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- PDB-5xdo: Crystal structure of human voltage-dependent anion channel 1 (hVD... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5xdo
タイトルCrystal structure of human voltage-dependent anion channel 1 (hVDAC1) in C222 space group
要素Voltage-dependent anion-selective channel protein 1
キーワードMEMBRANE PROTEIN / CELL-FREE SYNTHESIS / beta-barrel structure
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of calcium import into the mitochondrion / positive regulation of type 2 mitophagy / voltage-gated monoatomic anion channel activity / mitochondrial transmembrane transport / neuron-neuron synaptic transmission / Mitochondrial calcium ion transport / regulation of autophagy of mitochondrion / calcium import into the mitochondrion / ceramide binding / mitochondrial permeability transition pore complex ...negative regulation of calcium import into the mitochondrion / positive regulation of type 2 mitophagy / voltage-gated monoatomic anion channel activity / mitochondrial transmembrane transport / neuron-neuron synaptic transmission / Mitochondrial calcium ion transport / regulation of autophagy of mitochondrion / calcium import into the mitochondrion / ceramide binding / mitochondrial permeability transition pore complex / Mitochondrial protein import / phosphatidylcholine binding / Pyruvate metabolism / oxysterol binding / monoatomic anion transport / pyruvate metabolic process / lipid transport / porin activity / cholesterol binding / pore complex / mitochondrial nucleoid / behavioral fear response / negative regulation of reactive oxygen species metabolic process / epithelial cell differentiation / PINK1-PRKN Mediated Mitophagy / learning / mitochondrial membrane / mitochondrial outer membrane / transmembrane transporter binding / Ub-specific processing proteases / positive regulation of apoptotic process / membrane raft / synapse / negative regulation of apoptotic process / apoptotic process / protein kinase binding / mitochondrion / extracellular exosome / ATP binding / identical protein binding / membrane / nucleus / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Eukaryotic mitochondrial porin signature. / Porin, eukaryotic type / Eukaryotic porin/Tom40 / Eukaryotic porin / Porin / Porin domain superfamily / Porin / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
HEXANE / PENTANE / N-OCTANE / SPERMIDINE / Non-selective voltage-gated ion channel VDAC1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.1 Å
データ登録者Hosaka, T. / Kimura-Someya, T. / Shirouzu, M.
引用ジャーナル: Protein Sci. / 年: 2017
タイトル: Crystal structural characterization reveals novel oligomeric interactions of human voltage-dependent anion channel 1
著者: Hosaka, T. / Okazaki, M. / Kimura-Someya, T. / Ishizuka-Katsura, Y. / Ito, K. / Yokoyama, S. / Dodo, K. / Sodeoka, M. / Shirouzu, M.
履歴
登録2017年3月28日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02017年6月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年9月6日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.22023年11月22日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Voltage-dependent anion-selective channel protein 1
B: Voltage-dependent anion-selective channel protein 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)65,40411
ポリマ－64,4262
非ポリマー9789
水32418
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: assay for oligomerization
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3330 Å2
ΔGint43 kcal/mol
Surface area32340 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)121.620, 146.330, 77.530
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number21
Space group name H-MC222

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Voltage-dependent anion-selective channel protein 1 / hVDAC1 / Outer mitochondrial membrane protein porin 1 / Plasmalemmal porin / Porin 31HL / Porin 31HM


分子量: 32213.039 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: VDAC1, VDAC / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P21796

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非ポリマー , 5種, 27分子

#2: 化合物 ChemComp-SPD / SPERMIDINE / N-(2-AMINO-PROPYL)-1,4-DIAMINOBUTANE / PA(34) / スペルミジン


分子量: 145.246 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C7H19N3
#3: 化合物
ChemComp-OCT / N-OCTANE / オクタン


分子量: 114.229 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H18
#4: 化合物 ChemComp-LNK / PENTANE / ペンタン


分子量: 72.149 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C5H12
#5: 化合物 ChemComp-HEX / HEXANE / ヘキサン


分子量: 86.175 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 18 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.8 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.06 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7
詳細: 45% PEG300, 0.1 M HEPES (pH 7.0), 0.15 M NaCl, 11 mM spermidine

