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Yorodumi- PDB-5xgr: Structure of the S1 subunit C-terminal domain from bat-derived co... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 5xgr | |||||||||
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Title | Structure of the S1 subunit C-terminal domain from bat-derived coronavirus HKU5 spike protein | |||||||||
Components | Spike protein S1 | |||||||||
Keywords | VIRAL PROTEIN / MERS-CoV / BatCoV HKU5 / CTD / evolution | |||||||||
Function / homology | Function and homology information endocytosis involved in viral entry into host cell / host cell endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment membrane / receptor-mediated virion attachment to host cell / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / host cell plasma membrane / virion membrane / membrane Similarity search - Function | |||||||||
Biological species | Bat coronavirus HKU5 | |||||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.1 Å | |||||||||
Authors | Xue, H. / Qi, J. / Song, H. / Qihui, W. / Shi, Y. / Gao, G.F. | |||||||||
Citation | Journal: Virology / Year: 2017 Title: Structure of the S1 subunit C-terminal domain from bat-derived coronavirus HKU5 spike protein Authors: Han, X. / Qi, J. / Song, H. / Wang, Q. / Zhang, Y. / Wu, Y. / Lu, G. / Yuen, K.Y. / Shi, Y. / Gao, G.F. | |||||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 5xgr.cif.gz | 638 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb5xgr.ent.gz | 537.7 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 5xgr.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 5xgr_validation.pdf.gz | 2.1 MB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 5xgr_full_validation.pdf.gz | 2.1 MB | Display | |
Data in XML | 5xgr_validation.xml.gz | 64.3 KB | Display | |
Data in CIF | 5xgr_validation.cif.gz | 87.5 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xg/5xgr ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xg/5xgr | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 5gj4S S: Starting model for refinement |
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-Links
-Assembly
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 22750.432 Da / Num. of mol.: 8 / Fragment: UNP residues 389-586 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Bat coronavirus HKU5 / Cell line (production host): Hi5 / Production host: Trichoplusia ni (cabbage looper) / References: UniProt: A3EXD0 #2: Polysaccharide | 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose Source method: isolated from a genetically manipulated source #3: Sugar | ChemComp-NAG / #4: Water | ChemComp-HOH / | Has protein modification | Y | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.54 Å3/Da / Density % sol: 51.58 % |
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Crystal grow | Temperature: 291 K / Method: vapor diffusion, sitting drop Details: 0.2M potassium thiocyanate, 20% (w/v) polyethylene glycol 3350 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: SSRF / Beamline: BL17B1 / Wavelength: 0.97915 Å |
Detector | Type: ADSC QUANTUM 315 / Detector: CCD / Date: Mar 18, 2016 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.97915 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.1→50 Å / Num. obs: 104555 / % possible obs: 99.9 % / Redundancy: 5 % / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.104 / Rpim(I) all: 0.052 / Net I/σ(I): 15.355 |
Reflection shell | Resolution: 2.1→2.18 Å / Redundancy: 4.8 % / CC1/2: 0.801 / Rpim(I) all: 0.527 / % possible all: 99.9 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 5GJ4 Resolution: 2.1→37.796 Å / SU ML: 0.26 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / Phase error: 32.26
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.1→37.796 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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