PDB-5xnw: Crystal structure of ExoY, a unique nucleotidyl cyclase toxin fro...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5xnw

タイトル

Crystal structure of ExoY, a unique nucleotidyl cyclase toxin from Pseudomonas aeruginosa

要素

Adenylate cyclase ExoY

キーワード

LYASE / nucleotidyl cyclase / virulence effectors / type three secretion system (T3SS) / secondary messengers

機能・相同性

Anthrax toxin, edema factor, central / Anthrax toxin, edema factor, C-terminal / Anthrax toxin, edema factor, central domain superfamily / Anthrax toxin LF subunit / calcium- and calmodulin-responsive adenylate cyclase activity / extracellular region / Adenylate cyclase ExoY

機能・相同性情報

生物種

Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.201 Å

データ登録者

Khanppnavar, B. / Datta, S.

資金援助

インド, 2件

引用

ジャーナル: Biochim. Biophys. Acta / 年: 2018
タイトル: Crystal structure and substrate specificity of ExoY, a unique T3SS mediated secreted nucleotidyl cyclase toxin from Pseudomonas aeruginosa
著者: Khanppnavar, B. / Datta, S.

履歴

登録	2017年5月24日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2018年5月30日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2018年6月20日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.2	2018年8月1日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.3	2023年11月22日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5xnw.cif.gz	130.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5xnw.ent.gz	100.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5xnw.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5xnw_validation.pdf.gz	453.2 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5xnw_full_validation.pdf.gz	455 KB	表示
XML形式データ	5xnw_validation.xml.gz	13.1 KB	表示
CIF形式データ	5xnw_validation.cif.gz	17.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xn/5xnw ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xn/5xnw	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1k8tS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	1wly-d 5d7n-5 1aoa-d 2jbp-11 4p0t-d 3p38-1 3gls-2 4qbq-d 4x3f-2 7b3v-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#28 - 2002年4月炭疽毒素 (Anthrax Toxin) 類似性 (4) #44 - 2003年8月カルモジュリン (Calmodulin) 類似性 (4)

登録構造単位

A: Adenylate cyclase ExoY

ヘテロ分子

42.1 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	92.621, 92.621, 66.022
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	92
Space group name H-M	P4₁2₁2

#1: タンパク質	Adenylate cyclase ExoY 分子量: 41787.090 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌) / 遺伝子: exoY, PA2191 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9I1S4
#2: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#3: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 125 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.69 Å³/Da / 溶媒含有率: 27.38 % 解説: THE ENTRY CONTAINS FRIEDEL PAIRS IN F_PLUS/MINUS COLUMNS.
結晶化	温度: 295.15 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 7.5 / 詳細: 1.5M Lithium Sulphate, 0.1M HEPES / PH範囲: 7.0-7.8

-
データ収集

回折

平均測定温度: 93 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

RRCAT INDUS-2

/ ビームライン: PX-BL21 / 波長: 0.97885 Å

検出器

タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2016年5月31日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.97885 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.2→50 Å / Num. obs: 26721 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 9.4 % / B_iso Wilson estimate: 29.2 Å² / R_merge(I) obs: 0.101 / R_pim(I) all: 0.035 / R_rim(I) all: 0.107 / Χ²: 1.065 / Net I/σ(I): 8.8

