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- PDB-5xbj: The structure of the flagellar hook junction protein HAP1 (FlgK) ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5xbj
タイトルThe structure of the flagellar hook junction protein HAP1 (FlgK) from Campylobacter jejuni
要素Flagellar hook-associated protein FlgK
キーワードBIOSYNTHETIC PROTEIN / Bacterial Flagellum / Hook / Filament / Junction protein
機能・相同性
機能・相同性情報


bacterial-type flagellum hook / bacterial-type flagellum assembly / bacterial-type flagellum-dependent cell motility / structural molecule activity / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Flagellar hook-associated protein 1 / Flagellar basal body rod protein, N-terminal / Flagella basal body rod protein / Flagellar basal-body/hook protein, C-terminal domain / Flagellar basal body rod FlgEFG protein C-terminal
類似検索 - ドメイン・相同性
: / Flagellar hook-associated protein 1
類似検索 - 構成要素
生物種Campylobacter jejuni (カンピロバクター)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.448 Å
データ登録者Samatey, F.A.
資金援助 日本, 1件
組織認可番号国
Okinawa Institute of Science and Technology Graduate University 日本
引用ジャーナル: Sci Rep / 年: 2017
タイトル: Structure of FlgK reveals the divergence of the bacterial Hook-Filament Junction of Campylobacter
著者: Bulieris, P.V. / Shaikh, N.H. / Freddolino, P.L. / Samatey, F.A.
履歴
登録2017年3月19日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02017年12月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月22日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Flagellar hook-associated protein FlgK


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)56,9831
ポリマ－56,9831
非ポリマー00
水7,188399
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: Based on the assembly of the bacterial flagellum, the protein makes an 11-mer to form HAP1 (Hook Associated Protein 1)
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area24150 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)49.501, 123.552, 92.540
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212
対称性らせん対称: (回転対称性: 1 / Dyad axis: no / N subunits divisor: 1 / Num. of operations: 11 / Rise per n subunits: 4.185 Å / Rotation per n subunits: 64.34 °)
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-984-

HOH

21A-999-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 Flagellar hook-associated protein FlgK


分子量: 56983.164 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP RESIDUES 70-580 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Campylobacter jejuni (カンピロバクター)
発現宿主: Escherichia coli-Thermus thermophilus shuttle vector pTRK1T (その他)
参照: UniProt: A0A218KZD0, UniProt: Q0P8E9*PLUS
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 399 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.48 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.43 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.6
詳細: 30% PEG MME 2000, 0.4M AMMONIUM, ACETATE, 2% MPD, 4% 2-PROPANOL, 5% ETHYLENE GLYCOL, 0.1M SODIUM CITRATE PH 5.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, TEMPERATURE 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL44XU / 波長: 0.9 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2013年3月19日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.45→38.62 Å / Num. obs: 21573 / % possible obs: 99.76 % / 冗長度: 7.3 % / Net I/σ(I): 12.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.10.1_2155: ???)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2D4Y

2d4y


解像度: 2.448→19.971 Å / SU ML: 0.23 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0 / 位相誤差: 20.77 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2321 1927 9.26 %
Rwork0.1785 --
obs0.1834 20801 96.41 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.448→19.971 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3923 0 0 399 4322
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0033979
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.5175378
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.3992421
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.04598
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.003716
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.4485-2.50960.28771270.2121219X-RAY DIFFRACTION89
2.5096-2.57730.28731270.20931273X-RAY DIFFRACTION93
2.5773-2.6530.25561300.19061283X-RAY DIFFRACTION94
2.653-2.73840.26961320.19871293X-RAY DIFFRACTION94
2.7384-2.8360.28421320.19041302X-RAY DIFFRACTION95
2.836-2.94920.24571380.18531329X-RAY DIFFRACTION96
2.9492-3.0830.25971400.18931355X-RAY DIFFRACTION97
3.083-3.24490.22361380.17681340X-RAY DIFFRACTION97
3.2449-3.44720.22011410.17221369X-RAY DIFFRACTION98
3.4472-3.71180.1961420.16081370X-RAY DIFFRACTION99
3.7118-4.08240.25471400.15831393X-RAY DIFFRACTION99
4.0824-4.66660.20441440.14641408X-RAY DIFFRACTION100
4.6666-5.85480.21151430.17911437X-RAY DIFFRACTION99
5.8548-19.97190.19641530.19981503X-RAY DIFFRACTION99

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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