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- PDB-5xm8: Crystal structure of AsfvPolX in complex with DNA enzyme and Pb. -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5xm8
タイトルCrystal structure of AsfvPolX in complex with DNA enzyme and Pb.
要素
  • DNA (23-mer)
  • DNA (36-MER)
  • Repair DNA polymerase X
キーワードTRANSFERASE/DNA / PolX / DNA enzyme / Pb / TRANSFERASE-DNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


virion component / double-strand break repair via nonhomologous end joining / DNA-directed DNA polymerase / DNA-directed DNA polymerase activity / DNA binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Polymerase, nucleotidyl transferase domain / Nucleotidyltransferase domain / Beta Polymerase; domain 3 / DNA polymerase, thumb domain / DNA polymerase family X, binding site / DNA polymerase family X signature. / DNA polymerase family X / DNA polymerase beta, thumb domain / DNA polymerase, thumb domain superfamily / DNA polymerase beta thumb ...Polymerase, nucleotidyl transferase domain / Nucleotidyltransferase domain / Beta Polymerase; domain 3 / DNA polymerase, thumb domain / DNA polymerase family X, binding site / DNA polymerase family X signature. / DNA polymerase family X / DNA polymerase beta, thumb domain / DNA polymerase, thumb domain superfamily / DNA polymerase beta thumb / Beta Polymerase, domain 2 / Beta Polymerase; domain 2 / Nucleotidyltransferase superfamily / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
LEAD (II) ION / PHOSPHATE ION / DNA / DNA (> 10) / Repair DNA polymerase X
類似検索 - 構成要素
生物種African swine fever virus (アフリカ豚コレラウイルス)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.55 Å
データ登録者Liu, H.H. / Gan, J.H.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
Key Research and Development Project of China2016YFA0500600 中国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2017
タイトル: Crystal structure of an RNA-cleaving DNAzyme.
著者: Liu, H. / Yu, X. / Chen, Y. / Zhang, J. / Wu, B. / Zheng, L. / Haruehanroengra, P. / Wang, R. / Li, S. / Lin, J. / Li, J. / Sheng, J. / Huang, Z. / Ma, J. / Gan, J.
履歴
登録2017年5月13日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02018年1月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月22日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Repair DNA polymerase X
B: Repair DNA polymerase X
E: DNA (36-MER)
F: DNA (23-mer)
C: Repair DNA polymerase X
D: Repair DNA polymerase X
G: DNA (36-MER)
H: DNA (23-mer)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)119,16513
ポリマ－118,5788
非ポリマー5875
水36020
1
A: Repair DNA polymerase X
B: Repair DNA polymerase X
E: DNA (36-MER)
F: DNA (23-mer)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)59,7818
ポリマ－59,2894
非ポリマー4924
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
C: Repair DNA polymerase X
D: Repair DNA polymerase X
G: DNA (36-MER)
H: DNA (23-mer)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)59,3845
ポリマ－59,2894
非ポリマー951
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)98.727, 118.848, 235.979
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221

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要素

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タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質
Repair DNA polymerase X / Pol X


分子量: 20552.668 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) African swine fever virus (strain Badajoz 1971 Vero-adapted) (ウイルス)
株: Badajoz 1971 Vero-adapted / 遺伝子: Ba71V-97, O174L / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P42494, DNA-directed DNA polymerase

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DNA鎖 , 2種, 4分子 EGFH

#2: DNA鎖 DNA (36-MER)


分子量: 10989.054 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#3: DNA鎖 DNA (23-mer)


分子量: 7194.659 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)

-
非ポリマー , 3種, 25分子

#4: 化合物
ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#5: 化合物 ChemComp-PB / LEAD (II) ION


分子量: 207.200 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Pb
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 20 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.92 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.86 % / 解説: rod
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 0.2 M di-ammonium hydrogen phosphate, 20% PEG 3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL19U1 / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年5月4日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.55→30 Å / Num. obs: 45470 / % possible obs: 98.6 % / 冗長度: 7.6 % / Rmerge(I) obs: 0.06 / Net I/σ(I): 26.8
反射 シェル解像度: 2.55→2.64 Å / 冗長度: 3.6 % / Rmerge(I) obs: 0.43 / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / Num. unique obs: 4339 / % possible all: 95.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.8.2_1309精密化
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5HRB

5hrb


解像度: 2.55→29.712 Å / SU ML: 0.66 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.5 / 位相誤差: 38.8
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2827 2284 5.08 %
Rwork0.2353 --
obs0.238 44952 98.59 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.55→29.712 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5768 2414 21 20 8223
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0038618
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.91612113
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d21.6113485
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.041384
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0031075
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.55-2.60550.44441360.41792566X-RAY DIFFRACTION96
2.6055-2.6660.42951360.40352626X-RAY DIFFRACTION97
2.666-2.73270.41691280.39472580X-RAY DIFFRACTION97
2.7327-2.80650.37981490.38312582X-RAY DIFFRACTION98
2.8065-2.8890.40011300.35832662X-RAY DIFFRACTION98
2.889-2.98220.39981590.35092635X-RAY DIFFRACTION99
2.9822-3.08860.37231290.31472645X-RAY DIFFRACTION98
3.0886-3.21220.27531210.26452657X-RAY DIFFRACTION99
3.2122-3.35820.30251350.2332671X-RAY DIFFRACTION99
3.3582-3.5350.29381410.2312666X-RAY DIFFRACTION99
3.535-3.7560.32181410.22962675X-RAY DIFFRACTION100
3.756-4.04540.28381480.21942697X-RAY DIFFRACTION100
4.0454-4.45130.25831580.1832695X-RAY DIFFRACTION100
4.4513-5.09260.22541790.18832697X-RAY DIFFRACTION100
5.0926-6.40550.23361450.19462763X-RAY DIFFRACTION100
6.4055-29.7140.231490.16452851X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 20.2968 Å / Origin y: 29.8983 Å / Origin z: -42.0638 Å
111213212223313233
T0.8062 Å2-0.1252 Å20.0438 Å2-0.7663 Å2-0.03 Å2--0.5006 Å2
L-0.0726 °2-0.3143 °2-0.3389 °2-0.32 °2-0.1118 °2--0.348 °2
S0.098 Å °0.1269 Å °0.0071 Å °-0.4375 Å °-0.1445 Å °-0.1073 Å °0.1318 Å °-0.1839 Å °0.0437 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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