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- PDB-5xnc: Crystal structure of the branched-chain polyamine synthase (BpsA)... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5xnc
タイトルCrystal structure of the branched-chain polyamine synthase (BpsA) in complex with N4-aminopropylspermidine and 5-methylthioadenosine
要素N(4)-bis(aminopropyl)spermidine synthase
キーワードTRANSFERASE / Polyamine biosynthesis / spermidine / N4-aminopropylspermidine / Branched polyamines
機能・相同性
機能・相同性情報


N4-bis(aminopropyl)spermidine synthase / rRNA (adenine-N6-)-methyltransferase activity / polyamine biosynthetic process / transferase activity, transferring alkyl or aryl (other than methyl) groups / transferase activity / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
N(4)-bis(aminopropyl)spermidine synthase, C-terminal / N(4)-bis(aminopropyl)spermidine synthase / Branched-chain polyamine synthase A C-terminal domain / Vaccinia Virus protein VP39 / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily/Winged helix DNA-binding domain / Arc Repressor Mutant, subunit A / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferase superfamily / Rossmann fold / Orthogonal Bundle ...N(4)-bis(aminopropyl)spermidine synthase, C-terminal / N(4)-bis(aminopropyl)spermidine synthase / Branched-chain polyamine synthase A C-terminal domain / Vaccinia Virus protein VP39 / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily/Winged helix DNA-binding domain / Arc Repressor Mutant, subunit A / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferase superfamily / Rossmann fold / Orthogonal Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
: / 5'-DEOXY-5'-METHYLTHIOADENOSINE / N,N-bis(3-aminopropyl)butane-1,4-diamine / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / N(4)-bis(aminopropyl)spermidine synthase
類似検索 - 構成要素
生物種Thermococcus kodakarensis (古細菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.84 Å
データ登録者Mizohata, E. / Tse, K.M. / Fujita, J. / Inoue, T.
引用ジャーナル: FEBS J. / 年: 2017
タイトル: Active site geometry of a novel aminopropyltransferase for biosynthesis of hyperthermophile-specific branched-chain polyamine.
著者: Hidese, R. / Tse, K.M. / Kimura, S. / Mizohata, E. / Fujita, J. / Horai, Y. / Umezawa, N. / Higuchi, T. / Niitsu, M. / Oshima, T. / Imanaka, T. / Inoue, T. / Fujiwara, S.
履歴
登録2017年5月22日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02018年8月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年3月27日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: N(4)-bis(aminopropyl)spermidine synthase
B: N(4)-bis(aminopropyl)spermidine synthase
C: N(4)-bis(aminopropyl)spermidine synthase
D: N(4)-bis(aminopropyl)spermidine synthase
E: N(4)-bis(aminopropyl)spermidine synthase
F: N(4)-bis(aminopropyl)spermidine synthase
G: N(4)-bis(aminopropyl)spermidine synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)301,70235
ポリマ－297,1227
非ポリマー4,58028
水19,1141061
1
A: N(4)-bis(aminopropyl)spermidine synthase
B: N(4)-bis(aminopropyl)spermidine synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)86,42212
ポリマ－84,8922
非ポリマー1,53010
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
C: N(4)-bis(aminopropyl)spermidine synthase
D: N(4)-bis(aminopropyl)spermidine synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)86,16310
ポリマ－84,8922
非ポリマー1,2718
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
E: N(4)-bis(aminopropyl)spermidine synthase
F: N(4)-bis(aminopropyl)spermidine synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)86,1159
ポリマ－84,8922
非ポリマー1,2237
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
G: N(4)-bis(aminopropyl)spermidine synthase
ヘテロ分子

G: N(4)-bis(aminopropyl)spermidine synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)86,0038
ポリマ－84,8922
非ポリマー1,1116
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_656-x+1,y,-z+11
単位格子
Length a, b, c (Å)137.533, 50.978, 402.428
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 93.69, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11G-403-

FE

非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
31C
41D
51E
61F
71G

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: GLU / Beg label comp-ID: GLU / End auth comp-ID: GLN / End label comp-ID: GLN / Refine code: 5 / Auth seq-ID: 10 - 340 / Label seq-ID: 30 - 360

Dom-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
1AA
2BB
3CC
4DD
5EE
6FF
7GG

NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(1), (1), (1)
2given(-0.351342, 0.935615, 0.0344), (0.93524, 0.349023, 0.059245), (0.043424, 0.052987, -0.997651)27.59015, -21.62372, 58.63358
3given(-0.068101, -0.429044, 0.900713), (-0.408378, -0.811723, -0.417532), (0.910269, -0.396266, -0.119932)-48.3593, 66.47154, -2.10757
4given(-0.339123, -0.613862, -0.71286), (-0.177507, -0.702398, 0.689296), (-0.923844, 0.360294, 0.129234)107.43772, -42.56391, 62.14824
5given(0.827398, 0.475036, -0.299588), (-0.554392, 0.776126, -0.300463), (0.089788, 0.414692, 0.905521)48.21684, 25.35276, -114.92907
6given(-0.811732, 0.566295, -0.142831), (0.577121, 0.740267, -0.34487), (-0.089565, -0.362373, -0.92772)30.39639, 27.52511, 176.39474
7given(0.148706, -0.571199, 0.807229), (-0.1208, -0.820684, -0.558467), (0.981475, -0.014466, -0.191041)-127.96062, 149.4792, 14.003

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 7分子 ABCDEFG

#1: タンパク質
N(4)-bis(aminopropyl)spermidine synthase / Branched-chain polyamine synthase A


