, L. / Zhao, Y. / Zeng, Z. / Zhou, D.X.
履歴
登録2017年5月28日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02018年6月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年12月19日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22023年11月22日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Oxidoreductase, 2OG-Fe oxygenase family protein, putative, expressed
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,8793
ポリマ－25,7061
非ポリマー1732
水2,630146
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration, The target protein was further purified by a Hitrap Q column(GEHealthcare) and a Superdex200 10/300 column (GE Healthcare) with buffer 150 mM NaCl, 20 mM Bis-tris(pH 7.0)
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area110 Å2
ΔGint-5 kcal/mol
Surface area10960 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)50.254, 67.633, 67.921
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 99.96, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-608-

HOH

21A-626-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Oxidoreductase, 2OG-Fe oxygenase family protein, putative, expressed


分子量: 25706.387 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 141-371 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Oryza sativa subsp. japonica (イネ)
遺伝子: LOC_Os03g60190, OsJ_13105 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q10BI6
#2: 化合物 ChemComp-SIN / SUCCINIC ACID / コハク酸


分子量: 118.088 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H6O4
#3: 化合物 ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION


分子量: 54.938 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 146 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.21 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.38 %
結晶化温度: 277.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8 / 詳細: MPD(2-methyl-1,3-propanediol) , Tris base

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 17-BM / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX300HE / 検出器: CCD / 日付: 2017年4月7日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→50 Å / Num. obs: 21158 / % possible obs: 96.4 % / 冗長度: 3.3 % / Rmerge(I) obs: 0.09 / Rpim(I) all: 0.059 / Net I/σ(I): 21.6
反射 シェル解像度: 1.8→1.86 Å / 冗長度: 3.4 % / Rmerge(I) obs: 0.388 / Mean I/σ(I) obs: 2.71 / CC1/2: 0.843 / Rpim(I) all: 0.246 / % possible all: 95.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.11_2567: ???)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3KHB

3khb


解像度: 1.8→39.943 Å / SU ML: 0.13 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 20.52
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2049 999 4.74 %
Rwork0.1807 --
obs0.1818 21058 98.69 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.8→39.943 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1762 0 9 146 1917
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0061809
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.892442
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d4.0351095
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.062263
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006321
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.7857-1.87990.25881380.19992707X-RAY DIFFRACTION94
1.8799-1.99760.19791300.17772913X-RAY DIFFRACTION100
1.9976-2.15190.2411330.16672853X-RAY DIFFRACTION100
2.1519-2.36840.20131750.1682881X-RAY DIFFRACTION100
2.3684-2.7110.24361450.18242876X-RAY DIFFRACTION100
2.711-3.41530.18661200.18032910X-RAY DIFFRACTION99
3.4153-39.95290.18861580.18572919X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 33.8552 Å / Origin y: 32.2109 Å / Origin z: 16.9127 Å
111213212223313233
T0.157 Å20.0088 Å2-0.0043 Å2-0.1409 Å2-0.0099 Å2--0.1538 Å2
L0.8516 °20.1092 °20.0706 °2-0.2996 °2-0.075 °2--0.748 °2
S-0.0302 Å °-0.0457 Å °0.0648 Å °0.0001 Å °0.0073 Å °-0.0654 Å °-0.0396 Å °-0.0484 Å °-0 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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