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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5xgl | ||||||
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タイトル | Co-crystal structure of Ac-AChBPP in complex with alpha-conotoxin LvIA | ||||||
要素 |
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キーワード | METAL BINDING PROTEIN/TOXIN / Co-crystal structure / alpha-conotoxin / Ac-AChBP / METAL BINDING PROTEIN-TOXIN complex | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 host cell postsynaptic membrane / acetylcholine receptor inhibitor activity / acetylcholine receptor activity / ion channel regulator activity / acetylcholine-gated monoatomic cation-selective channel activity / response to nicotine / toxin activity / neuron projection / シナプス / extracellular region ...host cell postsynaptic membrane / acetylcholine receptor inhibitor activity / acetylcholine receptor activity / ion channel regulator activity / acetylcholine-gated monoatomic cation-selective channel activity / response to nicotine / toxin activity / neuron projection / シナプス / extracellular region / 生体膜 / identical protein binding / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Aplysia californica (ジャンボアメフラシ) Conus lividus (イボシマイモ) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.439 Å | ||||||
データ登録者 | Wang, X.Q. / Xu, M.Y. / Luo, S.L. / Zhu, X.P. | ||||||
資金援助 | 中国, 1件
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引用 | ジャーナル: Protein Cell / 年: 2017 タイトル: The crystal structure of Ac-AChBP in complex with alpha-conotoxin LvIA reveals the mechanism of its selectivity towards different nAChR subtypes 著者: Xu, M. / Zhu, X. / Yu, J. / Yu, J. / Luo, S. / Wang, X. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 5xgl.cif.gz | 226.3 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb5xgl.ent.gz | 184.1 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 5xgl.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xg/5xgl ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xg/5xgl | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 5co5S S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 25604.537 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Aplysia californica (ジャンボアメフラシ) 細胞株 (発現宿主): SF9 発現宿主: Baculovirus expression vector pCTdual (バキュロウイルス科) 参照: UniProt: Q8WSF8 #2: タンパク質・ペプチド | 分子量: 1684.918 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Conus lividus (イボシマイモ) / 参照: UniProt: L8BU87 |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.5 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.75 % |
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結晶化 | 温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 / 詳細: 0.1M Bis-Tris propane PH 7.0 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U / 波長: 0.9796 Å |
検出器 | タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2015年11月14日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9796 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 3.4→28.438 Å / Num. obs: 18406 / % possible obs: 98 % / 冗長度: 5 % / Rmerge(I) obs: 0.17 / Net I/σ(I): 8.5 |
反射 シェル | 解像度: 3.44→3.56 Å / 冗長度: 5.1 % / Rmerge(I) obs: 0.876 / Mean I/σ(I) obs: 3 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 5CO5 解像度: 3.439→28.438 Å / SU ML: 0.45 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 29.21 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 3.439→28.438 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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