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- PDB-5xd2: Crystal structure of Mycobacterium smegmatis MutT1 in complex wit... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5xd2
タイトルCrystal structure of Mycobacterium smegmatis MutT1 in complex with Ap5A, ATP and manganese
要素NUDIX family protein
キーワードHYDROLASE / Nudix enzyme / histidine phosphatase domain / intermolecular interface binding / diadenosine polyphosphates / enzyme action / fluoride inhibition
機能・相同性
機能・相同性情報


8-oxo-(d)GTP phosphatase / diadenosine hexaphosphate hydrolase (ATP-forming) / 8-oxo-dGDP phosphatase / 8-oxo-GDP phosphatase activity / 8-oxo-dGDP phosphatase activity / 8-oxo-7,8-dihydroguanosine triphosphate pyrophosphatase activity / DNA replication / DNA repair / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Phosphoglycerate mutase family / Histidine phosphatase superfamily, clade-1 / Histidine phosphatase superfamily (branch 1) / Histidine phosphatase superfamily / NUDIX hydrolase / NUDIX hydrolase, conserved site / Nudix box signature. / NUDIX domain / Nudix hydrolase domain profile. / NUDIX hydrolase domain / NUDIX hydrolase-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE-5'-PENTAPHOSPHATE / ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / : / 8-oxo-(d)GTP phosphatase
類似検索 - 構成要素
生物種Mycobacterium smegmatis (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.75 Å
データ登録者Arif, S.M. / Varshney, U. / Vijayan, M.
引用
ジャーナル: J. Struct. Biol. / 年: 2017
タイトル: Hydrolysis of diadenosine polyphosphates. Exploration of an additional role of Mycobacterium smegmatis MutT1
著者: Arif, S.M. / Varshney, U. / Vijayan, M.
#1: ジャーナル: Acta Crystallogr. D Biol. Crystallogr. / 年: 2017
タイトル: Biochemical and structural studies of Mycobacterium smegmatis MutT1, a sanitization enzyme with unusual modes of association
著者: Arif, S.M. / Patil, A.G. / Varshney, U. / Vijayan, M.
#2: ジャーナル: Acta Crystallogr. Sect. F Struct. Biol. Cryst. Commun.
年: 2012
タイトル: Crystallization and preliminary X-ray studies of MutT1 (MSMEG_2390) from Mycobacterium smegmatis.
著者: Arif, S.M. / Patil, A.G. / Varshney, U. / Vijayan, M.
履歴
登録2017年3月24日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02017年8月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年9月27日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.22023年11月22日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: NUDIX family protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)39,5847
ポリマ－38,1531
非ポリマー1,4316
水5,278293
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area200 Å2
ΔGint-7 kcal/mol
Surface area14000 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)42.160, 83.930, 43.640
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 93.63, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 NUDIX family protein


分子量: 38153.148 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacterium smegmatis (strain ATCC 700084 / mc(2)155) (バクテリア)
株: ATCC 700084 / mc(2)155 / 遺伝子: MSMEG_2390 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): JW0097 / 参照: UniProt: A0QUZ2

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非ポリマー , 5種, 299分子

#2: 化合物 ChemComp-5FA / ADENOSINE-5'-PENTAPHOSPHATE / アデノシン5′-ペンタホスファ-ト


タイプ: RNA linking / 分子量: 667.141 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H18N5O19P5
#3: 化合物 ChemComp-ATP / ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / ATP


分子量: 507.181 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H16N5O13P3 / コメント: ATP, エネルギー貯蔵分子*YM
#4: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 化合物 ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION


分子量: 54.938 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 293 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.02 Å3/Da / 溶媒含有率: 39.1 %
結晶化温度: 293 K / 手法: マイクロバッチ法 / pH: 8.5
詳細: 0.2M sodium acetate trihydrate, 0.1M Tris-HCl pH 8.5, 30%(w/v) PEG4000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: BM14 / 波長: 0.95372 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2016年4月13日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.95372 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.75→43.55 Å / Num. obs: 30580 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 4.2 % / Net I/σ(I): 7.2
反射 シェル解像度: 1.75→1.84 Å / 冗長度: 4.2 % / Mean I/σ(I) obs: 1.8 / Num. unique obs: 4432 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0049精密化
iMOSFLMdata processing
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
iMOSFLMデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5gg5

5gg5


解像度: 1.75→43.55 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.968 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.946 / SU B: 4.166 / SU ML: 0.123 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.123 / ESU R Free: 0.124 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.22767 1542 5 %RANDOM
Rwork0.17816 ---
obs0.18073 29013 99.98 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso mean: 31.893 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.56 Å2-0 Å21.54 Å2
2---2.42 Å2-0 Å2
3---2.76 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 1.75→43.55 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2303 0 79 293 2675
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0160.0192483
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.022348
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.8741.9933394
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.85235388
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.9975300
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg31.222.212113
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.84215406
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.9371530
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1010.2363
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.0212764
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02574
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.5442.8841191
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other2.5452.8811190
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.6594.3091494
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other3.6584.3121495
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.3953.2991292
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other3.3853.2991292
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other5.0994.7921901
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined7.18325.1073059
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other7.04824.5552946
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.75→1.795 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.326 121 -
Rwork0.295 2089 -
obs--100 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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