分子量: 42445.941 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Thermococcus kodakarensis (strain ATCC BAA-918 / JCM 12380 / KOD1) (古細菌)
株: ATCC BAA-918 / JCM 12380 / KOD1 / 遺伝子: bpsA, TK1691 / プラスミド: pET28a
詳細 (発現宿主): N-terminal HisTag/thrombin digestion site
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL-21CodonPlus(DE3)RIL
参照: UniProt: Q5JIZ3, N4-bis(aminopropyl)spermidine synthase

-
非ポリマー , 7種, 1089分子

#2: 化合物
ChemComp-MTA / 5'-DEOXY-5'-METHYLTHIOADENOSINE / メチルチオアデノシン


分子量: 297.334 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: C11H15N5O3S
#3: 化合物
ChemComp-N4P / N,N-bis(3-aminopropyl)butane-1,4-diamine / N4-aminopropylspermidine / ビス(3-アミノプロピル)(4-アミノブチル)アミン


分子量: 202.340 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H26N4
#4: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 化合物
ChemComp-FE / FE (III) ION


分子量: 55.845 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe
#6: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#7: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#8: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1061 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.37 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.08 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.6
詳細: 100 mM sodium citrate tribasic dihydrate (pH 5.6), 2.5 M (w/v) 1,6-hexanediol
Temp details: 4 degree C

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Ambient temp details: cryogenic temperature
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL44XU / 波長: 0.9 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX300HE / 検出器: CCD / 日付: 2014年6月30日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.84→50 Å / Num. obs: 241983 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 5.2 % / Rsym value: 0.061 / Net I/σ(I): 27.7
反射 シェル解像度: 1.84→1.91 Å / 冗長度: 5.2 % / Mean I/σ(I) obs: 2.8 / % possible all: 99.9

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0131精密化
HKL-2000v706cデータ削減
HKL-2000v706cデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.84→43.53 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.975 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.959 / SU B: 7.167 / SU ML: 0.102 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.117 / ESU R Free: 0.118 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.207 12128 5 %RANDOM
Rwork0.161 ---
obs0.164 229853 99.8 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso mean: 45.03 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.36 Å20 Å20.04 Å2
2--0.27 Å20 Å2
3----0.63 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.84→43.53 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数19991 0 298 1061 21350
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0260.01920747
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.0219779
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.2831.97928113
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.2673.00145503
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.73352475
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.86323.851013
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.48153571
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.61715168
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.170.23146
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0130.02123036
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.024675
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.9452.4459891
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.9442.4459890
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.7123.65412354
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other2.7123.65412355
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.0292.81810855
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other3.0282.81810855
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other4.7184.09115755
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined6.59423.71792155
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other6.5723.57691455
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Dom-IDAuth asym-ID数タイプRms dev position (Å)Weight position
1A1944medium positional0.150.5
2B1944medium positional0.170.5
3C1944medium positional0.150.5
4D1944medium positional0.140.5
5E1944medium positional0.150.5
6F1944medium positional0.210.5
7G1944medium positional0.230.5
1A3281loose positional0.635
2B3281loose positional0.655
3C3281loose positional0.635
4D3281loose positional0.585
5E3281loose positional0.75
6F3281loose positional0.785
7G3281loose positional0.725
1A1944medium thermal9.442
2B1944medium thermal9.042
3C1944medium thermal6.132
4D1944medium thermal5.492
5E1944medium thermal6.792
6F1944medium thermal7.632
7G1944medium thermal15.932
1A3281loose thermal9.6610
2B3281loose thermal9.0610
3C3281loose thermal7.1210
4D3281loose thermal6.3110
5E3281loose thermal7.1510
6F3281loose thermal8.3310
7G3281loose thermal15.7810
LS精密化 シェル解像度: 1.84→1.89 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.324 861 -
Rwork0.297 16804 -
obs--99.08 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.3487-0.2642-0.31750.41420.42461.1596-0.00650.02120.0365-0.14520.0122-0.0749-0.0738-0.1502-0.00570.1736-0.0010.01940.0552-0.00480.210619.44531.951315.5801
20.6644-0.4686-0.41290.62540.42931.0496-0.1137-0.12070.010.1080.1236-0.03530.1540.0546-0.00990.12060.0657-0.0210.0685-0.02770.213623.0242-1.631744.083
30.2901-0.0596-0.07410.28680.26481.7648-0.0231-0.10920.0517-0.0736-0.02630.0482-0.2132-0.27630.04940.09940.1461-0.05260.2523-0.08440.209137.81116.236985.8334
40.328-0.073-0.25010.27830.34321.8789-0.0044-0.08940.0025-0.0372-0.0013-0.0604-0.01650.22090.00570.06620.1104-0.03590.2276-0.04760.198864.98325.923687.3751
50.49730.0525-0.35330.57970.12711.8785-0.00390.0707-0.06480.07710.04710.03440.1947-0.1372-0.04330.08430.0941-0.00520.2022-0.01780.11280.820922.3232133.8257
60.6942-0.0255-0.38230.45120.31351.83730.0384-0.02050.0040.35230.0894-0.0183-0.11470.1978-0.12780.39820.1194-0.00270.178-0.03960.07728.542733.1556159.5901
70.6989-0.1154-0.74160.44680.10251.4759-0.02220.2145-0.0873-0.0123-0.09510.12380.3334-0.41540.11720.3202-0.1159-0.0150.1713-0.04640.070841.279436.8151201.0393
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A-1 - 351
2X-RAY DIFFRACTION2B-2 - 351
3X-RAY DIFFRACTION3C-1 - 351
4X-RAY DIFFRACTION4D-1 - 351
5X-RAY DIFFRACTION5E-1 - 351
6X-RAY DIFFRACTION6F-1 - 351
7X-RAY DIFFRACTION7G-1 - 351

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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