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万見
- PDB-5xjg: Crystal structure of Vac8p bound to Nvj1p -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5xjg
タイトルCrystal structure of Vac8p bound to Nvj1p
要素
  • Nucleus-vacuole junction protein 1
  • Vacuolar protein 8
キーワードSIGNALING PROTEIN/MEMBRANE PROTEIN / Vac8p / Nvj1p / Membrane contact site / Nucleus-vacuole junction / SIGNALING PROTEIN-MEMBRANE PROTEIN complex
機能・相同性
機能・相同性情報


nucleus-vacuole junction assembly / Cvt vesicle assembly / Myo2p-Vac17p-Vac8p transport complex / protein localization to membrane raft / nucleus-vacuole junction / ribophagy / vacuole inheritance / vacuole fusion, non-autophagic / pexophagy / piecemeal microautophagy of the nucleus ...nucleus-vacuole junction assembly / Cvt vesicle assembly / Myo2p-Vac17p-Vac8p transport complex / protein localization to membrane raft / nucleus-vacuole junction / ribophagy / vacuole inheritance / vacuole fusion, non-autophagic / pexophagy / piecemeal microautophagy of the nucleus / nuclear outer membrane / phagophore assembly site / fungal-type vacuole membrane / autophagosome assembly / protein-membrane adaptor activity / nuclear periphery / macroautophagy / protein localization / lipid metabolic process / nuclear envelope / membrane raft / identical protein binding / membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
Vacuolar protein 8 / Armadillo/plakoglobin ARM repeat profile. / Armadillo/beta-catenin-like repeat / Armadillo/beta-catenin-like repeats / Armadillo / Armadillo-like helical / Armadillo-type fold
類似検索 - ドメイン・相同性
Nucleus-vacuole junction protein 1 / Vacuolar protein 8
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Jeong, H. / Park, J. / Jun, Y. / Lee, C.
引用ジャーナル: Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. / 年: 2017
タイトル: Mechanistic insight into the nucleus-vacuole junction based on the Vac8p-Nvj1p crystal structure.
著者: Jeong, H. / Park, J. / Kim, H.I. / Lee, M. / Ko, Y.J. / Lee, S. / Jun, Y. / Lee, C.
履歴
登録2017年5月1日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02017年6月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年12月6日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.22024年3月27日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Vacuolar protein 8
B: Nucleus-vacuole junction protein 1
C: Vacuolar protein 8
D: Nucleus-vacuole junction protein 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)132,3427
ポリマ－131,2624
非ポリマー1,0793
水3,261181
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration, isothermal titration calorimetry
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area10960 Å2
ΔGint-26 kcal/mol
Surface area44080 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)84.082, 115.630, 84.131
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 114.68, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Vacuolar protein 8


分子量: 55339.992 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP RESIDUES 10-515 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 遺伝子: VAC8, YEB3, YEL013W / 発現宿主: Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 株 (発現宿主): K-12 / 参照: UniProt: P39968
#2: タンパク質 Nucleus-vacuole junction protein 1


分子量: 10291.191 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP RESIDUES 229-321 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 遺伝子: NVJ1, VAB36, YHR195W / 発現宿主: Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 株 (発現宿主): K-12 / 参照: UniProt: P38881
#3: 化合物 ChemComp-PE5 / 3,6,9,12,15,18,21,24-OCTAOXAHEXACOSAN-1-OL / 2-(2-{2-[2-(2-{2-[2-(2-ETHOXY-ETHOXY)-ETHOXY]-ETHOXY}-ETHOXY)-ETHOXY]-ETHOXY}-ETHOXY)-ETHANOL / POLYETHYLENE GLYCOL PEG400 / オクタエチレングリコ-ルモノエチルエ-テル


分子量: 398.489 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 式: C18H38O9 / コメント: 沈殿剤*YM
#4: 化合物 ChemComp-B3P / 2-[3-(2-HYDROXY-1,1-DIHYDROXYMETHYL-ETHYLAMINO)-PROPYLAMINO]-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL / 2,2′-(トリメチレンビスイミノ)ビス[2-(ヒドロキシメチル)プロパン-1,3-ジオ-ル]


分子量: 282.334 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C11H26N2O6 / コメント: pH緩衝剤*YM
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 181 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.83 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.55 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: PEG400, BTP, t-butanol

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PAL/PLS / ビームライン: 7A (6B, 6C1) / 波長: 0.97933 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 270 / 検出器: CCD / 日付: 2016年4月2日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97933 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.4→50 Å / Num. obs: 57806 / % possible obs: 98.8 % / 冗長度: 2.9 % / Rmerge(I) obs: 0.128 / Net I/σ(I): 13.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.9_1692精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.4→29.595 Å / SU ML: 0.19 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0 / 位相誤差: 21.87 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2224 2016 3.54 %
Rwork0.1896 --
obs0.1907 57022 99.82 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.4→29.595 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7978 0 53 181 8212
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0048132
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.90811023
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.0113044
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0321332
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0041420
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.4-2.460.22761420.17343920X-RAY DIFFRACTION100
2.46-2.52650.23921410.17493870X-RAY DIFFRACTION100
2.5265-2.60080.19721390.1763903X-RAY DIFFRACTION100
2.6008-2.68470.22241460.17743910X-RAY DIFFRACTION100
2.6847-2.78060.2071450.17433926X-RAY DIFFRACTION100
2.7806-2.89180.22141460.18223933X-RAY DIFFRACTION100
2.8918-3.02330.2241450.19173909X-RAY DIFFRACTION100
3.0233-3.18250.23821420.20073921X-RAY DIFFRACTION100
3.1825-3.38160.23891490.21823968X-RAY DIFFRACTION100
3.3816-3.64230.24061420.2073917X-RAY DIFFRACTION100
3.6423-4.0080.221460.18253931X-RAY DIFFRACTION100
4.008-4.58620.20461460.17853923X-RAY DIFFRACTION100
4.5862-5.77110.20291410.19733976X-RAY DIFFRACTION100
5.7711-29.5970.23571460.18753999X-RAY DIFFRACTION99

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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