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- PDB-5xjm: Complex structure of angiotensin II type 2 receptor with Fab -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5xjm
タイトルComplex structure of angiotensin II type 2 receptor with Fab
要素
  • FabH
  • FabL
  • Sar1, Ile8-angiotensin II
  • Type-2 angiotensin II receptor,Soluble cytochrome b562,Type-2 angiotensin II receptor
キーワードSIGNALING PROTEIN / class A GPCR / regulate human blood pressure / Angiotensin receptors
機能・相同性
機能・相同性情報


angiotensin-mediated vasodilation involved in regulation of systemic arterial blood pressure / regulation of metanephros size / regulation of systemic arterial blood pressure by circulatory renin-angiotensin / brain renin-angiotensin system / angiotensin type II receptor activity / regulation of blood volume by renin-angiotensin / response to muscle activity involved in regulation of muscle adaptation / type 2 angiotensin receptor binding / : / regulation of renal sodium excretion ...angiotensin-mediated vasodilation involved in regulation of systemic arterial blood pressure / regulation of metanephros size / regulation of systemic arterial blood pressure by circulatory renin-angiotensin / brain renin-angiotensin system / angiotensin type II receptor activity / regulation of blood volume by renin-angiotensin / response to muscle activity involved in regulation of muscle adaptation / type 2 angiotensin receptor binding / : / regulation of renal sodium excretion / maintenance of blood vessel diameter homeostasis by renin-angiotensin / negative regulation of neurotrophin TRK receptor signaling pathway / positive regulation of metanephric glomerulus development / regulation of extracellular matrix assembly / receptor antagonist activity / regulation of renal output by angiotensin / positive regulation of activation of Janus kinase activity / G protein-coupled receptor signaling pathway coupled to cGMP nucleotide second messenger / renal system process / renin-angiotensin regulation of aldosterone production / positive regulation of branching involved in ureteric bud morphogenesis / positive regulation of extracellular matrix assembly / positive regulation of macrophage derived foam cell differentiation / C-C chemokine receptor activity / C-C chemokine binding / vasoconstriction / positive regulation of CoA-transferase activity / type 1 angiotensin receptor binding / low-density lipoprotein particle remodeling / positive regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway / response to angiotensin / exploration behavior / positive regulation of epidermal growth factor receptor signaling pathway / negative regulation of heart rate / positive regulation of cardiac muscle hypertrophy / positive regulation of phosphoprotein phosphatase activity / negative regulation of blood vessel endothelial cell migration / positive regulation of gap junction assembly / positive regulation of protein tyrosine kinase activity / regulation of vasoconstriction / regulation of cardiac conduction / blood vessel remodeling / Metabolism of Angiotensinogen to Angiotensins / positive regulation of epithelial to mesenchymal transition / nitric oxide-cGMP-mediated signaling / positive regulation of protein metabolic process / positive regulation of endothelial cell migration / Peptide ligand-binding receptors / neurogenesis / cell chemotaxis / negative regulation of MAP kinase activity / kidney development / positive regulation of cytokine production / angiotensin-activated signaling pathway / regulation of cell growth / calcium-mediated signaling / electron transport chain / growth factor activity / serine-type endopeptidase inhibitor activity / hormone activity / brain development / PPARA activates gene expression / negative regulation of cell growth / regulation of blood pressure / positive regulation of miRNA transcription / positive regulation of inflammatory response / vasodilation / positive regulation of reactive oxygen species metabolic process / positive regulation of fibroblast proliferation / cell-cell signaling / phospholipase C-activating G protein-coupled receptor signaling pathway / positive regulation of NF-kappaB transcription factor activity / regulation of cell population proliferation / positive regulation of cytosolic calcium ion concentration / G alpha (i) signalling events / G alpha (q) signalling events / regulation of apoptotic process / neuron apoptotic process / collagen-containing extracellular matrix / periplasmic space / electron transfer activity / positive regulation of phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / cell surface receptor signaling pathway / blood microparticle / inflammatory response / iron ion binding / immune response / G protein-coupled receptor signaling pathway / external side of plasma membrane / heme binding / positive regulation of DNA-templated transcription / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
Angiotensin II receptor type 2 / Angiotensin II receptor family / Angiotensinogen, serpin domain / Angiotensinogen / Serpin, conserved site / Serpins signature. / Serpin superfamily, domain 2 / Serpin family / Serpin domain / Serpin superfamily ...Angiotensin II receptor type 2 / Angiotensin II receptor family / Angiotensinogen, serpin domain / Angiotensinogen / Serpin, conserved site / Serpins signature. / Serpin superfamily, domain 2 / Serpin family / Serpin domain / Serpin superfamily / Serpin superfamily, domain 1 / Serpin (serine protease inhibitor) / SERine Proteinase INhibitors / Cytochrome b562 / Cytochrome b562 / Cytochrome c/b562 / G-protein coupled receptors family 1 signature. / G protein-coupled receptor, rhodopsin-like / GPCR, rhodopsin-like, 7TM / G-protein coupled receptors family 1 profile. / 7 transmembrane receptor (rhodopsin family) / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Angiotensinogen / Soluble cytochrome b562 / Type-2 angiotensin II receptor
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Escherichia coli (大腸菌)
Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.2 Å
データ登録者Asada, H. / Horita, S. / Shimamura, T. / Iwata, S.
資金援助 日本, 4件
組織認可番号国
Japan Society for the Promotion of Science15J04343 日本
Japan Society for the Promotion of Science15J04343 日本
Japan Society for the Promotion of Science22590270 日本
Japan Agency for Medical Research and DevelopmentA19170600003 日本
引用ジャーナル: Nat. Struct. Mol. Biol. / 年: 2018
タイトル: Crystal structure of the human angiotensin II type 2 receptor bound to an angiotensin II analog
著者: Asada, H. / Horita, S. / Hirata, K. / Shiroishi, M. / Shiimura, Y. / Iwanari, H. / Hamakubo, T. / Shimamura, T. / Nomura, N. / Kusano-Arai, O. / Uemura, T. / Suno, C. / Kobayashi, T. / Iwata, S.
履歴
登録2017年5月2日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02018年7月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年7月18日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.pdbx_database_id_PubMed
改定 1.22018年7月25日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.32023年11月22日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Type-2 angiotensin II receptor,Soluble cytochrome b562,Type-2 angiotensin II receptor
H: FabH
L: FabL
B: Sar1, Ile8-angiotensin II