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	CC_1/2	R_pim(I) all	R_rim(I) all	Χ²	% possible all
2.2-2.24	8.7	0.872	0.793	0.31	0.927	0.866	100
2.24-2.28	8.8	0.801	0.884	0.283	0.851	0.874	100
2.28-2.32	9.2	0.61	0.918	0.212	0.647	0.949	100
2.32-2.37	9.2	0.561	0.922	0.194	0.594	0.863	100
2.37-2.42	9.3	0.521	0.934	0.179	0.551	0.949	100
2.42-2.48	9.4	0.487	0.948	0.166	0.515	0.978	100
2.48-2.54	9.4	0.408	0.961	0.139	0.431	1.002	100
2.54-2.61	9.7	0.35	0.968	0.118	0.37	0.979	100
2.61-2.69	9.7	0.305	0.974	0.102	0.322	0.843	100
2.69-2.77	9.7	0.249	0.983	0.084	0.263	0.875	100
2.77-2.87	9.8	0.18	0.987	0.06	0.19	0.801	100
2.87-2.99	9.7	0.166	0.99	0.056	0.175	0.908	100
2.99-3.12	9.7	0.129	0.992	0.043	0.136	0.886	100
3.12-3.29	9.7	0.102	0.994	0.034	0.108	0.812	100
3.29-3.49	9.6	0.086	0.994	0.029	0.091	0.814	100
3.49-3.76	9.6	0.084	0.993	0.029	0.089	0.988	100
3.76-4.14	9.5	0.085	0.99	0.029	0.09	1.212	100
4.14-4.74	9.4	0.069	0.994	0.023	0.073	0.941	100
4.74-5.97	9.3	0.042	0.998	0.014	0.044	0.39	100
5.97-50	8.4	0.04	0.994	0.015	0.043	4.383	99.8

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.11.1_2575: ???)	精密化
HKL-2000	2000	データスケーリング
HKL-2000		データ削減
MR-Rosetta		位相決定
PDB_EXTRACT	3.22	データ抽出
HKL		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1K8T

1k8t

解像度: 2.201→46.496 Å / SU ML: 0.27 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 22.76
詳細: SF FILE CONTAINS FRIEDEL PAIRS UNDER I/F_MINUS AND I/F_PLUS COLUMNS.

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2283	2652	9.92 %
R_work	0.1898	-	-
obs	0.1937	26721	95.98 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.201→46.496 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2112	0	17	125	2254

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.002	2179
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.431	2937
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	17.485	1314
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.039	320
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.003	388

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.2006-2.2406	0.3538	97	0.251	854	X-RAY DIFFRACTION	65
2.2406-2.2837	0.3034	113	0.2421	981	X-RAY DIFFRACTION	76
2.2837-2.3303	0.2969	124	0.2228	1179	X-RAY DIFFRACTION	88
2.3303-2.381	0.2783	143	0.2335	1273	X-RAY DIFFRACTION	96
2.381-2.4364	0.2456	147	0.224	1316	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4364-2.4973	0.239	145	0.2171	1315	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4973-2.5648	0.3295	144	0.2167	1314	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5648-2.6403	0.2422	145	0.2173	1347	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6403-2.7255	0.235	146	0.2095	1303	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7255-2.8229	0.2337	146	0.1896	1310	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8229-2.9359	0.2372	144	0.1912	1315	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9359-3.0695	0.2548	149	0.1964	1322	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0695-3.2313	0.2884	145	0.1889	1312	X-RAY DIFFRACTION	100
3.2313-3.4337	0.1983	145	0.177	1326	X-RAY DIFFRACTION	100
3.4337-3.6987	0.2114	149	0.1612	1318	X-RAY DIFFRACTION	100
3.6987-4.0707	0.1809	141	0.1567	1314	X-RAY DIFFRACTION	100
4.0707-4.6593	0.1625	143	0.1417	1329	X-RAY DIFFRACTION	100
4.6593-5.8684	0.2151	147	0.1841	1322	X-RAY DIFFRACTION	100
5.8684-46.5068	0.2481	139	0.2219	1319	X-RAY DIFFRACTION	99

精密化 TLS

手法: refined / Origin x: 20.0456 Å / Origin y: 65.2879 Å / Origin z: 29.5762 Å

	11	12	13	21	22	23	31	32	33
T	0.2114 Å²	-0.0207 Å²	0.0153 Å²	-	0.2877 Å²	-0.0349 Å²	-	-	0.2013 Å²
L	1.4946 °²	1.2688 °²	-0.0342 °²	-	3.1796 °²	-0.1943 °²	-	-	1.6666 °²
S	-0.0016 Å °	0.094 Å °	-0.0502 Å °	0.2703 Å °	0.16 Å °	-0.3632 Å °	-0.2597 Å °	0.3122 Å °	-0.1214 Å °

精密化 TLSグループ

Selection details: all

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