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- PDB-6nkl: 2.2 A resolution structure of VapBC-1 from nontypeable Haemophilu... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6nkl
タイトル2.2 A resolution structure of VapBC-1 from nontypeable Haemophilus influenzae
要素
  • Antitoxin VapB1
  • Ribonuclease VapC
キーワードANTITOXIN / Toxin / H. influenzae / protein-protein complex
機能・相同性
機能・相同性情報


RNA nuclease activity / toxin activity / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / magnesium ion binding / DNA binding
類似検索 - 分子機能
: / SpoVT / AbrB like domain / : / Antidote-toxin recognition MazE, bacterial antitoxin / SpoVT-AbrB domain profile. / SpoVT-AbrB domain / PIN domain / SpoVT-AbrB domain superfamily / VapC family / 5'-nuclease ...: / SpoVT / AbrB like domain / : / Antidote-toxin recognition MazE, bacterial antitoxin / SpoVT-AbrB domain profile. / SpoVT-AbrB domain / PIN domain / SpoVT-AbrB domain superfamily / VapC family / 5'-nuclease / PIN domain / PIN-like domain superfamily / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Ribonuclease VapC / Antitoxin / Ribonuclease VapC1 / Antitoxin VapB1
類似検索 - 構成要素
生物種Haemophilus influenzae (インフルエンザ菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Lovell, S. / Kashipathy, M.M. / Battaile, K.P. / Molinaro, A.L. / Daines, D.A.
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute on Deafness and Other Communication Disorders (NIH/NIDCD)U01 DC014756 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)P30 GM110761 米国
引用ジャーナル: J.Bacteriol. / 年: 2019
タイトル: Crystal Structure of VapBC-1 from Nontypeable Haemophilus influenzae and the Effect of PIN Domain Mutations on Survival during Infection.
著者: Molinaro, A.L. / Kashipathy, M.M. / Lovell, S. / Battaile, K.P. / Coussens, N.P. / Shen, M. / Daines, D.A.
履歴
登録2019年1月7日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年4月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年6月5日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.journal_volume / _citation.title
改定 1.22019年12月18日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.32020年5月6日Group: Structure summary / カテゴリ: audit_author / Item: _audit_author.name
改定 1.42023年10月11日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Ribonuclease VapC
B: Ribonuclease VapC
C: Antitoxin VapB1
D: Antitoxin VapB1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)55,5334
ポリマ－55,5334
非ポリマー00
水1,04558
1
A: Ribonuclease VapC
B: Ribonuclease VapC
C: Antitoxin VapB1

D: Antitoxin VapB1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)55,5334
ポリマ－55,5334
非ポリマー00
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_554-x+1/2,-y,z-1/21
Buried area7650 Å2
ΔGint-61 kcal/mol
Surface area21010 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)43.880, 57.325, 175.745
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Ribonuclease VapC / RNase VapC / Toxin VapC


分子量: 16894.568 Da / 分子数: 2 / 断片: VapB-1 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: Residues at the C-terminus (LLEHHHHHH) are from the purification tag.
由来: (組換発現) Haemophilus influenzae (インフルエンザ菌)
遺伝子: vapC1, vapC, BV136_01367, BVZ80_01200, CH628_04345, NCTC11872_02278
プラスミド: pDD686
詳細 (発現宿主): The VapB-1 and VapC-1 complex was coexpressed
発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
参照: UniProt: A0A2R3FUY7, UniProt: Q57122*PLUS, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素
#2: タンパク質 Antitoxin VapB1


分子量: 10872.146 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: Residues (MASMTGG QQMGRDPNSS S) at the N-terminus are from the cloning vector.
由来: (組換発現) Haemophilus influenzae (インフルエンザ菌)
遺伝子: vapB1, BV136_01366, BVZ80_01199, CH628_04350 / プラスミド: pDD686
詳細 (発現宿主): The VapB-1 and VapC-1 complex was coexpressed
発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A2S9RDZ4, UniProt: Q57534*PLUS
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 58 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2 Å3/Da / 溶媒含有率: 38.4 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5
詳細: 20% (w/v) PEG 4000, 0.1 M sodium acetate, 0.2 M ammonium acetate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 17-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年3月4日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→48.01 Å / Num. obs: 23388 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 13 % / Biso Wilson estimate: 37.09 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.168 / Net I/σ(I): 10.9
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Diffraction-ID% possible all
2.2-2.2713.71.61319660.7841100
9.07-48.0110.70.0644070.996199.7

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位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRModel details: Phaser MODE: MR_AUTO
最高解像度最低解像度
Rotation5.49 Å47.96 Å
Translation5.49 Å47.96 Å

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
XDSデータ削減
Aimless0.6.3データスケーリング
PHASER2.8.2位相決定
PHENIX精密化
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5ECD

5ecd


解像度: 2.2→48.01 Å / SU ML: 0.24 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.01 / 位相誤差: 24.05
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2338 1166 5 %
Rwork0.186 --
obs0.1885 23312 99.93 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 95.71 Å2 / Biso mean: 43.4897 Å2 / Biso min: 20.7 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.2→48.01 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3188 0 0 58 3246
Biso mean---41.82 -
残基数----413
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 8 / % reflection obs: 100 %

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all
2.2-2.30020.28851480.225826922840
2.3002-2.42140.24981360.210727182854
2.4214-2.57310.2771470.209727312878
2.5731-2.77180.27841660.207427062872
2.7718-3.05070.27411160.201527652881
3.0507-3.4920.24761500.191627742924
3.492-4.39910.21421580.162128092967
4.3991-48.02290.19561450.175629513096

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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