[English] 日本語
Yorodumi- PDB-5xnw: Crystal structure of ExoY, a unique nucleotidyl cyclase toxin fro... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 5xnw | |||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Title | Crystal structure of ExoY, a unique nucleotidyl cyclase toxin from Pseudomonas aeruginosa | |||||||||
Components | Adenylate cyclase ExoY | |||||||||
Keywords | LYASE / nucleotidyl cyclase / virulence effectors / type three secretion system (T3SS) / secondary messengers | |||||||||
Function / homology | Anthrax toxin, edema factor, central / Anthrax toxin, edema factor, C-terminal / Anthrax toxin, edema factor, central domain superfamily / Anthrax toxin LF subunit / calcium- and calmodulin-responsive adenylate cyclase activity / extracellular region / Adenylate cyclase ExoY Function and homology information | |||||||||
Biological species | Pseudomonas aeruginosa (bacteria) | |||||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.201 Å | |||||||||
Authors | Khanppnavar, B. / Datta, S. | |||||||||
Funding support | India, 2items
| |||||||||
Citation | Journal: Biochim. Biophys. Acta / Year: 2018 Title: Crystal structure and substrate specificity of ExoY, a unique T3SS mediated secreted nucleotidyl cyclase toxin from Pseudomonas aeruginosa Authors: Khanppnavar, B. / Datta, S. | |||||||||
History |
|
-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
---|
-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 5xnw.cif.gz | 130.8 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
---|---|---|---|---|
PDB format | pdb5xnw.ent.gz | 100.1 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 5xnw.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 5xnw_validation.pdf.gz | 453.2 KB | Display | wwPDB validaton report |
---|---|---|---|---|
Full document | 5xnw_full_validation.pdf.gz | 455 KB | Display | |
Data in XML | 5xnw_validation.xml.gz | 13.1 KB | Display | |
Data in CIF | 5xnw_validation.cif.gz | 17.8 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xn/5xnw ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xn/5xnw | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 1k8tS S: Starting model for refinement |
---|---|
Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||
Unit cell |
|
-Components
#1: Protein | Mass: 41787.090 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Pseudomonas aeruginosa (bacteria) / Gene: exoY, PA2191 / Production host: Escherichia coli (E. coli) / References: UniProt: Q9I1S4 | ||||
---|---|---|---|---|---|
#2: Chemical | #3: Chemical | ChemComp-SO4 / | #4: Water | ChemComp-HOH / | |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
---|
-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 1.69 Å3/Da / Density % sol: 27.38 % Description: THE ENTRY CONTAINS FRIEDEL PAIRS IN F_PLUS/MINUS COLUMNS. |
---|---|
Crystal grow | Temperature: 295.15 K / Method: vapor diffusion / pH: 7.5 / Details: 1.5M Lithium Sulphate, 0.1M HEPES / PH range: 7.0-7.8 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 93 K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: RRCAT INDUS-2 / Beamline: PX-BL21 / Wavelength: 0.97885 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: MARMOSAIC 225 mm CCD / Detector: CCD / Date: May 31, 2016 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 0.97885 Å / Relative weight: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 2.2→50 Å / Num. obs: 26721 / % possible obs: 100 % / Redundancy: 9.4 % / Biso Wilson estimate: 29.2 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.101 / Rpim(I) all: 0.035 / Rrim(I) all: 0.107 / Χ2: 1.065 / Net I/σ(I): 8.8 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1
|
-Processing
Software |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 1K8T Resolution: 2.201→46.496 Å / SU ML: 0.27 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / Phase error: 22.76 Details: SF FILE CONTAINS FRIEDEL PAIRS UNDER I/F_MINUS AND I/F_PLUS COLUMNS.
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.201→46.496 Å
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine LS restraints |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS refinement shell |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement TLS params. | Method: refined / Origin x: 20.0456 Å / Origin y: 65.2879 Å / Origin z: 29.5762 Å
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement TLS group | Selection details: all |