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- PDB-5xgq: Crystal structure of apo form (free-state) Mycobacterium tubercul... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5xgq
タイトルCrystal structure of apo form (free-state) Mycobacterium tuberculosis methionyl-tRNA synthetase
要素Methionine-tRNA ligase
キーワードLIGASE / Methionyl-tRNA Synthetase / Protein translation / Mycobacterium tuberculosis / Anticodon-binding domain of tRNA
機能・相同性
機能・相同性情報


methionine-tRNA ligase / methionine-tRNA ligase activity / methionyl-tRNA aminoacylation / ATP binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Methionyl-trna Synthetase; domain 2 / Methionyl-trna Synthetase; domain 2 - #10 / Methionine-tRNA synthetase, type 2 / Anticodon binding domain of methionyl tRNA ligase / Methionyl-tRNA synthetase / Methioninyl-tRNA synthetase core domain / Methionyl-tRNA synthetase, anticodon-binding domain / Isoleucyl-tRNA Synthetase; Domain 1 / Isoleucyl-tRNA Synthetase; Domain 1 / Methionyl/Leucyl tRNA synthetase ...Methionyl-trna Synthetase; domain 2 / Methionyl-trna Synthetase; domain 2 - #10 / Methionine-tRNA synthetase, type 2 / Anticodon binding domain of methionyl tRNA ligase / Methionyl-tRNA synthetase / Methioninyl-tRNA synthetase core domain / Methionyl-tRNA synthetase, anticodon-binding domain / Isoleucyl-tRNA Synthetase; Domain 1 / Isoleucyl-tRNA Synthetase; Domain 1 / Methionyl/Leucyl tRNA synthetase / tRNA synthetases class I (M) / Aminoacyl-tRNA synthetase, class Ia, anticodon-binding / Aminoacyl-tRNA synthetase, class I, conserved site / Aminoacyl-transfer RNA synthetases class-I signature. / HUPs / Rossmann-like alpha/beta/alpha sandwich fold / Beta Complex / Rossmann fold / Orthogonal Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Beta / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Methionine--tRNA ligase
類似検索 - 構成要素
生物種Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.899 Å
データ登録者Wang, W. / Wang, M. / Wojdyla, J.A. / Cui, S.
引用ジャーナル: IUCrJ / 年: 2018
タイトル: Structural characterization of free-state and product-stateMycobacterium tuberculosismethionyl-tRNA synthetase reveals an induced-fit ligand-recognition mechanism
著者: Wang, W. / Qin, B. / Wojdyla, J.A. / Wang, M. / Gao, X. / Cui, S.
履歴
登録2017年4月15日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02018年7月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年8月1日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.journal_volume ..._citation.journal_abbrev / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.22023年11月22日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
B: Methionine-tRNA ligase
A: Methionine-tRNA ligase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)120,4972
ポリマ－120,4972
非ポリマー00
水20,9511163
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area280 Å2
ΔGint-0 kcal/mol
Surface area45660 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)49.983, 72.727, 78.376
Angle α, β, γ (deg.)98.90, 90.05, 98.47
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

#1: タンパク質 Methionine-tRNA ligase / Methionyl-tRNA synthetase / MetRS


分子量: 60248.711 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (strain ATCC 25177 / H37Ra) (結核菌)
株: ATCC 25177 / H37Ra / 遺伝子: metG, MRA_1016 / プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21-Gold (DE3)pLysS AG / 参照: UniProt: A5U150, methionine-tRNA ligase
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1163 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.31 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.75 % / 解説: plates
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸発脱水法 / pH: 6.1
詳細: 0.1M calcium acetate, 0.1M sodium cacodylate, 16%PEG8000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06DA / 波長: 1.00004 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 2M-F / 検出器: AREA DETECTOR / 日付: 2015年8月16日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.00004 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.899→48.686 Å / Num. obs: 158725 / % possible obs: 93.1 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 1.68 % / Biso Wilson estimate: 28.233 Å2 / CC1/2: 0.993 / Rmerge(I) obs: 0.094 / Χ2: 0.97 / Net I/σ(I): 6.68
反射 シェル解像度: 1.9→2.01 Å / 冗長度: 1.53 % / Rmerge(I) obs: 0.723 / Mean I/σ(I) obs: 0.97 / Num. unique obs: 27608 / CC1/2: 0.586 / Χ2: 0.88

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.10.1_2155: ???)精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2x1l

2x1l


解像度: 1.899→48.686 Å / SU ML: 0.28 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.29 / 位相誤差: 26.15 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2366 7918 4.99 %Random
Rwork0.2018 ---
obs0.2035 158552 93.17 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.899→48.686 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7916 0 0 1163 9079
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0038134
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.58911083
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.9824779
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.041200
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0041453
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.8994-1.9210.47742210.40694236X-RAY DIFFRACTION77
1.921-1.94360.33452600.3484935X-RAY DIFFRACTION94
1.9436-1.96730.32242720.31255051X-RAY DIFFRACTION93
1.9673-1.99220.34772670.29835069X-RAY DIFFRACTION94
1.9922-2.01840.29422740.27295163X-RAY DIFFRACTION95
2.0184-2.04610.2862620.27984963X-RAY DIFFRACTION93
2.0461-2.07530.34542510.29344752X-RAY DIFFRACTION88
2.0753-2.10630.32272650.27664981X-RAY DIFFRACTION93
2.1063-2.13920.29642640.24785086X-RAY DIFFRACTION94
2.1392-2.17430.28512770.2475121X-RAY DIFFRACTION94
2.1743-2.21180.26272660.23845020X-RAY DIFFRACTION94
2.2118-2.2520.29582540.24684878X-RAY DIFFRACTION90
2.252-2.29530.27632650.23535013X-RAY DIFFRACTION93
2.2953-2.34220.28322690.22535141X-RAY DIFFRACTION94
2.3422-2.39310.2572680.21475095X-RAY DIFFRACTION95
2.3931-2.44880.25132730.20775175X-RAY DIFFRACTION95
2.4488-2.510.27182660.21035088X-RAY DIFFRACTION95
2.51-2.57780.25582660.2065102X-RAY DIFFRACTION95
2.5778-2.65370.25452650.21155191X-RAY DIFFRACTION95
2.6537-2.73930.26342660.20145057X-RAY DIFFRACTION94
2.7393-2.83720.22152620.18745054X-RAY DIFFRACTION95
2.8372-2.95080.22892760.18325194X-RAY DIFFRACTION95
2.9508-3.08510.22492660.19175098X-RAY DIFFRACTION95
3.0851-3.24770.22472670.18135100X-RAY DIFFRACTION95
3.2477-3.45120.18422610.17144994X-RAY DIFFRACTION92
3.4512-3.71750.20272610.15924928X-RAY DIFFRACTION92
3.7175-4.09150.16992580.15974993X-RAY DIFFRACTION92
4.0915-4.68310.20182630.14354968X-RAY DIFFRACTION94
4.6831-5.89860.20162670.17095083X-RAY DIFFRACTION94
5.8986-48.70170.17672660.18735105X-RAY DIFFRACTION94

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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