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万見
- PDB-6g73: The dynamic nature of the VDAC1 channels in bilayers: human VDAC1... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6g73
タイトルThe dynamic nature of the VDAC1 channels in bilayers: human VDAC1 at 3.3 Angstrom resolution
要素Voltage-dependent anion-selective channel protein 1
キーワードTRANSPORT PROTEIN / ion-channel / B-barrel / outer mitochondrial membrane / cytochrome c release / APOPTOSIS
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of calcium import into the mitochondrion / voltage-gated monoatomic anion channel activity / mitochondrial transmembrane transport / neuron-neuron synaptic transmission / Mitochondrial calcium ion transport / calcium import into the mitochondrion / regulation of autophagy of mitochondrion / ceramide binding / mitochondrial permeability transition pore complex / voltage-gated monoatomic ion channel activity ...negative regulation of calcium import into the mitochondrion / voltage-gated monoatomic anion channel activity / mitochondrial transmembrane transport / neuron-neuron synaptic transmission / Mitochondrial calcium ion transport / calcium import into the mitochondrion / regulation of autophagy of mitochondrion / ceramide binding / mitochondrial permeability transition pore complex / voltage-gated monoatomic ion channel activity / phosphatidylcholine binding / pyruvate metabolic process / oxysterol binding / positive regulation of type 2 mitophagy / Mitochondrial protein import / Pyruvate metabolism / monoatomic anion transport / cholesterol binding / lipid transport / porin activity / pore complex / negative regulation of reactive oxygen species metabolic process / mitochondrial nucleoid / behavioral fear response / epithelial cell differentiation / PINK1-PRKN Mediated Mitophagy / learning / mitochondrial membrane / transmembrane transporter binding / mitochondrial outer membrane / Ub-specific processing proteases / positive regulation of apoptotic process / membrane raft / apoptotic process / synapse / protein kinase binding / negative regulation of apoptotic process / mitochondrion / extracellular exosome / ATP binding / identical protein binding / nucleus / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Eukaryotic mitochondrial porin signature. / Porin, eukaryotic type / Eukaryotic porin/Tom40 / Eukaryotic porin / Porin / Porin domain superfamily / Porin / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
1,2-DIMYRISTOYL-RAC-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE / Non-selective voltage-gated ion channel VDAC1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.27 Å
データ登録者Razeto, A. / Gribbon, P. / Loew, C.
資金援助 ドイツ, 1件
組織認可番号国
Other private ドイツ
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: The dynamic nature of the VDAC1 channels in bilayers as revealed by two crystal structures of the human isoform in bicelles at 2.7 and 3.3 Angstrom resolution: implications for VDAC1 ...タイトル: The dynamic nature of the VDAC1 channels in bilayers as revealed by two crystal structures of the human isoform in bicelles at 2.7 and 3.3 Angstrom resolution: implications for VDAC1 voltage-dependent mechanism and for its oligomerization
著者: Razeto, A. / Gribbon, P. / Loew, C.
履歴
登録2018年4月4日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02019年4月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年5月8日Group: Data collection / Derived calculations
カテゴリ: diffrn_source / struct_conn / struct_conn_type
Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site
改定 1.22019年7月10日Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_source / Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site
改定 1.32024年1月17日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Voltage-dependent anion-selective channel protein 1
B: Voltage-dependent anion-selective channel protein 1
C: Voltage-dependent anion-selective channel protein 1
D: Voltage-dependent anion-selective channel protein 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)130,9049
ポリマ－127,5154
非ポリマー3,3905
水00
1
C: Voltage-dependent anion-selective channel protein 1
D: Voltage-dependent anion-selective channel protein 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)64,4353
ポリマ－63,7572
非ポリマー6781
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2550 Å2
ΔGint-32 kcal/mol
Surface area34040 Å2
手法PISA
2
A: Voltage-dependent anion-selective channel protein 1
B: Voltage-dependent anion-selective channel protein 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)66,4696
ポリマ－63,7572
非ポリマー2,7124
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3260 Å2
ΔGint-37 kcal/mol
Surface area34130 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)60.220, 83.360, 156.930
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.590, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
12A
22C
13A
23D
14B
24C
15B
25D
16C
26D

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Beg auth comp-ID: ALA / Beg label comp-ID: ALA / Refine code: _