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)95,6654
ポリマ－95,6654
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7160 Å2
ΔGint-46 kcal/mol
Surface area37700 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)465.390, 48.650, 55.700
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number18
Space group name H-MP21212

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要素

#1: タンパク質 Type-2 angiotensin II receptor,Soluble cytochrome b562,Type-2 angiotensin II receptor / Angiotensin II type-2 receptor / AT2 / Cytochrome b-562 / Angiotensin II type-2 receptor / AT2


分子量: 48061.383 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 35-242,UNP residues 246-346 / 変異: M1007W, H1102I, R1106L / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト), (組換発現) Escherichia coli (大腸菌)
遺伝子: AGTR2, cybC
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: P50052, UniProt: P0ABE7
#2: 抗体 FabH


分子量: 23371.201 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ)
#3: 抗体 FabL


分子量: 23262.699 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 発現宿主: Mus musculus (ハツカネズミ)
#4: タンパク質・ペプチド Sar1, Ile8-angiotensin II


分子量: 970.169 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P01019*PLUS

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.5 Å3/Da / 溶媒含有率: 64.87 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 脂質キュービック相法 / pH: 7
詳細: 34%(v/v) PEG 300, 0.1 M HEPES pH 7.0, 0.5%(v/v) Tacsimate (pH7.0)

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL32XU / 波長: 1 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX225HE / 検出器: CCD / 日付: 2015年10月25日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.2→48.386 Å / Num. obs: 22033 / Biso Wilson estimate: 51.8 Å2
反射 シェル解像度: 3.2→3.38 Å / Mean I/σ(I) obs: 1.61 / Num. unique obs: 3410 / CC1/2: 0.508 / % possible all: 99.9

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.11.1_2575精密化
XSCALEデータスケーリング
PDB_EXTRACT3.22データ抽出
XDSデータ削減
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4YAY, 1M6T

4yay

1m6t


解像度: 3.2→48.386 Å / SU ML: 0.41 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 24.22 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2751 1998 9.07 %
Rwork0.2259 20035 -
obs0.2304 22033 99.82 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 192.33 Å2 / Biso mean: 69.9193 Å2 / Biso min: 8.78 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 3.2→48.386 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6335 0 0 0 6335
残基数----815
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0026505
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.528864
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0381010
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0041104
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.0713850
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 14

