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- PDB-5xhf: Crystal structure of Trastuzumab Fab fragment bearing p-azido-L-p... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5xhf
タイトルCrystal structure of Trastuzumab Fab fragment bearing p-azido-L-phenylalanine
要素
  • polypeptide (H chain)
  • polypeptide (L chain)
キーワードIMMUNE SYSTEM / FAB
機能・相同性Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
機能・相同性情報
生物種MUS MUSCULUS (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.205 Å
データ登録者Kuratani, M. / Yanagisawa, T. / Sakamoto, K. / Yokoyama, S.
引用ジャーナル: Bioconjug. Chem. / 年: 2017
タイトル: Extensive Survey of Antibody Invariant Positions for Efficient Chemical Conjugation Using Expanded Genetic Codes.
著者: Kato, A. / Kuratani, M. / Yanagisawa, T. / Ohtake, K. / Hayashi, A. / Amano, Y. / Kimura, K. / Yokoyama, S. / Sakamoto, K. / Shiraishi, Y.
履歴
登録2017年4月20日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02017年12月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年12月25日Group: Source and taxonomy / カテゴリ: entity_src_gen
Item: _entity_src_gen.gene_src_common_name / _entity_src_gen.pdbx_description ..._entity_src_gen.gene_src_common_name / _entity_src_gen.pdbx_description / _entity_src_gen.pdbx_gene_src_ncbi_taxonomy_id / _entity_src_gen.pdbx_gene_src_scientific_name
改定 1.22023年11月22日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: polypeptide (L chain)
B: polypeptide (H chain)
C: polypeptide (L chain)
D: polypeptide (H chain)


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)93,9054
ポリマ－93,9054
非ポリマー00
水00
1
A: polypeptide (L chain)
B: polypeptide (H chain)


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,9522
ポリマ－46,9522
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3470 Å2
ΔGint-22 kcal/mol
Surface area19330 Å2
手法PISA
2
C: polypeptide (L chain)
D: polypeptide (H chain)


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,9522
ポリマ－46,9522
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3750 Å2
ΔGint-26 kcal/mol
Surface area19630 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)38.841, 80.067, 85.792
Angle α, β, γ (deg.)113.67, 92.35, 102.78
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

#1: 抗体 polypeptide (L chain)


分子量: 23527.096 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) MUS MUSCULUS (ハツカネズミ) / 解説: humanized mouse
発現宿主: Escherichia coli str. K-12 substr. W3110 (大腸菌)
#2: 抗体 polypeptide (H chain)


分子量: 23425.180 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) MUS MUSCULUS (ハツカネズミ) / 解説: humanized mouse
発現宿主: Escherichia coli str. K-12 substr. W3110 (大腸菌)

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.51 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.01 % / 解説: THE FILE CONTAINS FRIEDEL PAIRS.
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 / 詳細: PEG 20000, MES-Na

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データ収集

回折平均測定温度: 99 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSRRC / ビームライン: TPS 05A / 波長: 1 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX300-HS / 検出器: CCD / 日付: 2017年3月13日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.2→50 Å / Num. obs: 14758 / % possible obs: 95.7 % / 冗長度: 1.3 % / Net I/σ(I): 2.45

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.10.1_2155)精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1N8Z

1n8z


解像度: 3.205→42.443 Å / SU ML: 0.47 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.98 / 位相誤差: 32.76 / 詳細: THE FILE CONTAINS FRIEDEL PAIRS.
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2966 1473 9.98 %
Rwork0.2194 --
obs0.227 14758 98.41 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.205→42.443 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6562 0 0 0 6562
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0026747
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.4829199
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d10.3824016
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0411032
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0041174
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.2051-3.30850.34781410.28571182X-RAY DIFFRACTION97
3.3085-3.42670.29491240.24881210X-RAY DIFFRACTION98
3.4267-3.56380.34731360.24731219X-RAY DIFFRACTION98
3.5638-3.72590.3381330.24361182X-RAY DIFFRACTION98
3.7259-3.92220.30881340.24221227X-RAY DIFFRACTION98
3.9222-4.16770.30751280.22091197X-RAY DIFFRACTION98
4.1677-4.48920.31691390.19441218X-RAY DIFFRACTION98
4.4892-4.94040.25831330.1921210X-RAY DIFFRACTION98
4.9404-5.65380.29251370.19641213X-RAY DIFFRACTION99
5.6538-7.11780.25331350.21741198X-RAY DIFFRACTION99
7.1178-42.44620.24421330.19651229X-RAY DIFFRACTION99

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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