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- PDB-5xew: Crystal structure of the [Ni2+-(chromomycin A3)2]-CCG repeats complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5xew
タイトルCrystal structure of the [Ni2+-(chromomycin A3)2]-CCG repeats complex
要素DNA (5'-D(*TP*TP*CP*CP*GP*CP*CP*GP*CP*CP*GP*AP*A)-3')
キーワードDNA/ANTIBIOTIC / Trinucleotide repeats / neurological disease / induced fit recognition / metal binding ligand / consecutive bases flip-out / DNA deformation / molecular diagnostics / DNA-ANTIBIOTIC complex
機能・相同性Chem-CPH / NICKEL (II) ION / DNA / DNA (> 10)
機能・相同性情報
生物種synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 1.751 Å
データ登録者Tseng, W.H. / Wu, P.C. / Hou, M.H.
引用ジャーナル: Angew. Chem. Int. Ed. Engl. / 年: 2017
タイトル: Induced-Fit Recognition of CCG Trinucleotide Repeats by a Nickel-Chromomycin Complex Resulting in Large-Scale DNA Deformation
著者: Tseng, W.H. / Chang, C.K. / Wu, P.C. / Hu, N.J. / Lee, G.H. / Tzeng, C.C. / Neidle, S. / Hou, M.H.
履歴
登録2017年4月6日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
置き換え2017年6月21日ID: 5ERZ
改定 1.02017年6月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年6月28日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.country / _citation.journal_id_ASTM ..._citation.country / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.title
改定 1.22017年7月19日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.32018年5月16日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: diffrn_source / struct_ref_seq
Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_beamline / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _struct_ref_seq.db_align_end
改定 2.02020年7月29日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_struct_special_symmetry / struct_asym / struct_conn / struct_conn_type / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _pdbx_struct_special_symmetry.label_asym_id / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn_type.id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12024年3月27日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_conn
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DNA (5'-D(*TP*TP*CP*CP*GP*CP*CP*GP*CP*CP*GP*AP*A)-3')
B: DNA (5'-D(*TP*TP*CP*CP*GP*CP*CP*GP*CP*CP*GP*AP*A)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)10,34411
ポリマ－7,8252
非ポリマー2,5199
水1,60389
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6480 Å2
ΔGint42 kcal/mol
Surface area3900 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)48.291, 48.291, 83.356
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number153
Space group name H-MP3212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-211-

HOH

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要素

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DNA鎖 , 1種, 2分子 AB

#1: DNA鎖 DNA (5'-D(*TP*TP*CP*CP*GP*CP*CP*GP*CP*CP*GP*AP*A)-3')


分子量: 3912.550 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)

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糖 , 2種, 4分子

#2: 多糖 3-C-methyl-4-O-acetyl-alpha-L-Olivopyranose-(1-3)-(2R,5S,6R)-6-methyltetrahydro-2H-pyran-2,5-diol- ...3-C-methyl-4-O-acetyl-alpha-L-Olivopyranose-(1-3)-(2R,5S,6R)-6-methyltetrahydro-2H-pyran-2,5-diol-(1-3)-(2R,5S,6R)-6-methyltetrahydro-2H-pyran-2,5-diol


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 432.506 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
WURCS=2.0/2,3,2/[ad222m-1b_1-5][ad611m-1a_1-5_3*C_4*OCC/3=O]/1-1-2/a3-b1_b3-c1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][b-D-2,6-deoxy-Glcp]{[(3+1)][b-D-2,6-deoxy-Glcp]{[(3+1)][a-L-2,6-deoxy-Glcp4Ac]{}}}LINUCSPDB-CARE
#3: 多糖 2,6-dideoxy-4-O-methyl-alpha-D-galactopyranose-(1-3)-(2R,3R,6R)-6-hydroxy-2-methyltetrahydro-2H- ...2,6-dideoxy-4-O-methyl-alpha-D-galactopyranose-(1-3)-(2R,3R,6R)-6-hydroxy-2-methyltetrahydro-2H-pyran-3-yl acetate


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 318.363 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
WURCS=2.0/2,2,1/[ad212m-1b_1-5_4*OCC/3=O][ad112m-1a_1-5_4*OC]/1-2/a3-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][b-D-2-deoxy-Fucp4Ac]{[(3+1)][a-D-2-deoxy-Fucp4Me]{}}LINUCSPDB-CARE

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非ポリマー , 3種, 94分子

#4: 化合物 ChemComp-CPH / (1S)-5-deoxy-1-O-methyl-1-C-[(2R,3S)-3,5,7,10-tetrahydroxy-6-methyl-4-oxo-1,2,3,4-tetrahydroanthracen-2-yl]-D-xylulose / None / クロモマイシノン


分子量: 420.410 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H24O9
#5: 化合物 ChemComp-NI / NICKEL (II) ION


分子量: 58.693 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ni
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 89 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

非ポリマーの詳細The force field of Chro unit used in the refinement of NiII(Chro)2-DNA complex structure was ...The force field of Chro unit used in the refinement of NiII(Chro)2-DNA complex structure was generated using the atomic resolution crystal structure of NiII(Chro)2.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.87 Å3/Da / 溶媒含有率: 68.23 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6
詳細: 1.0 mM single stranded-DNA, 2.0 mM Chromomycin A3, 4mM NiSO4 6H2O, 50 mM sodium-cacodylate buffer, 5 mM MgCl2, 1 mM spermine, 3 % MPD

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSRRC / ビームライン: BL13B1 / 波長: 1.45104,1.48491,1.48582
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2013年1月1日
放射プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
11.451041
21.484911
31.485821
反射解像度: 1.75→30 Å / Num. obs: 21692 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 10.1 % / Biso Wilson estimate: 30.69 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.05 / Χ2: 2.733 / Net I/σ(I): 28.2
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsΧ2Diffraction-ID% possible all
1.75-1.816.10.3641.038196.5
1.81-1.898.90.2351.0781100
1.89-1.9710.40.1631.1991100
1.97-2.0710.70.1191.311100
2.07-2.210.70.0971.641100
2.2-2.3710.90.0781.9931100
2.37-2.6110.90.0762.821100
2.61-2.9910.70.0822.8461100
2.99-3.7710.70.0444.0741100
3.77-3010.40.0417.942199.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Blu-Iceデータ収集
HKL-2000data processing
HKL-2000データスケーリング
SHELX位相決定
PHENIX1.10.1-2155精密化
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 1.751→23.192 Å / SU ML: 0.16 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 26.95
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2379 2186 10.08 %
Rwork0.2071 --
obs0.2103 21692 99 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 115.53 Å2 / Biso mean: 39.6775 Å2 / Biso min: 20.71 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.751→23.192 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数0 368 247 89 704
Biso mean--40.82 42.77 -
残基数----20
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.007714
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0881056
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.055136
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0130
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d27.056316
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 16

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.7508-1.78890.2631270.29191084121187
1.7889-1.83050.29931290.24511183131299
1.8305-1.87630.25751440.227212541398100
1.8763-1.9270.23421440.217712401384100
1.927-1.98360.26181260.190112101336100
1.9836-2.04760.28881480.207612381386100
2.0476-2.12080.21641380.200912341372100
2.1208-2.20560.3361340.250312301364100
2.2056-2.30590.27451320.221812381370100
2.3059-2.42740.2421360.249812081344100
2.4274-2.57920.28871360.234912331369100
2.5792-2.77810.32351260.266412441370100
2.7781-3.05710.25361380.269512431381100
3.0571-3.49820.23281460.193512111357100
3.4982-4.40240.20361450.176712501395100
4.4024-23.19410.20031370.17121206134399

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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