ソフトウェア | 名称 | バージョン | 分類 |
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PHENIX | 1.9_1692精密化 | HKL-2000 | | データ収集 | PDB_EXTRACT | 3.22 | データ抽出 | HKL-2000 | | データ削減 | HKL-2000 | | データスケーリング | PHASER | | 位相決定 | HKL | | データ削減 | |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 5E8H 解像度: 2.002→38.056 Å / SU ML: 0.19 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 22.91 / 立体化学のターゲット値: ML
| Rfactor | 反射数 | %反射 |
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Rfree | 0.2135 | 1960 | 5.02 % |
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Rwork | 0.187 | 37091 | - |
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obs | 0.1884 | 39051 | 99.17 % |
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL |
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原子変位パラメータ | Biso max: 83.89 Å2 / Biso mean: 33.0425 Å2 / Biso min: 16.84 Å2 |
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精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 2.002→38.056 Å
| タンパク質 | 核酸 | リガンド | 溶媒 | 全体 |
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原子数 | 4322 | 0 | 0 | 226 | 4548 |
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Biso mean | - | - | - | 43.54 | - |
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残基数 | - | - | - | - | 569 |
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拘束条件 | Refine-ID | タイプ | Dev ideal | 数 |
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X-RAY DIFFRACTION | f_bond_d0.011 | 4390 | X-RAY DIFFRACTION | f_angle_d1.374 | 5955 | X-RAY DIFFRACTION | f_chiral_restr0.066 | 685 | X-RAY DIFFRACTION | f_plane_restr0.007 | 780 | X-RAY DIFFRACTION | f_dihedral_angle_d13.787 | 1605 | | | | | |
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 14 解像度 (Å) | Rfactor Rfree | Num. reflection Rfree | Rfactor Rwork | Num. reflection Rwork | Num. reflection all | % reflection obs (%) |
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2.0022-2.0523 | 0.3149 | 129 | 0.2502 | 2423 | 2552 | 92 | 2.0523-2.1078 | 0.2927 | 153 | 0.2289 | 2659 | 2812 | 100 | 2.1078-2.1698 | 0.256 | 130 | 0.2128 | 2653 | 2783 | 100 | 2.1698-2.2398 | 0.2119 | 109 | 0.2056 | 2704 | 2813 | 100 | 2.2398-2.3199 | 0.2575 | 167 | 0.1952 | 2627 | 2794 | 100 | 2.3199-2.4127 | 0.2579 | 120 | 0.194 | 2645 | 2765 | 100 | 2.4127-2.5225 | 0.2021 | 135 | 0.1938 | 2685 | 2820 | 100 | 2.5225-2.6555 | 0.2148 | 151 | 0.1965 | 2667 | 2818 | 100 | 2.6555-2.8218 | 0.2244 | 140 | 0.187 | 2655 | 2795 | 100 | 2.8218-3.0396 | 0.2057 | 142 | 0.1906 | 2655 | 2797 | 100 | 3.0396-3.3453 | 0.1934 | 129 | 0.1786 | 2693 | 2822 | 100 | 3.3453-3.829 | 0.1783 | 152 | 0.1758 | 2660 | 2812 | 100 | 3.829-4.8226 | 0.1947 | 159 | 0.1594 | 2677 | 2836 | 100 | 4.8226-38.0629 | 0.2168 | 144 | 0.1907 | 2688 | 2832 | 98 |
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精密化 TLS | 手法: refined / Origin x: 14.9781 Å / Origin y: 12.9069 Å / Origin z: 19.2809 Å
| 11 | 12 | 13 | 21 | 22 | 23 | 31 | 32 | 33 |
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T | 0.1246 Å2 | 0.0008 Å2 | 0.002 Å2 | - | 0.1932 Å2 | -0.0044 Å2 | - | - | 0.1573 Å2 |
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L | 0.3052 °2 | 0.2077 °2 | -0.0582 °2 | - | 2.0448 °2 | -0.6824 °2 | - | - | 0.5454 °2 |
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S | -0.0003 Å ° | 0.0385 Å ° | -0.0157 Å ° | -0.0731 Å ° | -0.0226 Å ° | -0.1419 Å ° | 0.0388 Å ° | -0.0026 Å ° | 0.0196 Å ° |
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精密化 TLSグループ | ID | Refine-ID | Refine TLS-ID | Selection details | Auth asym-ID | Auth seq-ID |
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1 | X-RAY DIFFRACTION | 1 | allA2 - 305 | 2 | X-RAY DIFFRACTION | 1 | allB3 - 305 | 3 | X-RAY DIFFRACTION | 1 | allS1 - 266 | | | | | | |
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