PDB-5xex: Crystal structure of S.aureus PNPase catalytic domain

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5xex

タイトル

Crystal structure of S.aureus PNPase catalytic domain

要素

Polyribonucleotide nucleotidyltransferase

キーワード

TRANSFERASE / polynucleotide phosphorylase / catalytic domain

機能・相同性

機能・相同性情報

polyribonucleotide nucleotidyltransferase / polyribonucleotide nucleotidyltransferase activity / RNA catabolic process / mRNA catabolic process / RNA processing / 3'-5'-RNA exonuclease activity / magnesium ion binding / RNA binding / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.2 Å

データ登録者

Wang, X. / Zhang, X. / Zang, J.

引用

ジャーナル: FEBS Lett. / 年: 2017
タイトル: Enolase binds to RnpA in competition with PNPase in Staphylococcus aureus
著者: Wang, X. / Wang, C. / Wu, M. / Tian, T. / Cheng, T. / Zhang, X. / Zang, J.

履歴

登録	2017年4月6日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2017年10月18日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2017年11月29日	Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.2	2018年2月7日	Group: Database references / カテゴリ: pdbx_related_exp_data_set
改定 1.3	2023年11月22日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5xex.cif.gz	592.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5xex.ent.gz	489.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5xex.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5xex_validation.pdf.gz	549.6 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5xex_full_validation.pdf.gz	614.9 KB	表示
XML形式データ	5xex_validation.xml.gz	112.8 KB	表示
CIF形式データ	5xex_validation.cif.gz	151.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xe/5xex ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xe/5xex	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3cdiS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	6d6k-1 3h1c-13 3h1c-9 3h1c-1 4aid-2 6d6k-2 1gme-2 3gcm-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#86 - 2007年2月エキソソーム (Exosomes) 類似性 (9) #253 - 2021年1月エクスプレソーム (Expressome) 類似性 (4) #255 - 2021年3月シスプラチンとDNA (Cisplatin and DNA) 類似性 (3) #241 - 2020年1月 20年の分子を振り返って (Twenty Years of Molecules) 類似性 (3)

登録構造単位

A: Polyribonucleotide nucleotidyltransferase

B: Polyribonucleotide nucleotidyltransferase

C: Polyribonucleotide nucleotidyltransferase

D: Polyribonucleotide nucleotidyltransferase

E: Polyribonucleotide nucleotidyltransferase

F: Polyribonucleotide nucleotidyltransferase

ヘテロ分子

375 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Polyribonucleotide nucleotidyltransferase

B: Polyribonucleotide nucleotidyltransferase

C: Polyribonucleotide nucleotidyltransferase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
188 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

D: Polyribonucleotide nucleotidyltransferase

E: Polyribonucleotide nucleotidyltransferase

F: Polyribonucleotide nucleotidyltransferase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
188 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	93.699, 93.773, 130.242
Angle α, β, γ (deg.)	98.22, 95.34, 120.01
Int Tables number	1
Space group name H-M	P1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:
NCSドメイン領域:

Dom-ID	Ens-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	1	A	3 - 549
2	1	B	3 - 549
1	2	A	3 - 549
2	2	C	3 - 549
1	3	A	3 - 549
2	3	D	3 - 549
1	4	A	3 - 549
2	4	E	3 - 549
1	5	A	4 - 548
2	5	F	4 - 548
1	6	B	3 - 550
2	6	C	3 - 550
1	7	B	3 - 550
2	7	D	3 - 550
1	8	B	3 - 549
2	8	E	3 - 549
1	9	B	4 - 550
2	9	F	4 - 550
1	10	C	3 - 550
2	10	D	3 - 550
1	11	C	3 - 549
2	11	E	3 - 549
1	12	C	4 - 550
2	12	F	4 - 550
1	13	D	3 - 549
2	13	E	3 - 549
1	14	D	4 - 550
2	14	F	4 - 550
1	15	E	4 - 548
2	15	F	4 - 548

NCSアンサンブル:

ID
1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11
12
13
14
15

#1: タンパク質	Polyribonucleotide nucleotidyltransferase / Polynucleotide phosphorylase / PNPase 分子量: 62166.230 Da / 分子数: 6 / 断片: UNP residues 1-553 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Staphylococcus aureus (strain NCTC 8325) (黄色ブドウ球菌) 株: NCTC 8325 / 遺伝子: pnp, pnpA, SAOUHSC_01251 / 発現宿主: Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 株 (発現宿主): K-12 参照: UniProt: Q2FZ20, polyribonucleotide nucleotidyltransferase
#2: 化合物	ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER 分子量: 106.120 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₁₀O₃
#3: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL 分子量: 92.094 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#4: 化合物	ChemComp-PPV / PYROPHOSPHATE 分子量: 177.975 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: H₄O₇P₂
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 242 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.78 Å³/Da / 溶媒含有率: 55.74 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.2M CaCl2, 0.1M HEPES, 28% (v/v) PEG 400, pH 7.5

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL19U1 / 波長: 0.97846 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年9月16日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97846 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.2→50 Å / Num. obs: 171703 / % possible obs: 91.4 % / 冗長度: 3.3 % / R_merge(I) obs: 0.099 / Net I/σ(I): 14.7
反射シェル	解像度: 2.2→2.24 Å / 冗長度: 2.9 % / R_merge(I) obs: 0.389 / Mean I/σ(I) obs: 2.5 / % possible all: 76.2

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.7.0032	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 3CDI

3cdi

解像度: 2.2→49.24 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.946 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.932 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.357 / ESU R Free: 0.237 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.24852	7966	5 %	RANDOM
R_work	0.22287	-	-	-
obs	0.22416	150967	83.97 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 53.563 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-4.74 Å²	-1.93 Å²	2.3 Å²
2-	-	-4.57 Å²	2.18 Å²
3-	-	-	10.19 Å²

精密化ステップ

サイクル: 1 / 解像度: 2.2→49.24 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	23885	0	132	242	24259

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.011	0.019	24453
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0	0.02	23768
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.47	1.986	33017
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	3.573	3	54808
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.018	5	3052
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	41.317	24.788	1130
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	18.011	15	4436
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	21.27	15	180
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.077	0.2	3756
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.021	27370
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.007	0.02	5102
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	3.251	5.06	12280
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	3.251	5.06	12279
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	5.123	7.574	15308
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	5.123	7.574	15309
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.656	5.686	12173
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	3.644	5.691	12077
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	5.929	8.335	17554
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	8.722	40.875	27109
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other	8.722	40.875	27109
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Rms dev position (Å)
1	1	A	33631	0.04
1	2	B	33631	0.04
2	1	A	33600	0.04
2	2	C	33600	0.04
3	1	A	33446	0.05
3	2	D	33446	0.05
4	1	A	33490	0.05
4	2	E	33490	0.05
5	1	A	33477	0.05
5	2	F	33477	0.05
6	1	B	33671	0.04
6	2	C	33671	0.04
7	1	B	33502	0.05
7	2	D	33502	0.05
8	1	B	33432	0.04
8	2	E	33432	0.04
9	1	B	33530	0.05
9	2	F	33530	0.05
10	1	C	33529	0.05
10	2	D	33529	0.05
11	1	C	33460	0.05
11	2	E	33460	0.05
12	1	C	33567	0.05
12	2	F	33567	0.05
13	1	D	33493	0.05
13	2	E	33493	0.05
14	1	D	33485	0.05
14	2	F	33485	0.05
15	1	E	33400	0.04
15	2	F	33400	0.04

LS精密化シェル

解像度: 2.201→2.258 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.331	428	-
R_work	0.284	7740	-
obs	-	-	58.33 %

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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