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万見
- PDB-5xb5: Crystal structure of R90A mutant of thymidylate kinase (aq_969) f... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5xb5
タイトルCrystal structure of R90A mutant of thymidylate kinase (aq_969) from Aquifex Aeolicus VF5
要素Thymidylate kinase
キーワードTRANSFERASE / Kinase / Complex / Nucleotide Binding
機能・相同性
機能・相同性情報


dUDP biosynthetic process / dTMP kinase / thymidylate kinase activity / dTDP biosynthetic process / dTTP biosynthetic process / phosphorylation / ATP binding / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
Thymidylate kinase, conserved site / Thymidylate kinase signature. / Thymidylate kinase / Thymidylate kinase-like domain / Thymidylate kinase / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / Rossmann fold / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHATE ION / Thymidylate kinase
類似検索 - 構成要素
生物種Aquifex aeolicus (バクテリア)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.23 Å
データ登録者Biswas, A. / Jeyakanthan, J. / Sekar, K.
引用ジャーナル: FEBS J. / 年: 2017
タイトル: Structural studies of a hyperthermophilic thymidylate kinase enzyme reveal conformational substates along the reaction coordinate.
著者: Biswas, A. / Shukla, A. / Chaudhary, S.K. / Santhosh, R. / Jeyakanthan, J. / Sekar, K.
履歴
登録2017年3月15日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02017年6月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年8月16日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22017年8月30日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title
改定 1.32023年11月22日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Thymidylate kinase
B: Thymidylate kinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,8244
ポリマ－44,6342
非ポリマー1902
水68538
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2600 Å2
ΔGint-36 kcal/mol
Surface area17430 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)43.010, 51.840, 53.640
Angle α, β, γ (deg.)92.17, 92.67, 112.83
Int Tables number1
Space group name H-MP1
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDRefine codeAuth asym-IDAuth seq-ID
1111A1 - 195
2111B1 - 195

NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(1), (1), (1)
2given(-0.999992, -0.003523, -0.00208), (-0.001378, -0.188573, 0.982058), (-0.003852, 0.982053, 0.188567)40.56262, 27.40212, -22.39915

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要素

#1: タンパク質 Thymidylate kinase / dTMP kinase


分子量: 22316.844 Da / 分子数: 2 / 変異: R90A / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Aquifex aeolicus (strain VF5) (バクテリア)
株: VF5 / 遺伝子: tmk, aq_969 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O67099, dTMP kinase
#2: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 38 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.46 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.05 %
結晶化温度: 293 K / 手法: マイクロバッチ法 / pH: 7.5
詳細: 0.1M HEPES, 10% w/v Polyethylene glycol 8000, 8% v/v Ethylene glycol

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: BRUKER AXS MICROSTAR / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: MAR scanner 345 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2012年4月10日
放射モノクロメーター: OSMIC MIRROR / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.21→53.48 Å / Num. obs: 19751 / % possible obs: 93 % / 冗長度: 4.3 % / Biso Wilson estimate: 28.3 Å2 / CC1/2: 0.996 / Rmerge(I) obs: 0.1 / Net I/σ(I): 11.8
反射 シェル解像度: 2.21→2.29 Å / 冗長度: 3.9 % / Rmerge(I) obs: 0.554 / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / Num. unique obs: 1347 / CC1/2: 0.851 / % possible all: 68.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0155精密化
iMOSFLMデータ削減
Aimlessデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2PBR

2pbr


解像度: 2.23→53.48 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.917 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.873 / SU B: 27.129 / SU ML: 0.303 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.373 / ESU R Free: 0.265 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.28591 991 5 %RANDOM
Rwork0.24035 ---
obs0.24266 18753 95.01 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso mean: 55.258 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--6.6 Å22.88 Å2-0.2 Å2
2--4.73 Å22.66 Å2
3----2.7 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2.23→53.48 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2974 0 10 38 3022
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0190.0193019
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0030.022989
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.8552.0064066
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.13636873
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.3545381
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg41.17125124
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg17.44115568
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg20.8441515
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1060.2483
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0090.023316
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0030.02611
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.5580.7891533
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.5560.7871532
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.0241.1781911
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other1.0241.181912
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it0.5460.8131486
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other0.5450.8151487
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other0.891.2192156
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined4.9029.1073308
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other4.9029.1093308
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS数: 2879 / タイプ: tight thermal / Rms dev position: 3.16 Å / Weight position: 0.5
LS精密化 シェル解像度: 2.23→2.287 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.403 67 -
Rwork0.353 1319 -
obs--89.77 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.3849-0.2189-0.39120.9166-0.45930.3241-0.2179-0.2175-0.60170.03840.0786-0.0682-0.0887-0.01070.13930.6088-0.00610.0920.0322-0.03440.438716.347919.195222.5622
23.59040.5755-0.65051.7201-1.85582.0793-0.72191.42671.19190.11930.3154-0.21440.0847-0.27170.40660.7778-0.3449-0.06550.60240.52330.742824.25445.61520.6232
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A1 - 193
2X-RAY DIFFRACTION2B1 - 192

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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