PDB-5xm2: Human N-terminal domain of FACT complex subunit SPT16

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5xm2

タイトル

Human N-terminal domain of FACT complex subunit SPT16

要素

FACT complex subunit SPT16

キーワード

TRANSCRIPTION / FACT subunit / Spt16N / Histone chaperone / DNA damage repair

機能・相同性

機能・相同性情報

FACT complex / positive regulation of DNA-templated transcription, elongation / nucleosome disassembly / Pausing and recovery of Tat-mediated HIV elongation / Tat-mediated HIV elongation arrest and recovery / HIV elongation arrest and recovery / Pausing and recovery of HIV elongation / Tat-mediated elongation of the HIV-1 transcript / Formation of HIV-1 elongation complex containing HIV-1 Tat / Formation of HIV elongation complex in the absence of HIV Tat ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 2.187 Å

データ登録者

Xu, S. / Li, H. / Dou, Y. / Chen, Y. / Jiang, H. / Lu, D. / Wang, M. / Su, D.

資金援助

中国, 5件

組織	認可番号	国
National Science Foundation of China	31370735	中国
National Science Foundation of China	3167040397	中国
Key Technology Research and Development Program of Sichuan Province	2014KJT021-2014SZ	中国
Key Technology Research and Development Program of Sichuan Province	2015JQO029	中国
National Key Research and Development Program of China	2017YFA0505900	中国

引用

ジャーナル: Biochem.Biophys.Res.Commun. / 年: 2019
タイトル: The structural basis of human Spt16 N-terminal domain interaction with histone (H3-H4)2tetramer.
著者: Jiang, H. / Xu, S. / Chen, Y. / Li, H. / Tian, L. / Zhou, H. / Zhao, Z. / Yang, C. / Zhong, Z. / Cai, G. / Su, D.

履歴

登録	2017年5月12日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2018年5月16日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2019年11月27日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.2	2024年3月27日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5xm2.cif.gz	356.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5xm2.ent.gz	294.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5xm2.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5xm2_validation.pdf.gz	450.4 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5xm2_full_validation.pdf.gz	454.1 KB	表示
XML形式データ	5xm2_validation.xml.gz	32.6 KB	表示
CIF形式データ	5xm2_validation.cif.gz	46.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xm/5xm2 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xm/5xm2	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	5umt-d 6a9u-d 2hxy-4 2cjw-d 1aw1-4 3okr-2 6j92-d 6a9v-d 1r2s-2 3njq-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#240 - 2019年12月低酸素誘導因子 (Hypoxia-Inducible Factors) 類似性 (11) #67 - 2005年7月 TATA結合タンパク質 (TATA-Binding Protein) 類似性 (1) #31 - 2002年7月 p53腫瘍抑制因子 (p53 Tumor Suppressor) 類似性 (1) #122 - 2010年2月エンハンセオソーム (Enhanceosome) 類似性 (1) #213 - 2017年9月サーチュイン (Sirtuins) 類似性 (1) #221 - 2018年5月ヒトパピローマウイルスとワクチン (Human Papillomavirus and Vaccines) 類似性 (1) #234 - 2019年6月 MDM2とがん (MDM2 and Cancer) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#240 - 2019年12月
低酸素誘導因子 (Hypoxia-Inducible Factors)
類似性 (11)
#67 - 2005年7月
TATA結合タンパク質 (TATA-Binding Protein)
類似性 (1)
#31 - 2002年7月
p53腫瘍抑制因子 (p53 Tumor Suppressor)
類似性 (1)
#122 - 2010年2月
エンハンセオソーム (Enhanceosome)
類似性 (1)
#213 - 2017年9月
サーチュイン (Sirtuins)
類似性 (1)
#221 - 2018年5月
ヒトパピローマウイルスとワクチン (Human Papillomavirus and Vaccines)
類似性 (1)
#234 - 2019年6月
MDM2とがん (MDM2 and Cancer)
類似性 (1)

登録構造単位

A: FACT complex subunit SPT16

B: FACT complex subunit SPT16

ヘテロ分子

99.2 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: FACT complex subunit SPT16

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration
49.6 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: FACT complex subunit SPT16

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
49.7 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	247.983, 247.983, 247.983
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	196
Space group name H-M	F23

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-731- HOH

#1: タンパク質	FACT complex subunit SPT16 / Chromatin-specific transcription elongation factor 140 kDa subunit / FACT 140 kDa subunit / ...Chromatin-specific transcription elongation factor 140 kDa subunit / FACT 140 kDa subunit / FACTp140 / Facilitates chromatin transcription complex subunit SPT16 / hSPT16 分子量: 49467.895 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 1-437 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SUPT16H, FACT140, FACTP140 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9Y5B9
#2: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#3: 化合物	ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル分子量: 106.120 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₁₀O₃
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 263 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.22 Å³/Da / 溶媒含有率: 61.83 %
結晶化	温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: Buffer composition of protein solution:20mM Hepes pH7.0, 200mM NaCl,1mM DTT,1Mm EDTA,5%Glycerol; Composition of reservoir protein: 0.1 M Sodium citrate tribasic dihydrate pH 5.0, 23% v/v ...詳細: Buffer composition of protein solution:20mM Hepes pH7.0, 200mM NaCl,1mM DTT,1Mm EDTA,5%Glycerol; Composition of reservoir protein: 0.1 M Sodium citrate tribasic dihydrate pH 5.0, 23% v/v Jeffamine ED-2001 pH 7.0; Protein concentration 19.7 (mg /ml);

