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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5xet | ||||||
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タイトル | Crystal structure of Mycobacterium tuberculosis methionyl-tRNA synthetase bound by methionyl-adenylate (Met-AMP) | ||||||
要素 | Methionine--tRNA ligase | ||||||
キーワード | LIGASE / synthetase / aminoacyl-tRNA synthetase / complex / ATP | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 methionine-tRNA ligase / methionine-tRNA ligase activity / methionyl-tRNA aminoacylation / ATP binding / metal ion binding / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Mycobacterium tuberculosis H37Ra (結核菌) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.38 Å | ||||||
データ登録者 | Wang, W. / Qin, B. / Wojdyla, J.A. / Wang, M. / Gao, X. / Cui, S. | ||||||
引用 | ジャーナル: IUCrJ / 年: 2018 タイトル: Structural characterization of free-state and product-stateMycobacterium tuberculosismethionyl-tRNA synthetase reveals an induced-fit ligand-recognition mechanism. 著者: Wang, W. / Qin, B. / Wojdyla, J.A. / Wang, M. / Gao, X. / Cui, S. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 5xet.cif.gz | 199.3 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb5xet.ent.gz | 157.8 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 5xet.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 5xet_validation.pdf.gz | 736.8 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 5xet_full_validation.pdf.gz | 742.6 KB | 表示 | |
XML形式データ | 5xet_validation.xml.gz | 21.8 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 5xet_validation.cif.gz | 31.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xe/5xet ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xe/5xet | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 59419.816 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis H37Ra (結核菌) 株: ATCC 25177 / H37Ra / 遺伝子: metG, MRA_1016 発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌) 株 (発現宿主): BL21-Gold(DE3)pLysS AG / 参照: UniProt: A5U150, methionine-tRNA ligase | ||
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#2: 化合物 | ChemComp-ME8 / [[( | ||
#3: 化合物 | ChemComp-EDO / | ||
#4: 化合物 | ChemComp-MG / #5: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.49 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.54 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸発脱水法 / pH: 6.9 詳細: 0.2M Lithium sulfate monohydrate, 19% PEG 3350, bis tris |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL18U1 / 波長: 0.97776 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年10月1日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97776 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.38→37.42 Å / Num. obs: 49191 / % possible obs: 89.8 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 1.9 % / Biso Wilson estimate: 45.55 Å2 / CC1/2: 0.973 / Rmerge(I) obs: 0.156 / Net I/σ(I): 4.77 |
反射 シェル | 解像度: 2.38→2.54 Å / 冗長度: 2.13 % / Rmerge(I) obs: 0.585 / Mean I/σ(I) obs: 1.61 / Num. unique obs: 8103 / CC1/2: 0.68 / % possible all: 97.6 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 2x1l 解像度: 2.38→37.42 Å / SU ML: 0.3 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.98 / 位相誤差: 27.08 詳細: THE STRUCTURE FACTOR FILE CONTAINS FRIEDEL PAIRS IN F_PLUS/MINUS AND I_PLUS/MINUS COLUMNS
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.38→37.42 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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