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万見
- PDB-4omb: Phosphate binding protein -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4omb
タイトルPhosphate binding protein
要素Phosphate binding protein
キーワードTRANSPORT PROTEIN / substrate binding protein
機能・相同性
機能・相同性情報


phosphate ion transport / single-species biofilm formation / phosphate ion binding / periplasmic space / cell adhesion / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Phosphate binding protein / : / PBP domain / PBP superfamily domain / Periplasmic binding protein-like II / D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHATE ION / : / Phosphate-binding protein PstS / Phosphate-binding protein PstS
類似検索 - 構成要素
生物種Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.5 Å
データ登録者Neznansky, A. / Opatowsky, Y.
引用ジャーナル: Faseb J. / 年: 2014
タイトル: The Pseudomonas aeruginosa phosphate transport protein PstS plays a phosphate-independent role in biofilm formation.
著者: Neznansky, A. / Blus-Kadosh, I. / Yerushalmi, G. / Banin, E. / Opatowsky, Y.
履歴
登録2014年1月27日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年12月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年12月17日Group: Database references
改定 1.22017年11月22日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.32023年9月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ncs_dom_lim / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42024年10月30日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Phosphate binding protein
B: Phosphate binding protein
C: Phosphate binding protein
D: Phosphate binding protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)149,88212
ポリマ－148,7224
非ポリマー1,1608
水8,053447
1
A: Phosphate binding protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,4703
ポリマ－37,1801
非ポリマー2902
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Phosphate binding protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,4703
ポリマ－37,1801
非ポリマー2902
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
C: Phosphate binding protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,4703
ポリマ－37,1801
非ポリマー2902
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
4
D: Phosphate binding protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,4703
ポリマ－37,1801
非ポリマー2902
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)35.444, 148.092, 216.452
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
12A
22C
13A
23D
14B
24C
15B
25D
16C
26D

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Beg auth comp-ID: ALA / Beg label comp-ID: ALA / End auth comp-ID: GLY / End label comp-ID: GLY / Refine code: _ / Auth seq-ID: 25 - 322 / Label seq-ID: 36 - 333

Dom-IDEns-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
11AA
21BB
12AA
22CC
13AA
23DD
14BB
24CC
15BB
25DD
16CC
26DD

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3
4
5
6

-
要素

#1: タンパク質
Phosphate binding protein / PstS


分子量: 37180.402 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌) / 遺伝子: pstS / プラスミド: pET22 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: Q9Z9M3, UniProt: P0DMR4*PLUS
#2: 化合物
ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#3: 化合物
ChemComp-PT / PLATINUM (II) ION


分子量: 195.078 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Pt
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 447 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.91 Å3/Da / 溶媒含有率: 35.6 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 8
詳細: 2.5 M Na Malonate, 0.1 M Tris, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, temperature 293K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID29 / 波長: 0.9508 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2011年10月31日
放射モノクロメーター: Si 111 CHANNEL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9508 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.49→122.22 Å / Num. all: 183396 / Num. obs: 186078 / % possible obs: 98 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 13.6 % / Biso Wilson estimate: 21.08 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.1466 / Rsym value: 0.1523 / Net I/σ(I): 11.89
反射 シェル
解像度 (Å)Diffraction-ID% possible all
1.49-1.59191
1.6-1.69199
1.7-1.831100
1.84-21100
2.01-2.241100
2.25-2.591100

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
EDNAデータ収集
BALBES位相決定
REFMAC5.8.0049精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 1TWY

1twy


解像度: 1.5→122.2 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.971 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.959 / SU B: 5.033 / SU ML: 0.083 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.077 / ESU R Free: 0.077 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.21571 9126 5 %RANDOM
Rwork0.19016 ---
obs0.19144 173385 98.34 %-
all-182512 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.7 Å / 減衰半径: 0.7 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 32.52 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.72 Å2-0 Å2-0 Å2
2--1.16 Å2-0 Å2
3---0.56 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.5→122.2 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9024 0 24 447 9495
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0140.029228
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0080.028912
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6391.97912524
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.385320604
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.95451188
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.16625.824364
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.867151564
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg13.7111524
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0890.21400
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.010.02110512
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0070.021936
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it3.4951.3644764
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other3.4961.3644763
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it4.4552.0365948
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other4.4552.0375949
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it8.0522.1114464
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other8.0652.1134449
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other112.7876553
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined12.2712.30510466
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other12.30712.05510337
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: INTERATOMIC DISTANCE / Weight position: 0.05

Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Rms dev position (Å)
11A185190.07
12B185190.07
21A181760.09
22C181760.09
31A182230.08
32D182230.08
41B181180.09
42C181180.09
51B181730.09
52D181730.09
61C183820.08
62D183820.08
LS精密化 シェル解像度: 1.5→1.535 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.501 537 -
Rwork0.492 10210 -
obs--79.11 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.1712-0.519-0.31981.36750.22090.70850.00820.0384-0.0003-0.0190.0112-0.0388-0.00180.0477-0.01940.1282-0.0144-0.01860.01020.0020.0086-10.878-33.16421.934
21.3565-0.79710.12372.1180.06230.63510.06560.154-0.0721-0.1354-0.04030.10220.0304-0.0361-0.02530.157-0.00290.00120.0239-0.00470.0311-6.5236.678-5.584
30.80460.5155-0.50751.9754-1.16761.830.0682-0.10570.05640.2749-0.02930.0961-0.10520.0482-0.03890.21930.010.0050.0159-0.00750.01232.45416.26226.96
41.3074-0.47060.48821.7293-0.78072.2770.07190.28690.0592-0.2813-0.076-0.01810.035-0.09050.0040.24070.00210.01140.1289-0.01870.027-15.41530.2754.319
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A25 - 322
2X-RAY DIFFRACTION2B25 - 322
3X-RAY DIFFRACTION3C25 - 322
4X-RAY DIFFRACTION4D25 - 322

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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