結晶

マシュー密度: 3.22 Å³/Da / 溶媒含有率: 61.83 %

結晶化

温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: Buffer composition of protein solution:20mM Hepes pH7.0, 200mM NaCl,1mM DTT,1Mm EDTA,5%Glycerol; Composition of reservoir protein: 0.1 M Sodium citrate tribasic dihydrate pH 5.0, 23% v/v ...

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL19U1 / 波長: 0.9785 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年11月13日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9785 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.187→50 Å / Num. obs: 64924 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 20.5 % / R_merge(I) obs: 0.15 / R_pim(I) all: 0.035 / Χ²: 0.686 / Net I/σ(I): 22.6
反射シェル	解像度: 2.19→2.23 Å / 冗長度: 20.6 % / R_merge(I) obs: 0.86 / Mean I/σ(I) obs: 2.8 / Num. unique obs: 4271 / R_pim(I) all: 0.194 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.8.4_1496	精密化
HKL-2000		data processing
HKL-2000		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 2.187→41.33 Å / SU ML: 0.25 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 21.98 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2165	3184	4.91 %	0.05
R_work	0.1664	-	-	-
obs	0.1687	64859	99.91 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.187→41.33 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6794	0	20	263	7077

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.008	7104
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.028	9568
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	14.426	2699
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.045	1066
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	1229

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.1874-2.2201	0.323	125	0.2157	2742	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2201-2.2548	0.281	157	0.2073	2652	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2548-2.2917	0.2654	134	0.1945	2605	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2917-2.3313	0.2811	172	0.1963	2643	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3313-2.3736	0.2458	128	0.1905	2719	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3736-2.4193	0.2505	144	0.1936	2622	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4193-2.4687	0.2897	135	0.1821	2730	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4687-2.5223	0.2586	155	0.1828	2601	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5223-2.581	0.2355	128	0.1876	2703	X-RAY DIFFRACTION	100
2.581-2.6455	0.2427	139	0.1852	2654	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6455-2.7171	0.2198	141	0.1878	2661	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7171-2.797	0.2292	144	0.1922	2646	X-RAY DIFFRACTION	100
2.797-2.8873	0.2513	116	0.1827	2726	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8873-2.9904	0.1757	121	0.1805	2672	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9904-3.1101	0.2893	135	0.198	2684	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1101-3.2516	0.2514	150	0.1906	2670	X-RAY DIFFRACTION	100
3.2516-3.423	0.2154	141	0.1853	2688	X-RAY DIFFRACTION	100
3.423-3.6373	0.2222	131	0.168	2688	X-RAY DIFFRACTION	100
3.6373-3.9179	0.208	135	0.154	2691	X-RAY DIFFRACTION	100
3.9179-4.3118	0.2014	128	0.1334	2705	X-RAY DIFFRACTION	100
4.3118-4.9349	0.1432	113	0.1195	2737	X-RAY DIFFRACTION	100
4.9349-6.214	0.2013	150	0.1463	2710	X-RAY DIFFRACTION	100
6.214-41.3379	0.1658	162	0.1529	2726	X-RAY DIFFRACTION	98

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.8405	0.4058	-0.0335	0.6882	0.0755	1.8539	-0.0211	0.027	0.0446	0.0202	-0.0301	0.0447	0.0047	-0.0321	0.0426	0.2353	0.0013	-0.0098	0.1673	0.0051	0.2265	3.6204	-46.489	-18.0464
2	1.5207	0.4519	0.2306	1.2537	0.0614	1.4457	0.0683	-0.1057	-0.1071	0.1134	-0.0582	-0.194	0.001	0.1475	-0.005	0.2161	-0.0375	-0.0265	0.1885	0.0203	0.2604	33.8792	-45.6059	-0.3856
3	1.6787	0.0137	-0.1639	0.816	0.2994	1.7571	0.0426	-0.0291	0.0069	0.0646	-0.0345	0.0373	0.0512	0.046	-0.0086	0.2311	0.0014	-0.0095	0.1865	0.0022	0.2522	17.8784	-77.4512	-3.446
4	1.5402	0.0149	0.2299	1.3044	0.3829	1.584	-0.0303	0.1496	0.0003	-0.1818	-0.054	0.096	-0.1114	-0.1268	0.0758	0.2675	0.0246	-0.0236	0.182	-0.0385	0.2232	0.1211	-78.2452	-33.8218

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	(chain B and resseq 1:171)
2	X-RAY DIFFRACTION	2	(chain B and resseq 172:432)
3	X-RAY DIFFRACTION	3	(chain A and resseq 1:171)
4	X-RAY DIFFRACTION	4	(chain A and resseq 172:432)

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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