PDB-5xl2: The structure of hemagglutininfrom a swine-origin H4N6 influenza virus

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5xl2

タイトル

The structure of hemagglutininfrom a swine-origin H4N6 influenza virus

要素

Hemagglutinin

キーワード

VIRAL PROTEIN / H4 hemagglutinin / influenza virus / receptor binding

機能・相同性

機能・相同性情報

viral budding from plasma membrane / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / host cell surface receptor binding / apical plasma membrane / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / host cell plasma membrane / virion membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.3 Å

データ登録者

Song, H. / Qi, J. / Gao, G.F.

引用

ジャーナル: Cell Rep / 年: 2017
タイトル: Avian-to-Human Receptor-Binding Adaptation by Influenza A Virus Hemagglutinin H4
著者: Song, H. / Qi, J. / Xiao, H. / Bi, Y. / Zhang, W. / Xu, Y. / Wang, F. / Shi, Y. / Gao, G.F.

履歴

登録	2017年5月10日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2017年8月2日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2017年8月16日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.2	2017年8月23日	Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_detector / Item: _diffrn_detector.detector
改定 1.3	2018年2月7日	Group: Structure summary / カテゴリ: audit_author / Item: _audit_author.name
改定 1.4	2020年7月29日	Group: Data collection / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / struct_conn / struct_site / struct_site_gen Item: _chem_comp.name / _chem_comp.type ..._chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _struct_conn.pdbx_role 解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.5	2023年11月22日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.6	2024年11月20日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5xl2.cif.gz	604.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5xl2.ent.gz	498.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5xl2.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5xl2_validation.pdf.gz	478.5 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5xl2_full_validation.pdf.gz	499.9 KB	表示
XML形式データ	5xl2_validation.xml.gz	60.3 KB	表示
CIF形式データ	5xl2_validation.cif.gz	85.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xl/5xl2 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xl/5xl2	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5xl1C 5xl3C 5xl4C 5xl5C 5xl6C 5xl7C 5xl8C 5xl9C 5xlaC 5xlbC 5xlcC 5xldC 1ha0S S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5xl8-d 6id2-1 6twh-1 4lkg-1 4n61-2 4qy1-2 6v44-d 6tvt-d 3eyk-1 6tvr-2 4wea-1 4dj8-d 4bsi-1 4ln8-5 6tvs-d 4cz0-d 6icw-1 4xqu-d 2wr5-d 6tvd-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#76 - 2006年4月赤血球凝集素 (Hemagglutinin) 類似性 (5) #170 - 2014年2月広域中和抗体 (Broadly Neutralizing Antibodies) 類似性 (5) #259 - 2021年7月人工設計タンパク質と市民科学 (Designed Proteins and Citizen Science) 類似性 (5) #62 - 2005年2月主要組織適合性複合体 (Major Histocompatibility Complex) 類似性 (5) #63 - 2005年3月 T細胞受容体 (T-Cell Receptor) 類似性 (5) #200 - 2016年8月正二十面体型ウイルスの準対称性 (Quasisymmetry in Icosahedral Viruses) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#76 - 2006年4月
赤血球凝集素 (Hemagglutinin)
類似性 (5)
#170 - 2014年2月
広域中和抗体 (Broadly Neutralizing Antibodies)
類似性 (5)
#259 - 2021年7月
人工設計タンパク質と市民科学 (Designed Proteins and Citizen Science)
類似性 (5)
#62 - 2005年2月
主要組織適合性複合体 (Major Histocompatibility Complex)
類似性 (5)
#63 - 2005年3月
T細胞受容体 (T-Cell Receptor)
類似性 (5)
#200 - 2016年8月
正二十面体型ウイルスの準対称性 (Quasisymmetry in Icosahedral Viruses)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Hemagglutinin

B: Hemagglutinin

C: Hemagglutinin

ヘテロ分子

171 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	65.419, 120.559, 132.278
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 92.29, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質

Hemagglutinin

分子量: 56442.820 Da / 分子数: 3 / 断片: UNP residues 17-519 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Influenza A virus (A/swine/Ontario/01911-1/99 (H4N6)) (A型インフルエンザウイルス)
株: A/swine/Ontario/01911-1/99 (H4N6) / 遺伝子: HA / 発現宿主:

Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: Q9E148

#2: 糖

ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン

タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C₈H₁₅NO₆

識別子	タイプ	プログラム
DGlcpNAcb	CONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL	GMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamine	COMMON NAME	GMML 1.0
b-D-GlcpNAc	IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL	PDB-CARE 1.0
GlcNAc	SNFG CARBOHYDRATE SYMBOL	GMML 1.0

#3: 水

ChemComp-HOH / water

分子量: 18.015 Da / 分子数: 727 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

Has protein modification

Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.08 Å³/Da / 溶媒含有率: 60.03 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 2% (v/v) Tacsimate (pH 8.0), 0.1 M Tris (pH 8.5), and 16% (w/v) PEG 3,350

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL19U1 / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年1月22日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.3→50 Å / Num. obs: 91122 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 5.8 % / Net I/σ(I): 17.4
反射シェル	解像度: 2.3→2.38 Å / 冗長度: 5.8 % / R_merge(I) obs: 0.331 / Mean I/σ(I) obs: 5.8 / R_sym value: 0.331 / % possible all: 99.6

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.9_1692	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1HA0

1ha0

解像度: 2.3→35.57 Å / SU ML: 0.22 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 23.89

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2134	4559	5.01 %
R_work	0.1842	-	-
obs	0.1857	91064	99.55 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.3→35.57 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	11514	0	84	727	12325

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.006	11868
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.039	16091
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	15.517	4344
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.043	1768
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	2128

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.2959-2.322	0.2777	164	0.2187	2701	X-RAY DIFFRACTION	93
2.322-2.3493	0.2406	158	0.207	2861	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3493-2.378	0.2872	147	0.2129	2848	X-RAY DIFFRACTION	99
2.378-2.4081	0.2691	155	0.2082	2889	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4081-2.4397	0.2592	159	0.2111	2863	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4397-2.4731	0.2239	127	0.2061	2881	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4731-2.5085	0.2543	153	0.2103	2905	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5085-2.5459	0.2488	128	0.2004	2904	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5459-2.5857	0.2649	123	0.207	2891	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5857-2.6281	0.2274	163	0.1993	2873	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6281-2.6734	0.2524	150	0.2063	2876	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6734-2.7219	0.2391	149	0.2068	2892	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7219-2.7743	0.2364	161	0.1992	2848	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7743-2.8309	0.2466	147	0.1971	2901	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8309-2.8924	0.2293	148	0.1999	2863	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8924-2.9597	0.227	150	0.2003	2931	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9597-3.0336	0.2453	143	0.195	2875	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0336-3.1156	0.2157	178	0.2	2907	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1156-3.2072	0.2238	142	0.1974	2860	X-RAY DIFFRACTION	100
3.2072-3.3107	0.2462	143	0.2038	2931	X-RAY DIFFRACTION	100
3.3107-3.4289	0.23	124	0.191	2934	X-RAY DIFFRACTION	100
3.4289-3.5661	0.215	160	0.1864	2861	X-RAY DIFFRACTION	100
3.5661-3.7282	0.2111	154	0.1797	2886	X-RAY DIFFRACTION	100
3.7282-3.9246	0.2101	162	0.1753	2879	X-RAY DIFFRACTION	100
3.9246-4.1701	0.1829	171	0.1606	2902	X-RAY DIFFRACTION	100
4.1701-4.4915	0.177	170	0.1442	2874	X-RAY DIFFRACTION	100
4.4915-4.9424	0.1643	170	0.1425	2899	X-RAY DIFFRACTION	100
4.9424-5.6551	0.1554	144	0.1545	2907	X-RAY DIFFRACTION	100
5.6551-7.1155	0.1993	154	0.178	2920	X-RAY DIFFRACTION	99
7.1155-35.5739	0.1848	162	0.1809	2943	X-RAY DIFFRACTION	99

精密化 TLS

手法: refined / Origin x: 4.6691 Å / Origin y: -24.9762 Å / Origin z: -36.3175 Å

	11	12	13	21	22	23	31	32	33
T	0.1685 Å²	0.0114 Å²	-0.0044 Å²	-	0.1729 Å²	-0.0045 Å²	-	-	0.1657 Å²
L	0.2388 °²	-0.0263 °²	-0.1448 °²	-	0.1108 °²	0.1119 °²	-	-	0.1751 °²
S	-0.0165 Å °	-0.1013 Å °	-0.0076 Å °	0.0406 Å °	0.0281 Å °	0.0063 Å °	0.0578 Å °	0.1026 Å °	0.0059 Å °

精密化 TLSグループ

Selection details: all

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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