Dom-IDEns-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11PHEPHEAA2 - 2812 - 281
21PHEPHEBB2 - 2812 - 281
12PHEPHEAA2 - 2812 - 281
22PHEPHECC2 - 2812 - 281
13ALAALAAA2 - 2832 - 283
23ALAALADD2 - 2832 - 283
14GLNGLNBB2 - 2822 - 282
24GLNGLNCC2 - 2822 - 282
15PHEPHEBB2 - 2812 - 281
25PHEPHEDD2 - 2812 - 281
16PHEPHECC2 - 2812 - 281
26PHEPHEDD2 - 2812 - 281

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3
4
5
6

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要素

#1: タンパク質
Voltage-dependent anion-selective channel protein 1 / hVDAC1 / Outer mitochondrial membrane protein porin 1 / Plasmalemmal porin / Porin 31HL / Porin 31HM


分子量: 31878.662 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: C-terminal His6-tag / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: VDAC1, VDAC / プラスミド: pET21a / 詳細 (発現宿主): C-term His6-tag / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P21796
#2: 化合物
ChemComp-MC3 / 1,2-DIMYRISTOYL-RAC-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE


分子量: 677.933 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C36H72NO8P / コメント: リン脂質*YM

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.21 Å3/Da / 溶媒含有率: 61.74 % / 解説: Rods of dimensions 10x25x150 micrometers
結晶化温度: 292.2 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 25.5% Precipitant mix 4 [precipitant mix 4 consists of 25% (v/v) MPD, 25% (w/v) PEG1000, 25% (w/v) PEG3350], 0.06M NaNO3, 0.08M K2HPO4, 0.1M Buffer System2 [HEPES and MOPS adjusted to pH 7.5]

-
データ収集

回折平均測定温度: 80 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PETRA III, EMBL c/o DESY / ビームライン: P13 (MX1) / 波長: 0.966 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年5月26日
放射モノクロメーター: KB-mirrors / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.966 Å / 相対比: 1
Reflection twin
Crystal-IDIDOperatorDomain-IDFraction
11H, K, L10.81
11h,-k,-l20.19
反射解像度: 3.3→19.94 Å / Num. obs: 23523 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 6.107 % / Biso Wilson estimate: 91.497 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.161 / Rrim(I) all: 0.176 / Χ2: 0.924 / Net I/σ(I): 6.49 / Num. measured all: 143645 / Scaling rejects: 94
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. possibleNum. unique obsCC1/2Rrim(I) all% possible all
3.3-3.66.0820.7741.9632577537853560.8390.84799.6
3.6-46.3810.483.3431177491648860.930.52299.4
4-4.55.9770.2126.2223347392139060.9860.23199.6
4.5-56.2940.1589.2315804252725110.990.17299.4
5-65.9940.1538.8917312289328880.9880.16799.8
6-106.0630.09511.9718790311530990.9970.10399.5
10-205.5280.06617.9442297797650.9980.07398.2
19.94-203.6520.05316.894091161120.9990.06396.6

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRModel details: Phaser MODE: MR_AUTO
最高解像度最低解像度
Rotation6.92 Å48.81 Å
Translation6.92 Å48.81 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
REFMAC精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER2.6.1位相決定
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3emn

3emn


解像度: 3.27→19.94 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.94 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.886 / SU B: 20.46 / SU ML: 0.351 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.133 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2983 1149 4.9 %RANDOM
Rwork0.2366 ---
obs0.2394 22261 96.21 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 1 Å / 減衰半径: 1 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 267.42 Å2 / Biso mean: 108.801 Å2 / Biso min: 26.03 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--61.54 Å20 Å2-11.61 Å2
2--123.66 Å20 Å2
3----62.12 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 3.27→19.94 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8640 0 115 0 8755
Biso mean--77.63 --
残基数----1126
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0120.028830
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6451.96411902
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.51551122
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg40.02725.229371
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg17.835151482
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg24.2911527
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1010.21317
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.026568
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Rms dev position (Å)
11A145480.13
12B145480.13
21A148700.12
22C148700.12
31A149000.12
32D149000.12
41B152000.11
42C152000.11
51B150620.12
52D150620.12
61C142300.11
62D142300.11
LS精密化 シェル解像度: 3.269→3.354 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.458 62 -
Rwork0.397 1046 -
all-1108 -
obs--60.98 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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