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データを開く
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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5xhr | ||||||
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タイトル | Crystal structure of P99 beta-lactamase in complex with a penicillin derivative MPC-1 | ||||||
![]() | Beta-lactamase | ||||||
![]() | HYDROLASE | ||||||
機能・相同性 | ![]() antibiotic catabolic process / beta-lactamase activity / beta-lactamase / outer membrane-bounded periplasmic space / response to antibiotic 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Pan, X. / Zhao, Y. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Modified Penicillin Molecule with Carbapenem-Like Stereochemistry Specifically Inhibits Class C beta-Lactamases 著者: Pan, X. / He, Y. / Chen, T. / Chan, K.F. / Zhao, Y. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 88.7 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 64.7 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 1xx2S S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 39568.055 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 21-381 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: PNM 由来: (組換発現) ![]() 遺伝子: ampC / 発現宿主: ![]() ![]() |
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#2: 化合物 | ChemComp-PXH / ( |
#3: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.06 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.26 % |
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結晶化 | 温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 0.1M Bis-Tris pH 6.5, 25% PEG3350 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2016年6月13日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.91836 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.74→69.33 Å / Num. obs: 30924 / % possible obs: 99.4 % / 冗長度: 6.8 % / Rmerge(I) obs: 0.087 / Net I/σ(I): 13.3 |
反射 シェル | 解像度: 1.8→1.9 Å / 冗長度: 6.8 % / Rmerge(I) obs: 0.292 / Mean I/σ(I) obs: 6.2 / Rsym value: 0.292 / % possible all: 99.4 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 1XX2 解像度: 1.8→69 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.921 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.904 / SU B: 3.116 / SU ML: 0.098 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.161 / ESU R Free: 0.136 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 11.994 Å2
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精密化ステップ | サイクル: 1 / 解像度: 1.8→69 Å
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拘束条件 |
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