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- PDB-3kn6: Crystal structure of the C-terminal kinase domain of MSK1 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3kn6
タイトルCrystal structure of the C-terminal kinase domain of MSK1
要素Ribosomal protein S6 kinase alpha-5
キーワードTRANSFERASE / KINASE / AMP-PNP / MSK1 / MSK / ATP-BINDING / METAL-BINDING / NUCLEOTIDE-BINDING / SERINE/THREONINE-PROTEIN KINASE
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of CREB transcription factor activity / CREB phosphorylation / TORC1 signaling / regulation of postsynapse organization / interleukin-1-mediated signaling pathway / negative regulation of cytokine production / ERK/MAPK targets / Recycling pathway of L1 / NCAM signaling for neurite out-growth / CD209 (DC-SIGN) signaling ...positive regulation of CREB transcription factor activity / CREB phosphorylation / TORC1 signaling / regulation of postsynapse organization / interleukin-1-mediated signaling pathway / negative regulation of cytokine production / ERK/MAPK targets / Recycling pathway of L1 / NCAM signaling for neurite out-growth / CD209 (DC-SIGN) signaling / post-translational protein modification / axon guidance / positive regulation of NF-kappaB transcription factor activity / protein tyrosine kinase activity / eukaryotic translation initiation factor 2alpha kinase activity / 3-phosphoinositide-dependent protein kinase activity / DNA-dependent protein kinase activity / ribosomal protein S6 kinase activity / histone H3S10 kinase activity / histone H2AXS139 kinase activity / histone H3S28 kinase activity / histone H4S1 kinase activity / histone H2BS14 kinase activity / histone H3T3 kinase activity / histone H2AS121 kinase activity / Rho-dependent protein serine/threonine kinase activity / histone H2BS36 kinase activity / histone H3S57 kinase activity / histone H2AT120 kinase activity / AMP-activated protein kinase activity / histone H2AS1 kinase activity / histone H3T6 kinase activity / histone H3T11 kinase activity / histone H3T45 kinase activity / non-specific serine/threonine protein kinase / intracellular signal transduction / protein phosphorylation / inflammatory response / protein serine kinase activity / protein serine/threonine kinase activity / negative regulation of DNA-templated transcription / regulation of DNA-templated transcription / magnesium ion binding / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / nucleoplasm / ATP binding / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Ribosomal protein S6 kinase II / Protein kinase, C-terminal / Protein kinase C terminal domain / Extension to Ser/Thr-type protein kinases / AGC-kinase, C-terminal / AGC-kinase C-terminal domain profile. / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 ...Ribosomal protein S6 kinase II / Protein kinase, C-terminal / Protein kinase C terminal domain / Extension to Ser/Thr-type protein kinases / AGC-kinase, C-terminal / AGC-kinase C-terminal domain profile. / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Ribosomal protein S6 kinase alpha-5
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者D'Angelo, I. / Malakhova, M. / Dong, Z.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2010
タイトル: The crystal structure of the active form of the C-terminal kinase domain of mitogen- and stress-activated protein kinase 1.
著者: Malakhova, M. / D'Angelo, I. / Kim, H.G. / Kurinov, I. / Bode, A.M. / Dong, Z.
履歴
登録2009年11月12日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年4月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22023年9月6日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.32024年10月30日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Ribosomal protein S6 kinase alpha-5
B: Ribosomal protein S6 kinase alpha-5


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)74,0112
ポリマ－74,0112
非ポリマー00
水3,765209
1
A: Ribosomal protein S6 kinase alpha-5


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,0061
ポリマ－37,0061
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Ribosomal protein S6 kinase alpha-5


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,0061
ポリマ－37,0061
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)51.386, 91.739, 134.945
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Ribosomal protein S6 kinase alpha-5 / Nuclear mitogen- and stress-activated protein kinase 1 / 90 kDa ribosomal protein S6 kinase 5 / RSK- ...Nuclear mitogen- and stress-activated protein kinase 1 / 90 kDa ribosomal protein S6 kinase 5 / RSK-like protein kinase / RSKL


分子量: 37005.500 Da / 分子数: 2 / 断片: residues 414-738 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MSK1, RPS6KA5 / プラスミド: PET28 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21-CODON PLUS (DE3)-RILP
参照: UniProt: O75582, non-specific serine/threonine protein kinase
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 209 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.15 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.76 %
結晶化pH: 7.5 / 詳細: PH 7.5, VAPOR DIFFUSION

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2008年3月20日 / 詳細: MIRRORS
放射モノクロメーター: SI(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→45.87 Å / Num. obs: 43534 / % possible obs: 93 % / Observed criterion σ(I): 1 / Rmerge(I) obs: 0.091 / Rsym value: 0.091 / Net I/σ(I): 31.4
反射 シェル解像度: 2→2.15 Å / Rmerge(I) obs: 0.441 / Mean I/σ(I) obs: 3.1 / Rsym value: 0.441 / % possible all: 75

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHASER位相決定
PHENIX(PHENIX.REFINE)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2QR8

2qr8


解像度: 2→45.87 Å / SU ML: 0.32 / σ(F): 1.89 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.263 2183 5.02 %
Rwork0.216 --
obs0.219 43443 52.4 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 53.67 Å2 / ksol: 0.38 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 33.23 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--6.4988 Å20 Å20 Å2
2--9.2391 Å20 Å2
3----2.7403 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→45.87 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4535 0 0 209 4744
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0054629
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.986212
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d18.5441722
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.071681
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.003786
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2-2.04610.32451110.25052344X-RAY DIFFRACTION47
2.0461-2.09370.31021290.22872519X-RAY DIFFRACTION51
2.0937-2.14610.28481270.22692592X-RAY DIFFRACTION52
2.1461-2.20410.25371430.21572521X-RAY DIFFRACTION52
2.2041-2.26890.30771230.2332550X-RAY DIFFRACTION52
2.2689-2.34220.28721500.22142557X-RAY DIFFRACTION52
2.3422-2.42590.26521200.21052570X-RAY DIFFRACTION52
2.4259-2.5230.26961330.2112579X-RAY DIFFRACTION52
2.523-2.63780.25411530.22112559X-RAY DIFFRACTION52
2.6378-2.77690.26241390.22852597X-RAY DIFFRACTION53
2.7769-2.95080.31821450.22972575X-RAY DIFFRACTION53
2.9508-3.17860.2511280.22622610X-RAY DIFFRACTION53
3.1786-3.49840.25331430.21052616X-RAY DIFFRACTION53
3.4984-4.00440.23011510.20222623X-RAY DIFFRACTION53
4.0044-5.0440.24261290.18022673X-RAY DIFFRACTION54
5.044-45.88150.261590.22512775X-RAY DIFFRACTION57

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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