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Yorodumi- PDB-4lnq: Crystal structure of Ifi202 HINa domain in complex with 20bp dsDNA -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 4lnq | ||||||
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Title | Crystal structure of Ifi202 HINa domain in complex with 20bp dsDNA | ||||||
Components |
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Keywords | DNA BINDING PROTEIN/DNA / OB fold / DNA binding / DNA BINDING PROTEIN-DNA complex | ||||||
Function / homology | Function and homology information negative regulation of AIM2 inflammasome complex assembly / cellular response to interferon-beta / activation of innate immune response / negative regulation of innate immune response / negative regulation of cysteine-type endopeptidase activity involved in apoptotic process / protein homooligomerization / double-stranded DNA binding / protein homotetramerization / molecular adaptor activity / inflammatory response ...negative regulation of AIM2 inflammasome complex assembly / cellular response to interferon-beta / activation of innate immune response / negative regulation of innate immune response / negative regulation of cysteine-type endopeptidase activity involved in apoptotic process / protein homooligomerization / double-stranded DNA binding / protein homotetramerization / molecular adaptor activity / inflammatory response / innate immune response / nucleolus / nucleoplasm / nucleus / cytoplasm / cytosol Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Mus musculus (house mouse) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2 Å | ||||||
Authors | Li, H. / Wang, Z.-X. / Wu, J.-W. | ||||||
Citation | Journal: Acta Crystallogr F Struct Biol Commun / Year: 2014 Title: Structural mechanism of DNA recognition by the p202 HINa domain: insights into the inhibition of Aim2-mediated inflammatory signalling. Authors: Li, H. / Wang, J. / Wang, J. / Cao, L.S. / Wang, Z.X. / Wu, J.W. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 4lnq.cif.gz | 223.5 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb4lnq.ent.gz | 176.5 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 4lnq.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 4lnq_validation.pdf.gz | 448.9 KB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 4lnq_full_validation.pdf.gz | 452.2 KB | Display | |
Data in XML | 4lnq_validation.xml.gz | 20.4 KB | Display | |
Data in CIF | 4lnq_validation.cif.gz | 29.9 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ln/4lnq ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ln/4lnq | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 3b6yS S: Starting model for refinement |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 22599.061 Da / Num. of mol.: 2 / Fragment: UNP residues 53-245 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Mus musculus (house mouse) / Gene: Ifi202, Ifi202a, Ifi202b / Plasmid: pETduet-1 / Production host: Escherichia coli (E. coli) / Strain (production host): JM109(DE3) / References: UniProt: Q9R002 #2: DNA chain | Mass: 6132.991 Da / Num. of mol.: 2 / Source method: obtained synthetically / Details: dsDNA(5'-CCATCAAAGATCTTTGATGG-3') #3: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.86 Å3/Da / Density % sol: 56.95 % |
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Crystal grow | Temperature: 294 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 5.5 Details: 0.1 M Bis-Tris, pH 5.5, 0.2M ammonium acetate, 10mM strontium chloride and 17% PEG3350, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 294K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: SSRF / Beamline: BL17U / Wavelength: 0.97915 Å |
Detector | Type: ADSC QUANTUM 315r / Detector: CCD / Date: Oct 4, 2012 |
Radiation | Monochromator: GRAPHITE / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.97915 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2→40 Å / Num. obs: 44832 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / Redundancy: 7.8 % / Rmerge(I) obs: 0.096 / Net I/σ(I): 27.4 |
Reflection shell | Resolution: 2→2.07 Å / Redundancy: 7.9 % / Rmerge(I) obs: 0.634 / Mean I/σ(I) obs: 4.4 / % possible all: 99.7 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: PDB ENTRY 3B6Y Resolution: 2→36.148 Å / SU ML: 0.26 / σ(F): 1.34 / Phase error: 24.3 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.86 Å / VDW probe radii: 1.1 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 40.39 Å2 / ksol: 0.35 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters |
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2→36.148 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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