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万見
- PDB-5xe2: Endoribonuclease from Mycobacterial species -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5xe2
タイトルEndoribonuclease from Mycobacterial species
要素Endoribonuclease MazF4
キーワードHYDROLASE / endonuclease
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of DNA topoisomerase (ATP-hydrolyzing) activity / rRNA catabolic process / mRNA catabolic process / RNA endonuclease activity / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / DNA binding
類似検索 - 分子機能
mRNA interferase PemK-like / PemK-like, MazF-like toxin of type II toxin-antitoxin system / Plasmid maintenance toxin/Cell growth inhibitor
類似検索 - ドメイン・相同性
Endoribonuclease MazF4
類似検索 - 構成要素
生物種Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.01 Å
データ登録者Ahn, D.-H. / Lee, K.-Y. / Lee, S.J. / Yoon, H.J. / Kim, S.-J. / Lee, B.-J.
資金援助 韓国, 2件
組織認可番号国
National Research foundation of Korea (NRF)2015R1A2A1A05001894 韓国
National Research Foundation of Korea (NRF)2014K1A3A1A19067618 韓国
引用ジャーナル: J. Biol. Chem. / 年: 2017
タイトル: Structural analyses of the MazEF4 toxin-antitoxin pair in Mycobacterium tuberculosis provide evidence for a unique extracellular death factor.
著者: Ahn, D.H. / Lee, K.Y. / Lee, S.J. / Park, S.J. / Yoon, H.J. / Kim, S.J. / Lee, B.J.
履歴
登録2017年3月31日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02017年10月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年12月6日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.pdbx_database_id_PubMed ..._citation.journal_abbrev / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.name
改定 1.22018年2月7日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.32023年11月22日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Endoribonuclease MazF4


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)11,6971
ポリマ－11,6971
非ポリマー00
水1,06359
1
A: Endoribonuclease MazF4

A: Endoribonuclease MazF4


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,3952
ポリマ－23,3952
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation3_555-x,y,-z+1/21
Buried area1840 Å2
ΔGint-10 kcal/mol
Surface area10220 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)49.475, 65.548, 57.390
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number20
Space group name H-MC2221

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要素

#1: タンパク質 Endoribonuclease MazF4 / Toxin MazF4 / mRNA interferase MazF-mt7


分子量: 11697.274 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (strain ATCC 25618 / H37Rv) (結核菌)
株: ATCC 25618 / H37Rv / 遺伝子: mazF4, mazF-mt7, Rv1495, MTCY277.17 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: P9WII5, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 59 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.99 Å3/Da / 溶媒含有率: 38.16 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸発脱水法 / pH: 7
詳細: 0.2M sodium malonate at pH 7.0 and 20% (w/v) polyethylene glycol 3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PAL/PLS / ビームライン: 5C (4A) / 波長: 0.9795 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2016年6月10日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.01→30 Å / Num. obs: 7261 / % possible obs: 97.5 % / 冗長度: 7.9 % / Rmerge(I) obs: 0.146 / Rpim(I) all: 0.054 / Rrim(I) all: 0.157 / Χ2: 1.923 / Net I/σ(I): 5.1
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
1.87-1.97.70.7340.8840.2730.7870.79992.5
1.9-1.9480.6640.890.2410.7090.98693.9
1.94-1.9780.5440.9370.1970.5811.02595.5
1.97-2.0180.5520.8970.2040.591.11197.6
2.01-2.067.90.440.9340.1650.4711.29797.5
2.06-2.117.80.4170.9480.1540.4461.56498.3
2.11-2.167.40.3840.9350.1450.4131.76497.8
2.16-2.227.40.3560.9630.1350.3821.81996.8
2.22-2.288.30.3390.9720.1210.3611.87798
2.28-2.368.60.2910.9790.1050.311.85596.9
2.36-2.448.30.2730.9740.0980.2912.05698.1
2.44-2.548.20.2480.9850.0910.2651.94998.6
2.54-2.6580.2070.9890.0770.2212.05997.8
2.65-2.797.10.1980.9830.0770.2132.60398.6
2.79-2.977.60.1750.9850.0670.1882.85797.6
2.97-3.28.20.1430.9870.0510.1522.47498.9
3.2-3.5280.1190.9940.0440.1282.82599
3.52-4.037.20.1030.9910.040.1112.82399.2
4.03-5.077.90.0860.9940.0310.0922.58699.2
5.07-307.70.0770.9940.0290.0821.9797.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0103精密化
HKL-2000データスケーリング
PDB_EXTRACT3.22データ抽出
MOLREP位相決定
HKLデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5XE3

5xe3


解像度: 2.01→30 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.939 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.925 / SU B: 4.373 / SU ML: 0.12 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.237 / ESU R Free: 0.171
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2227 307 4.8 %RANDOM
Rwork0.2037 ---
obs0.2046 6119 99.03 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso max: 57.44 Å2 / Biso mean: 23.868 Å2 / Biso min: 12.97 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.02 Å20 Å20 Å2
2---0.13 Å2-0 Å2
3---0.11 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.01→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数801 0 0 59 860
Biso mean---33.14 -
残基数----104
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0070.02818
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0030.02787
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.1821.9621120
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.87431802
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.7575102
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg28.31323.52934
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.88215127
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.051157
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.060.2132
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.021918
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02179
LS精密化 シェル解像度: 2.01→2.062 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.375 21 -
Rwork0.217 412 -
all-433 -
obs--89.83 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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