+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 4omb | ||||||
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Title | Phosphate binding protein | ||||||
Components | Phosphate binding protein | ||||||
Keywords | TRANSPORT PROTEIN / substrate binding protein | ||||||
Function / homology | Function and homology information phosphate ion transport / single-species biofilm formation / phosphate ion binding / periplasmic space / cell adhesion / extracellular region Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Pseudomonas aeruginosa (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.5 Å | ||||||
Authors | Neznansky, A. / Opatowsky, Y. | ||||||
Citation | Journal: Faseb J. / Year: 2014 Title: The Pseudomonas aeruginosa phosphate transport protein PstS plays a phosphate-independent role in biofilm formation. Authors: Neznansky, A. / Blus-Kadosh, I. / Yerushalmi, G. / Banin, E. / Opatowsky, Y. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 4omb.cif.gz | 462.7 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb4omb.ent.gz | 379.4 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 4omb.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 4omb_validation.pdf.gz | 476.2 KB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 4omb_full_validation.pdf.gz | 483.3 KB | Display | |
Data in XML | 4omb_validation.xml.gz | 45.4 KB | Display | |
Data in CIF | 4omb_validation.cif.gz | 65.1 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/om/4omb ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/om/4omb | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 1twyS S: Starting model for refinement |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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Unit cell |
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Noncrystallographic symmetry (NCS) | NCS domain:
NCS domain segments: Component-ID: _ / Beg auth comp-ID: ALA / Beg label comp-ID: ALA / End auth comp-ID: GLY / End label comp-ID: GLY / Refine code: _ / Auth seq-ID: 25 - 322 / Label seq-ID: 36 - 333
NCS ensembles :
|
-Components
#1: Protein | Mass: 37180.402 Da / Num. of mol.: 4 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Pseudomonas aeruginosa (bacteria) / Gene: pstS / Plasmid: pET22 / Production host: Escherichia coli (E. coli) / Strain (production host): BL21 / References: UniProt: Q9Z9M3, UniProt: P0DMR4*PLUS #2: Chemical | ChemComp-PO4 / #3: Chemical | ChemComp-PT / #4: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 1.91 Å3/Da / Density % sol: 35.6 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion / pH: 8 Details: 2.5 M Na Malonate, 0.1 M Tris, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, temperature 293K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K | |||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: ESRF / Beamline: ID29 / Wavelength: 0.9508 Å | |||||||||||||||||||||
Detector | Type: ADSC QUANTUM 315 / Detector: CCD / Date: Oct 31, 2011 | |||||||||||||||||||||
Radiation | Monochromator: Si 111 CHANNEL / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | |||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 0.9508 Å / Relative weight: 1 | |||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 1.49→122.22 Å / Num. all: 183396 / Num. obs: 186078 / % possible obs: 98 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / Redundancy: 13.6 % / Biso Wilson estimate: 21.08 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.1466 / Rsym value: 0.1523 / Net I/σ(I): 11.89 | |||||||||||||||||||||
Reflection shell |
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-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: PDB entry 1TWY Resolution: 1.5→122.2 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.971 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.959 / SU B: 5.033 / SU ML: 0.083 / Cross valid method: THROUGHOUT / ESU R: 0.077 / ESU R Free: 0.077 / Stereochemistry target values: MAXIMUM LIKELIHOOD / Details: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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Solvent computation | Ion probe radii: 0.7 Å / Shrinkage radii: 0.7 Å / VDW probe radii: 1.2 Å / Solvent model: MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 32.52 Å2
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.5→122.2 Å
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Refine LS restraints |
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Refine LS restraints NCS | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Type: INTERATOMIC DISTANCE / Weight position: 0.05
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LS refinement shell | Resolution: 1.5→1.535 Å / Total num. of bins used: 20
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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