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
3.1999-3.27990.31721420.284314201562100
3.2799-3.36850.31451330.262713541487100
3.3685-3.46760.2941430.249414331576100
3.4676-3.57950.30731370.243713581495100
3.5795-3.70740.29191440.247514501594100
3.7074-3.85580.33931360.24313621498100
3.8558-4.03120.29831430.215214411584100
4.0312-4.24360.26461390.207213901529100
4.2436-4.50930.21631420.19814291571100
4.5093-4.85720.24761460.178914511597100
4.8572-5.34540.24731430.194714301573100
5.3454-6.11760.2751470.22714691616100
6.1176-7.70250.26111450.264314581603100
7.7025-48.39180.26861580.22771590174899
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.4799-0.7148-0.24791.00890.04580.67510.10230.05310.4351-0.0704-0.04640.4152-0.2545-0.56280.01510.24030.1733-0.11191.52930.04521.636141.590525.41837.0986
21.4132-0.2185-0.67340.26840.14040.27150.005-0.2729-0.28710.30430.1360.54120.1533-0.16960.14930.23430.23510.07881.5460.03561.754745.89319.50617.964
31.395-0.4135-0.4651.6166-0.08890.55640.06810.24370.0222-0.5791-0.18940.6229-0.1264-0.7588-0.07350.28370.138-0.11730.564-0.01660.391580.725916.9679-8.3929
44.07931.6229-3.87992.335-1.71017.85470.15330.0380.0597-0.4649-0.22690.5319-0.077-0.3395-0.01770.25760.1466-0.19390.3183-0.01380.250784.751813.9075-4.8115
51.56590.07331.26243.9333-1.69333.11250.17220.2748-0.183-0.1927-0.1602-0.19220.162-0.1652-0.05030.26590.00880.00870.4238-0.02070.0412108.1095-2.8119-18.8423
61.9352-1.07230.3173.5271-0.63493.01990.33290.5598-0.2308-0.323-0.18550.08230.2767-0.32470.09380.26990.0285-0.01220.3608-0.22430.1733105.9974-7.1247-17.6726
72.05450.9949-0.35614.17661.11432.78690.0074-0.1776-0.18260.27920.126-0.46210.2038-0.1538-0.20270.1731-0.0064-0.0420.156-0.05590.160398.76379.075412.6065
80.850.365-0.2521.64390.62762.5868-0.0252-0.22810.15140.17580.07830.3180.3657-0.63250.07890.096-0.020.07990.4037-0.02020.181188.03829.231912.5622
93.1373-1.1670.00112.76740.88743.94210.0898-0.27960.0289-0.02410.09460.25460.6406-0.0275-0.23730.125-0.101-0.08860.42210.05110.170491.87514.842610.1778
100.41840.0791-0.06010.39480.00160.2198-0.07820.10890.04710.0031-0.02690.00810.2228-0.174-0.00910.2670.05380.02540.23030.01240.0104108.87971.0659-4.7133
116.67671.1939-3.89151.8074-1.87925.16960.03830.12540.1287-0.1909-0.03120.0073-0.0363-0.26370.02740.21630.0057-0.0480.1238-0.0180.0053116.2381.3068-5.6379
122.23360.3356-1.0621.3988-0.2622.0370.13540.26880.1615-0.3082-0.0825-0.1573-0.21470.1185-0.03320.37240.03990.08770.27940.09430.0667121.91823.3303-19.2364
131.8277-0.3139-0.38341.11820.85272.07430.13860.2221-0.04720.0225-0.0098-0.1819-0.13440.112-0.13450.20540.0998-0.03220.02080.01840.1581126.8369-3.6899-9.079
142.61521.9675-2.34254.28890.06163.2824-0.2075-0.2597-0.108-0.0410.18450.0328-0.1049-0.17360.06610.3457-0.1118-0.00021.3568-0.03591.376959.837422.499713.6093
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 35 through 180 )A35 - 180
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 181 through 320 )A181 - 320
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'H' and (resid 1 through 84 )H1 - 84
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'H' and (resid 85 through 118 )H85 - 118
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'H' and (resid 119 through 162 )H119 - 162
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'H' and (resid 163 through 220 )H163 - 220
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'L' and (resid 1 through 18 )L1 - 18
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'L' and (resid 19 through 74 )L19 - 74
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'L' and (resid 75 through 90 )L75 - 90
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'L' and (resid 91 through 142 )L91 - 142
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'L' and (resid 143 through 173 )L143 - 173
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'L' and (resid 174 through 186 )L174 - 186
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'L' and (resid 187 through 212 )L187 - 212
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'B' and (resid 2 through 8 )B2 - 8

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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