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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5xbj | ||||||
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タイトル | The structure of the flagellar hook junction protein HAP1 (FlgK) from Campylobacter jejuni | ||||||
要素 | Flagellar hook-associated protein FlgK | ||||||
キーワード | BIOSYNTHETIC PROTEIN / Bacterial Flagellum / Hook / Filament / Junction protein | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 bacterial-type flagellum hook / bacterial-type flagellum assembly / bacterial-type flagellum-dependent cell motility / structural molecule activity / extracellular region 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Campylobacter jejuni (カンピロバクター) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.448 Å | ||||||
データ登録者 | Samatey, F.A. | ||||||
資金援助 | 日本, 1件
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引用 | ジャーナル: Sci Rep / 年: 2017 タイトル: Structure of FlgK reveals the divergence of the bacterial Hook-Filament Junction of Campylobacter 著者: Bulieris, P.V. / Shaikh, N.H. / Freddolino, P.L. / Samatey, F.A. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 5xbj.cif.gz | 121.9 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb5xbj.ent.gz | 91.4 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 5xbj.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xb/5xbj ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xb/5xbj | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 2d4yS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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対称性 | らせん対称: (回転対称性: 1 / Dyad axis: no / N subunits divisor: 1 / Num. of operations: 11 / Rise per n subunits: 4.185 Å / Rotation per n subunits: 64.34 °) | |||||||||
Components on special symmetry positions |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 56983.164 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP RESIDUES 70-580 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Campylobacter jejuni (カンピロバクター) 発現宿主: Escherichia coli-Thermus thermophilus shuttle vector pTRK1T (その他) 参照: UniProt: A0A218KZD0, UniProt: Q0P8E9*PLUS |
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#2: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.48 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.43 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.6 詳細: 30% PEG MME 2000, 0.4M AMMONIUM, ACETATE, 2% MPD, 4% 2-PROPANOL, 5% ETHYLENE GLYCOL, 0.1M SODIUM CITRATE PH 5.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, TEMPERATURE 293K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL44XU / 波長: 0.9 Å |
検出器 | タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2013年3月19日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.45→38.62 Å / Num. obs: 21573 / % possible obs: 99.76 % / 冗長度: 7.3 % / Net I/σ(I): 12.8 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 2D4Y 解像度: 2.448→19.971 Å / SU ML: 0.23 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0 / 位相誤差: 20.77 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.448→19.971 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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