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL32XU / 波長: 1 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2013年10月26日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.1→47.848 Å / Num. obs: 24183 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 10.377 % / Biso Wilson estimate: 101.15 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.198 / Rrim(I) all: 0.209 / Χ2: 1 / Net I/σ(I): 10.26 / Num. measured all: 134064 / Scaling rejects: 33
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. possibleNum. unique obsCC1/2Rrim(I) all% possible all
3.1-3.189.6582.7070.990219359340.3012.86399.9
3.18-3.2710.811.781.5299249189180.6151.868100
3.27-3.3610.6541.3271.9794938918910.7861.393100
3.36-3.4710.4470.912.9588908518510.8690.957100
3.47-3.5810.5880.6583.8590008508500.9310.691100
3.58-3.7110.4520.5015.2886338278260.970.52699.9
3.71-3.8510.8110.4276.4583147697690.9630.448100
3.85-410.7150.3587.1781227587580.9740.376100
4-4.1810.6540.2619.7478417367360.9880.274100
4.18-4.3810.4450.1813.4873437037030.9920.189100
4.38-4.6210.0970.13816.3866646606600.9960.145100
4.62-4.910.2340.12916.8966016456450.9970.136100
4.9-5.2410.580.15715.3262005865860.9940.165100
5.24-5.6610.560.16214.7359245615610.9940.17100
5.66-6.210.3910.13316.7453415145140.9960.14100
6.2-6.9310.0480.11318.547834764760.9960.12100
6.93-810.0290.08322.0641824174170.9990.088100
8-9.810.0520.06826.9136993683680.9990.072100
9.8-13.869.4740.05231.4227002862850.9990.05599.7
13.86-47.8488.1230.03340.36138917817110.03696.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.11.1_2575精密化
XSCALEデータスケーリング
PDB_EXTRACT3.22データ抽出
XDSデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3EMN

3emn


解像度: 3.1→47.848 Å / SU ML: 0.69 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 35.86 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2984 1206 4.99 %
Rwork0.2552 22977 -
obs0.2575 24183 99.62 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 244.14 Å2 / Biso mean: 103.7495 Å2 / Biso min: 30.28 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 3.1→47.848 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3965 0 68 18 4051
Biso mean--65.33 53.04 -
残基数----541
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0014093
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.4415522
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.039633
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.003703
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d5.6922372
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 9

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
3.1001-3.22420.4441330.40282516264998
3.2242-3.37090.36911340.346425542688100
3.3709-3.54850.37811360.294725422678100
3.5485-3.77080.29631360.255225582694100
3.7708-4.06180.40861340.254425742708100
4.0618-4.47030.29221330.230125672700100
4.4703-5.11650.24591380.207325552693100
5.1165-6.44380.29691340.270325662700100
6.4438-47.85360.25061280.25242545267399
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.4406-2.81060.81518.1324-0.44580.0818-0.48010.58910.91560.33950.4861-1.7654-0.46460.1458-0.00780.8193-0.0841-0.11750.907-0.01211.01-27.0381-4.370221.5504
27.68974.9311-2.64897.3844-5.8236.33290.37-0.89570.69060.2448-0.4308-0.404-0.0391.48170.04410.55850.1364-0.11050.9341-0.03240.9882-39.76627.451318.8477
31.2752-0.39220.91471.4995-0.59251.65310.1645-0.2154-0.2093-0.0791-0.04730.18390.09520.2115-0.15010.52630.0020.08220.7171-0.00590.8093-39.8269-16.732917.4422
44.5802-2.5985-2.96714.62880.93382.01430.345-0.0321-1.4716-0.1042-0.12830.11681.3702-0.5494-0.45890.9379-0.1919-0.12130.76590.02340.7813-72.1632-40.81720.0373
51.9204-3.68281.95757.6084-5.73418.19340.42450.5259-1.5427-1.65351.0576-0.09981.1366-0.4554-1.52330.9753-0.4371-0.41571.13380.48561.7303-76.4383-57.947924.7106
62.90842.67321.69972.58252.27114.649-0.24920.1453-1.4881-0.10270.89360.143-0.3395-0.126-0.41250.9132-0.28460.02640.80520.33831.2446-69.4425-60.015720.9225
74.49161.2383-4.97168.29061.27536.77060.6423-1.5939-2.1719-1.81950.76710.12740.55030.0425-1.20631.1392-0.0762-0.26250.8426-0.01891.5952-59.8203-59.506321.7458
82.3109-3.6610.4776.3969-2.28643.8428-0.0792-0.2115-0.2523-0.34520.00060.3227-0.01150.34120.05840.4748-0.0621-0.13220.80880.04490.8235-53.7533-41.020118.3688
98.07480.6232.3323.4522-1.89948.0997-0.0358-0.3853-0.4856-0.0498-0.20290.380.6682-0.93690.22990.7331-0.0482-0.01760.5093-0.02060.844-74.7308-27.987717.9664
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 1 through 80 )A1 - 80
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 81 through 146 )A81 - 146
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 147 through 283 )A147 - 283
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'B' and (resid 1 through 52 )B1 - 52
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'B' and (resid 53 through 75 )B53 - 75
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resid 76 through 94 )B76 - 94
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resid 95 through 120 )B95 - 120
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 121 through 211 )B121 - 211
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resid 212 through 281 )B212 - 281

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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